Тем, кто сейчас в Питере и ещё не в курсе:

8-го января 2009 г. в 13.00, на биологическом факультете СПбГУ, ауд.132 (возле кафедры зоологии беспозвоночных) состоится семинар по кладистике. Ведущие - Н.С.Ростова и Н.И.Абрамсон.

Предполагается обсудить следующие темы, предложенные Н.И.Абрамсон:

1. Методы реконструкции филогенеза (какие имеются сегодня в арсенале, с кладистикой и без), с коротким экскурсом в появление и эволюцию кладистики.
2. Методы реконструкции морфологических рядов (семогенез), соотношение морфологического и филогенетического ряда, конфликт признаков и методы решения.
3. Филогенез и система.
4. Методы многомерного статистического анализа: какие методы к каким задачам относятся и их соотношение с анализом филогении (имеют ли они вообще к этому отношение, и если да, то на каком этапе).

Приглашаются все интересующиеся Вход в Главное здание Университета с Менделеевской линии; на входе нужно предъявить охране пропуск Университета или РАН (хотя обычно пускают и так).

Объявление было также размещено "ВКонтакте": http://vkontakte.ru/event6512710; имеющие там аккаунт могут объявить о своем участии.

---

Поблагодарили (1): plantago

Выложено 28 новых книг по биологии. Закончена серия "Арктическая флора СССР", выложены "Анатомия растений" Эзау, "Ботаника" Васильева и др., "Паразитные цветковые растения" Терехина и многое другое, в том числе новогодний сюрприз

Адрес: http://herba.msu.ru/shipunov/school/sch-ru.htm

Громадное спасибо всем помогавшим в создании библиотеки!

Счастливого пользования!

С Новым Годом!

---

Поблагодарили (4): Vorona, Kovalevsky, Asafich, Linnaeus_tuschinorum

В конце декабря 2008 в издательстве БИНОМ выходит первый отечественный учебник по ПЦР «в реальном времени». Книга написана сотрудниками научного подразделения ЗАО «НПФ ДНК-Технология» (ведущего разработчика оборудования и реагентов для ПЦР «в реальном времени»). Учебник освещает особенности метода и дает читателю точную, написанную доступным языком картину процессов, идущих в реакционной пробирке. В первую очередь, книга нацелена на сотрудников научно-исследовательских лабораторий и студентов, стремящихся разобраться в фундаментальных принципах и особенностях ПЦР «в реальном времени». Вместе с тем, каждая глава содержит много конкретных практических рекомендаций. Оглавление учебника в приложенном файле. Тираж всего 1000 экз, поэтому желающие наверняка получить экземпляр могут направить заявку на realtimepcr@mail.ru.

realtimepcr_content.pdf размер: 32.1к кол-во скачиваний: 1267

---

Поблагодарили (27): Bear, Linchus, gav, fbb, Alex2006, borgenet, downshifter, D_evgenii, lattoris, Wytalii, vladimirchi, Galka, Ёлкин, Ф. Киреев, Alenike, Darid, Learner13, epsylonit, Evgeniy80, nas, zagen, Titto, Apachi, Pola, msavitsky, Alexey-1, igaron

Выложено 25 новых книг по биологии. Закончены серии "Флора Сибири", "Сравнительная эмбриология цветковых", "Жизнь растений" Кернера, выложена половина "Арктической флоры СССР", практически полностью "Определитель лишайников СССР/России", "Анатомия растений" Лотовой, определитель миксомицетов Новожилова, "Птицы в природе" Промптова, "Лесная газета" Бианки и многое другое.
Адрес: http://herba.msu.ru/shipunov/school/sch-ru.htm
Громадное спасибо всем помогавшим в создании библиотеки!

Счастливого пользования!

---

Поблагодарили (10): Vorona, Kovalevsky, dormouse, Atropos, kut, polosataya, kisser, Baguk, gvs, Linnaeus_tuschinorum

Организаторы Научно-образовательного проекта «Кадры для биоинженерии» приглашают студентов 3-4 куров, биологических или химических специальностей, принять участие в Шестой студенческой школе-семинаре в июле 2009 г. в Москве.

В связи с большим количеством желающих участвовать в проекте, в этом году отбор на очную школу-семинар будет проходить по результатам предварительного обучения на дистанционных курсах по молекулярной биологии. Обучение бесплатное.
Для оформления заявки на участие в работе курсов студентам необходимо пройти регистрацию на интернет сайте www.dedu.ru

Предполагаемый срок начала обучения - 23 февраля,
окончательное подведение итогов - 25 мая.

