Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Выделение ДНК из агарозного геля с помощью PEG/TAE -- comments to a permanent page of the site --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Тема связана с: С помощью PEG/TAE
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Forum robot
Постоянный участник
на сервере в Москве



 прочитанное сообщение 11.01.2006 03:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Комментарии к постоянной странице сайта: Выделение ДНК из агарозного геля с помощью PEG/TAE

Самый удобный метод выделения DNA из геля. Он дёшев, позволяет выделить фрагменты DNA любого размера с эффективностью более 90%, очень быстр, позволяет выделить одновременно так много фрагментов, как много лунок вы вырежете. Выделенную ДНК без дальнейшей очистки можно использовать для лигирования, кинирования, реакции Random Primer, рестрикции.
_Артем_
IP-штамп: frftLGqhpFF.A
гость



 прочитанное сообщение 11.01.2006 03:44     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

п.1
При концентрации PEG 17% можно не пользоваться фитилями, так как раствор довольно вязкость и при аккуратном наслоении остается таковым при ЭФ. Вязкость PEG сильно зависит от температуры и при необходимости ЭФ можно проводить при пониженной температуре.
Участник оффлайн! Atropos
Постоянный участник
abroad



 прочитанное сообщение 03.11.2006 20:12     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Любопытная статья. Правда ли, что трансиллюминаторы на 312 нм столь сильно понижают эффективность трансформации и что добавление гуанозина/цитидина столь эффективно препятствует этому явлению? confused.gif
Guest
IP-штамп: fr9kBRMm7UODU
гость



 прочитанное сообщение 04.11.2006 10:23     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

методэлюции из геля , описанный
Guest
IP-штамп: fr9kBRMm7UODU
гость



 прочитанное сообщение 04.11.2006 10:30     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

метод элюции из геля , описанный выше а) трудоемок крайне б) грязен в смысле кросс-контаминации при выделении более 1 фрагмента в параллель в) с трудом справляется с разделением и элюцией одной из дву-трех близко идущих полос
И потом, оценка повреждения ДНК при облучении зависит, кроме длины волны и размера фрагмента, еще и от времени облучения, расстояния от лампы до геля и тп- что очевидно, не сам свет плох, а количество поглощенных фотонов.
Ну и про последнюю статью- смешно, как 99% всего, что сливается в Biotechnique, ей-богу. МОжно много чего налить в буфер (как в бензин!)- может, просто научиться работать быстро , чисто и не повреждать ДНК ультрафиолетом, а мозги- чтением бредовых методик и статей?!
Участник оффлайн! Platov




 прочитанное сообщение 14.12.2006 01:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Guest, a какой метод предлагаешь ты?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 14.12.2006 15:51     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Guest @ 04.11.2006 09:30)
Ссылка на исходное сообщение  метод элюции из геля , описанный выше а) трудоемок крайне б) грязен в смысле кросс-контаминации при выделении более 1 фрагмента в параллель в) с трудом справляется с разделением и элюцией одной из дву-трех близко идущих полос
И потом, оценка повреждения ДНК при облучении зависит, кроме  длины волны и размера фрагмента, еще и от времени облучения, расстояния от лампы до геля и тп- что очевидно, не сам свет плох, а количество поглощенных фотонов.
Ну и про последнюю статью- смешно, как 99% всего, что сливается в Биотечнияуе, ей-богу. МОжно много чего налить в буфер (как в бензин!)- может, просто научиться работать быстро , чисто и не повреждать ДНК ультрафиолетом, а мозги- чтением бредовых методик и статей?!

А можно работать МЕДЛЕННО smile.gif И не суетиться зазря smile.gif
И не ОБЛУЧАТь ДНК улътрафиолетом сдуру smile.gif
http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=11011
Участник оффлайн! mega monster kill

Monster City



 прочитанное сообщение 15.12.2006 20:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Никаких методов ваще не надо для агарозы. Берете полосу из геля, замораживаете вместе с гелем и пропускаете через фильтр 0,2-0,4мкм и т.п. например ацетат целлюлозы, или любой другой low binding. ВСЕ!!!!!!!!!!!
Участник оффлайн! curious67
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.12.2006 22:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

а зачем тогда киты для выделения из геля? А куды деваться от кусков (маленькие- но все же) агарозы- она отлично ингибирует все подряд, начиная с лигирования
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 19.07.2007 15:28     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(curious67 @ 16.12.2006 22:51)
Ссылка на исходное сообщение  а зачем тогда киты для выделения из геля? А куды деваться от кусков (маленькие- но все же) агарозы- она отлично ингибирует все подряд, начиная с лигирования

из агарозы естъ КлонВелл - НИЧЕГО ВЫРЕЗАТь НЕ НАДО smile.gif
http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=11714
Участник оффлайн! Alexkiev




 прочитанное сообщение 23.07.2007 12:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

mega_monster_kill, а каими последствиями чреват такой метод? для чего замораживать гель с ДНК, разрушить? ДНК выходит через гель с TBE? Как потом будут вести себя рестриктазы в этом буффере?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 23.07.2007 17:31     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Alexkiev @ 23.07.2007 12:55)
Ссылка на исходное сообщение  мега_монстер_килл, а каими последствиями чреват такой метод? для чего замораживать гель с ДНК, разрушить? ДНК выходит через гель с ТБЕ? Как потом будут вести себя рестриктазы в этом буффере?

тут полоска приходит в ЛУНКУ с ВОДОЙ smile.gif когда видищ что уже продукт подошел
к лунке в геле - Просто добавь ВОДЫ smile.gif
http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=11714
Участник оффлайн! Alexkiev




 прочитанное сообщение 25.07.2007 14:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

тут полоска приходит в ЛУНКУ с ВОДОЙ когда видищ что уже продукт подошел
к лунке в геле - Просто добавь ВОДЫ
http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=11714

Вариант неплохой, но прибор... Все равно спасибо, подкоплю денег и...