___________________2009.doc размер: 22к кол-во скачиваний: 200 будет здесь ещё 103 дн.

---

Поблагодарили (3): Atropos, borgenet, Mike Shelk

Уважаемые друзья и коллеги!

Приглашаем Вас посетить стенд Института аналитического приборостроения РАН
на выставке «Здравоохранение-2008», проходящей с 8 по 12 декабря 2008 года в
Экспоцентре на Красной Пресне.

На стенде будут представлены:

- новый прибор для ПЦР в реальном времени АНК-64;
- линейка вспомогательного оборудования для выделения нуклеиновых
кислот;
- информация о новых продуктах, предложениях и услугах компании Синтол.

Номер стенда 1Н10-24 (объединенный стенд РАН), павильон 1, угол D.

Ждём Вас на нашем стенде!

Алексеев Яков Игоревич
НПФ Синтол

Лаборатория в Москве, оснащенная современным оборудованием европейского и американского производства, укомплектованная реактивами и пластиком для работы в области молекулярной и клеточной биологии, биохимии и скрининга, ищет покупателя для переезда на новую территорию.

Лаборатория была создана четыре года назад, оснащена новым оборудованием иностранного производства (список оборудования по запросу).

За время работы лаборатории был выполнен ряд успешных проектов в области клонирования, экспрессии в различных системах и биохимического скрининга.

Лаборатория укомплектована штатом сотрудников из трех человек: два кандидата химических наук с большим опытом работы в европейских и американских лабораториях и высококвалифицированный лаборант.

Вашему вниманию предлагается оборудование, реактивы, пластик для комфортной работы группы из 3-6 человек. Запас реактивов и пластика позволяет проводить работы без дополнительных значительных затрат примерно в течении года.

Сотрудники лаборатории готовы перейти на Вашу тематику и/или продолжить проект (выполненный на 95%) по первичному скринингу в области анти раковых препаратов (есть договоренность с бывшим руководством о возможности публиковать результаты в иностранных научных журналах).

Информация срочная, в ближайшее время начнется распродажа оборудования по частям.

Координаты для связи:
тел. 495-7750654 доб.1862
lipus57@yahoo.com
Липкин Алексей

I would like to draw your attention to the 2009 calls for the
International Ph.D. and Postdoctoral Programmes at the Spanish National
Cancer Research Centre (CNIO).

The CNIO offers excellent training and research opportunities in cutting
edge basic and applied cancer research. The programmes are open to
outstanding young graduates from all over the world who want to pursue
ambitious research projects.

The deadline for applications is March 15th, 2009.

The CNIO International Postdoctoral Programme offers up to 6 very
competitively funded two-year postdoc positions to outstanding junior
scientists. Applications are considered at regular intervals, the 2008
call closes on December 31st, 2008.


- Ph.D. Programme: www.cnio.es/phd <http://www.cnio.es/phd>

- Postdoc Programme: www.cnio.es/postdoc

---

Поблагодарили (1): Beta

Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров состоится в Москве, с 21 по 27 июня 2009 г. на базе Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН и Московского Государственного Университета им. М.В. Ломоносова.

Ключевые даты:
До 15 декабря 2008 года – прием заявок
До 15 февраля 2009 года – прием тезисов
До 30 апреля 2009 года – оплата оргвзноса
21 июня 2009 года – регистрация участников Съезда
22 июня 2009 года – открытие Съезда
27 июня 2009 года – закрытие Съезда

http://www.vogis.org/vogis.php?p=5vogis

1_st_Inform.Letter.rtf размер: 1.5мб кол-во скачиваний: 190 будет здесь ещё 88 дн.

---

Поблагодарили (4): KisA, udalov maksim, vladimirchi, borgenet

Выложено 39 новых книг по биологии. Практически закончена серия "Флора Сибири" (остался один том), выложены полностью "Флора Мурманской области" и "Флора Абхазии", выложено больше половины "Определителя лишайников СССР/России", "Растений Центральной Азии". На сайт помещены "Определитель растений советского Дальнего Востока" Ворошилова и "Определитель растений Камчатской области". Впервые в Интернете -- первый том "Жизни растений" А. Кернера (1901), лучшего, на мой взгляд, популярного текста по ботанике, выходившего на русском языке. Есть новые книги по зоологии, палеонтологии и теории систематики.
Адрес: http://herba.msu.ru/shipunov/school/sch-ru.htm
Громадное спасибо Е. Глазуновой, Д. Тимофееву и Н. Степановой за помощь в пополнении этой библиотеки, насчитывающей уже почти 250 книг!

Счастливого пользования!

---

Поблагодарили (18): Vorona, Kovalevsky, kut, kisser, E-KiR, Komissarov, papilio_bianor, RODENTIA, Atropos, herkkusieni, udalov maksim, dormouse, polosataya, Chevillis, bsm, lattoris, .Ira., Juglans

Понедельник, 24 ноября 2008, 18.00

Институт молекулярной биологии (Вавилова, 32), к. 309.

Ольга Троянская (Olga Troyanskaya)

Princeton University

Использование функционально-геномных данных для изучения функции, взаимодействий и эволюции белков (Using functional genomics data to study protein function, interaction networks, and evolution)

With the explosion of functional genomic data (including microarrays, protein-protein interaction data, knockout/knockdown experiments etc), we should be poised to answer systems-level biological questions about functions and interactions of proteins and their evolution. However, these data are challenging to analyze and addressing such challenging problems requires targeted context-specific approaches, probabilistic methods, and tight integration with experiments. I will discuss some of my laboratory's work in this area, including on analyzing large collections of diverse functional genomic data in yeast for prediction of function and on using such computational methods to drive experiments. I ill also present some of our results in higher eukaryotes and how these approaches enable us start addressing evolutionary questions.
More information about our work is available at http://function.princeton.edu.

Рабочий язык семинара – русский

---

Поблагодарили (2): downshifter, Alexey-1

Люди и многие другие животные используют два генетических кода для трансляции наследственной информации — стандартный код для белков, закодированных в клеточном ядре, и более «современный» вариант кода для трансляции митохондриального генома. Несмотря на первостепенное значение генетического кода в биологии, причины существования альтернативного кода в митохондриях оставались загадочными с момента его открытия в 1979 году. Различные гипотезы, касающиеся причин возникновения изменений в генетическом коде, отдавали предпочтение нейтральным эволюционным механизмам, поскольку принцип кодирования аминокислот не должен был меняться.

Гипотеза «двусмысленного прочтения» предлагает механизм, не являющийся нейтральным. Согласно этой гипотезе, мутации в тРНК приводят к тому, что считывание кодона осуществляется двумя различными тРНК — обычной и мутантной, — «заряженными» различными аминокислотами, но узнающими один и тот же кодон. Такая двусмысленность в прочтении кодона является критическим начальным этапом в процессе последовательного перекодирования кодона. Затем мутантная тРНК постепенно займёт место обычной, которая будет утеряна в результате случайных мутаций. Изменение GC-содержания не играет при таком сценарии определяющей роли, и весь процесс определяется полезностью изменений на уровне синтезируемых белков, другими словами — появлением или отсутствием адаптаций.

В статье, опубликованной группой исследователей из Университета Иоганна Гутенберга в Майнце, впервые показано, что причиной переопределения кодона AUA с кодирующего изолейцин на кодирующий метионин (что и наблюдается в митохондриях многих организмов) являются значительные и благоприятные в эволюционном плане изменения на уровне кодируемых белков [1].

Авторы статьи убедительно продемонстрировали, что переопределение кодона (с изолейцина на метионин) в митохондриях организмов, активно использующих аэробное дыхание (например, пчёл, но не «мало дышащих» иглокожих), привело к значительному накоплению легко окисляемых аминокислотных остатков метионина в белках, находящихся в богатой окислителями внутренней мембране митохондрий. Этот видимый парадокс легко разрешается, если принять во внимание антиокислительные свойства метионина. В своей работе учёные представили экспериментальные доказательства того, что присутствие метионина в качестве антиоксиданта во внутренней мембране создаёт дополнительный барьер для разрушительного влияния АФК. Метионин является природным, отобранным в процессе эволюции, антиоксидантом, необходимым для функционирования электрон-транспортной цепи митохондрий и защищающий их от окислительного стресса.

Таким образом, коллективное изменение последовательностей белков в результате переопределения кодона может предоставлять преимущество в процессе естественного отбора, что подтверждает гипотезу «двусмысленного кодирования», объясняющую эволюцию генетического кода. Другими словами, окислительный стресс сформировал митохондриальный генетический код.
Литература

1. Bender A., Hajieva P., Moosmann B. (2008). Adaptive antioxidant methionine accumulation in respiratory chain complexes explains the use of a deviant genetic code in mitochondria. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 16496–16501

Подробнее: http://biomolecula.ru/?page=content&id=410

---

Поблагодарили (7): [PPK] Rattus, Atropos, elsh, vladimirchi, IgArt, Alex2006, taniusha

Пятый съезд Общества биотехнологов России имени Ю.А. Овчинникова состоится 2–4 декабря 2008 года в г. Москве в помещении Института биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН по адресу: ул. Миклухо-Маклая, 16/10.
Организаторы съезда: Общество биотехнологов России им. Ю.А. Овчинникова (ОБР) при поддержке Государственной Думы ФС РФ, профильных министерств и ведомств, Российской академии наук, отраслевых академий, Союза предприятий биотехнологической отрасли. Съезд проводится при содействии политической партии «Единая Россия».
Структура съезда включает в себя, кроме научной и организационной частей, проведение Всероссийского совещания работников биотехнологической отрасли промышленности и научно-практической конференции МЕДБИОТЕК-4 (проводится совместно с Отделением биологических наук РАН), Научно-практический семинар «Питательные среды и методы культивирования клеток».
В рамках съезда предусмотрено проведение пленарных заседаний, секций, сессий, круглого стола, семинара, конкурса молодых ученых, выставки.
Оформление заявки на участие в съезде. Заявки на участие подаются по форме в зависимости от мероприятия путем заполнения соответствующих регистрационных карт (формы регистрационных карт см. на сайте Общества биотехнологов России http://www.biorosinfo.ru .
Заявки для участия во всех мероприятиях принимаются до 27 ноября 2008 г.
Тезисы для включения в сборник материалов принимаются до 20 ноября 2008 г.
Проживание в гостинице:
Участники съезда и ассоциированных мероприятий, нуждающиеся в гостинице, должны сделать соответствующие отметки в регистрационной карте для предварительного бронирования.

Адрес для переписки:
119071, Москва, Ленинский пр., 33, корп. 1, комн. 364
Тел.: +7 (495) 662-95-91;Тел./Факс: +7 (495) 648-09-13
E-mail: obr@biorosinfo.ru; http://www.biorosinfo.ru
ОРГКОМИТЕТ

Четверг, 6 ноября 2008, 18.00

Институт молекулярной биологии (Вавилова, 32), к. 309.

Алексей Стукалов (Москва) (Alexey Stukalov)

PK и OMA - веб-инструменты для анализа белковых семейств и мутаций. (PK & OMA - web-tools for protein families and mutations analysis)

ProteinKeys (PK) & Online Mutation Assessor (OMA) are Web 2.0 applications, targeted for molecular biologists, that study the role of specific amino acid residues and their mutations for protein function. These tools were used to analyze cancer mutations in The Cancer Genome Atlas (TCGA) project.
The algorithmic part includes Contrast Entropy Optimization (CEO) method [Reva 2007] for prediction of functional protein subfamilies and residues specificity, pairwise and HMM-based alignment of protein sequences (HMMER and BLAST), detection of binding sites and ligands, cross-homologs features search. The sum of these methods provides for tight integration of key bioinformatics databases: UniProt, wwPDB, Pfam etc. In the end, there's a biologist, who could examine his protein or mutation of interest in the context of protein family, homologous 3D structure or mutation assessment report.
In future, PK&OMA may evolve into flexible large-scale data analysis tool, that could be used in various aspects of bioinformatics, from comparative genomics to drug design.
ProteinKeys (PK) http://awabi.cbio.mskcc.org/proteinkeys/
Online Mutation Assessor (OMA) http://awabi.cbio.mskcc.org/oma/

Рабочий язык семинара – русский

Обновление ботанической библиотеки
Очередное обновление: выложены 52 новые книги по биологии, в том числе половина "Флоры Сибири", большая часть "Флоры Абхазии", первые три тома "Флоры Мурманской области", три тома "Флоры УРСР", "Определитель растений Мещеры", "Флора Нижнего Дона", "Флора Казахстана", "Сосудистые растения" Черепанова, три тома "Сравнительной эмбриологии цветковых", и многое, многое другое, в том числе книги по протистологии, гистологии, теории эволюции и систематики.
Адрес: http://herba.msu.ru/shipunov/school/sch-ru.htm
Громадное спасибо Е. Глазуновой, Г. Гузь, Д. Тимофееву, П. Волковой и Н. Степановой за помощь в пополнении библиотеки!

Счастливого пользования!

---

Поблагодарили (11): Vorona, dormouse, konyshevil, kut, .Ira., физиолух, Linnaeus_tuschinorum, herkkusieni, bsm, Kovalevsky, Atropos

---

Поблагодарили (76): Gubanov Sergey, nas, bukach, Anfisa, ink, Дядя ФАКСер, borgenet, физиолух, Tuco Ramires, Qzak, Sky7walker, fbb, Mike Shelk, epsylonit, Abbatt, AE, Kadet, Ale-x, taniusha, Fritz, isotope, ghost_ya, olk, chemist-sceptic, iliaY, afanasev_max, e.coli, chatter, АНК, nolis, ERiNaCeUS, dimafish, mesentsev, petr, gav, Dimserg, vb, gug, Natka, Prostovna, Ёлкин, Oleg Klychnikov, NBSC, little runaway, Mikler, D_evgenii, polymerase, Wola, antihistone, wanderer1981, Koshmar, doute, cbx4, biola, Redactor, bob2, MBO, Atropos, RNA, ScWt, Яна, plantago, KoP, nucleoside, Yulia S, morigor, shum, Titto, Lessa, Komissarov, Alex2006, Alexey Lomakin, tryptase, udalov maksim, pan Andrzej, dk

Трёхгранноплодник окутанный - Trigonocaryum involucratum (Stev.)Kusn.
Семейство Бурачниковые – Boraginaceae

Травянистый однолетник 2-10 см высоты. Стебли полулежачие, всё растение покрыто негустыми полуприжатыми одинаковыми щетинками, сидячими на маленьких бугорках. Листья 1-1,5 см длины, к основанию постепенно суженные. Конечные олиственные соцветия однажды или дважды вильчатые. Прицветные листья до 2 см длины. Соцветия немногоцветковые. Чашечка около 2 мм длины, сидячая или на короткой отогнутой ножке, колокольчатая. Венчик с короткой трубкой и плоским сине-фиолетовым отгибом, 2-3 мм в диаметре.
Эндемик центральной и восточной частей Большого Кавказа. Растёт на осыпях и каменистых склонах в субальпийском и альпийском поясах.

Тема ассоциирована со страницей: Трёхгранноплодник окутанный (Trigonocaryum involucratum. Boraginaceae)

---

Поблагодарили (3): Atropos, Lilianna, pan Andrzej

Вторник, 28 октября 2008, 18.00

Институт молекулярной биологии (Вавилова, 32), к. 309.

Михаил Гальперин (Michael Galperin)

NCBI, NLM (Bethesda MD, USA)

Эволюция биологических мембран и мембранного потенциала. (Evolution of biological membranes and the membrane potential)

Структурная организация мембранных липидов в клетках бактерий и архей имеет несколько принципиальных отличий, что ставит под вопрос природу исходных (предковых) мембран. Мы подошли к этому вопросу с несколько необычной стороны, изучая эволюцию мембранной АТФ синтетазы. Трёхмерная структура растворимого фактора F1 мембранной АТФазы очень близка к структурам ДНК- и РНК-хеликаз, работа которых сопряжена с их вращением вокруг субстрата (ДНК или РНК). Это означало, что "изобретение колеса" произошло задолго до появления мембранной АТФазы. Сравнение структур мембранных субъединиц c фактора Fо из H+- и Na+-зависимых АТФ синтетаз показало, что Nа+-АТФазы являются более древней формой. Это означало, что натриевый градиент (sodium-motive force) является эволюционнно более древним, а протонный градиент (proton-motive force) возник позже и, благодаря своей более высокой эффективности, заместил натриевый градиент у большинства организмов, включая бактериальных предков митохондрий и хлоропластов. Это, в свою очередь, позволило заключить, что древнейшие мембраны были пористыми, проницаемыми для ионов и, возможно, даже для небольших молекул и могли поддерживать только Доннановский потенциал. Мы предполагаем, что эволюция биологических мембран протекала в направлении снижения их проницаемости, что и привело к возникновению сначала натриевого, а затем и протонного градиента.

---

Поблагодарили (5): Atropos, wanderer1981, downshifter, katalina, kuliks

ЧЕТВЕРГ, 16 октября в 11.00

Сессия ВАСХНИЛ

1948 год

События и люди

Семинар проходит в 11.00
в Конференц-зале Института
биологии развития
ул. Вавилова, 26
М. "Ленинский проспект"





Подробности можно узнать по Телефону: 8-499-135-63-37

ЕвразияБио-2009
ВТОРОЙ МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС & ПАРТНЕРИНГ & ВЫСТАВКА ПО БИОТЕХНОЛОГИИ, БИОЭНЕРГЕТИКЕ И БИОЭКОНОМИКЕ
13 - 17 апреля 2009

Сайт здесь.

---

Поблагодарили (1): klav