Как лучше выделить днк 200п.н. из геля для последующей амплификации...? Скорее всего малая концентрация. Спасибо
Участник оффлайн! Alexkiev




 прочитанное сообщение 27.07.2007 12:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Вопрос 1: Может ли в реакции сильнее амплифицироваться плазмида, чем нужная вставка??
Вопрос 2: Кстати, знает ли кто-нибудь можно ли полученный продукт из ПЦР, точнее всю смесь после реакции ПЦР (уже полученная вставка, с конц. 1нг в 1 мкл, праймеры, нуклеот., полимераза, вода...), разделить на двое (по 25мкл) и довести оба эппендорфа до 50 мкл, добавив dNTP, праймеры, полимеразу... и запустить реакцию по новой, тем самым обезвредив концентрацию пирофосфатов... и в результате получить больше нужного продукта? ПЦР не дает внушительного количества. Спасибо
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 27.07.2007 15:31     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(Alexkiev @ 27.07.2007 12:47)
Ссылка на исходное сообщение  Вопрос 1: Может ли в реакции сильнее амплифицироваться плазмида, чем нужная вставка??
Вопрос 2: Кстати, знает ли кто-нибудь можно ли полученный продукт из ПЦР, точнее всю смесь после реакции ПЦР (уже полученная вставка, с конц. 1нг в 1 мкл, праймеры, нуклеот., полимераза, вода...), разделить на двое (по 25мкл) и довести оба эппендорфа до 50 мкл, добавив dNTP, праймеры, полимеразу... и запустить реакцию по новой, тем самым обезвредив концентрацию пирофосфатов... и в результате получить больше нужного продукта? ПЦР не дает внушительного количества. Спасибо

Ваши ближайшие цели? Иначе быть пожару на Вашем рабочем месте. Я мею ввиду пожар в виде контаминации ПЦР продуктом. frown.gif .
Участник оффлайн! Alexkiev




 прочитанное сообщение 30.07.2007 11:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Да насчет ПЦР, это просто интерес, слишком мало продукта получилось из вставки, хотя саму вставку до реакции на форезе вообще видно не было. Вставка была около 1нг в 1мкл... Нет смысла элюировать из геля, да и другими способами, больше потеряю чем выделю. А вот по поводу амплификации плазмиды, а не вставки, это серьезно. Я уже решил порезать ее и использовать кусок со вставкой для амплификации, а не целую. Что думаете?
Ъ
IP-штамп: frh5mdI9nB8Yg
гость



 прочитанное сообщение 01.08.2007 16:53     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(Alexkiev @ 30.07.2007 11:06)
Ссылка на исходное сообщение  Да насчет ПЦР, это просто интерес, слишком мало продукта получилось из вставки, хотя саму вставку до реакции на форезе вообще видно не было. Вставка была около 1нг в 1мкл... Нет смысла элюировать из геля, да и другими способами, больше потеряю чем выделю. А вот по поводу амплификации плазмиды, а не вставки, это серьезно. Я уже решил порезать ее и использовать кусок со вставкой для амплификации, а не целую. Что думаете?

Если у Вас выход ПЦР продукта низкий, это не по причине что Вы взяли в качестве матрицы вставку (это ПЦР продукт?) или плазмиду. Для ПЦР эти количества матриц практически одно и то же. Теоретически, линейка-плазмида лучшая матрица, но проблема Ваша в самой ПЦР - низкий выход из-за плохо оптимизированной смеси. Оставьте плазмиду и вставку в покое и ищите причину в другом, начиная со структуры праймкров (нет ли ошибок). umnik.gif Происхождение Ваших реактивов и, вторично, Ваши ближайшие цели? confused.gif
guеst
IP-штамп: frlP9jDcX5Elk
гость



 прочитанное сообщение 01.08.2007 17:21     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(Alexkiev @ 27.07.2007 11:47)
Ссылка на исходное сообщение  Вопрос 1: Может ли в реакции сильнее амплифицироваться плазмида, чем нужная вставка??

Может, если перебухать фермента и поставить неоправданно большое время элонгации (минуты две).

Вы ничего не написали о вашей амплификации. На основании такой информации никто Вам помочь не сможет. Если наугад, то чаще всего "низкий выход" получается, когда людям требуется амплифицировать сравнительно короткий фагмент, но они берут "обычную" концентрацию праймеров.
Участник оффлайн! Alexkiev




 прочитанное сообщение 02.08.2007 15:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Реактивы кваген и ферментас, есть свое, собственноручное. Вставка ок.200 п.н. Цель получить транскрипт. Вставка кодирует тРНК, мутантную (узнается как пролиновой, так и аланиновой АРСазой). Проблема с праймерами, возможно, потому что разн. темп. плавления, но всего 2 градуса. А скорее из-за того, что разное соотношение GC, считывание полимеразой начинаеться у одного праймера с Т, у другого с А ( по-разному садиться). Время элонгации 1 мин,30 циклов ( вряд ли влияет), температура отжига 58 град. при темп. их плавления 68-66, но так сказали.) Больше ничто не может влиять. Фермента не много, праймеров больше чем в методике с molbiol. Спасибо

Кстати насчет перебуха - верно, но после нескольких казусов в таком состоянии на работу не прихожу
Ъ
IP-штамп: frh5mdI9nB8Yg
гость



 прочитанное сообщение 03.08.2007 15:57     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

Меня смущает низкая температура отжига при такой высокой темп. плавления праймеров. frown.gif Можете ли выставить праймеры и расписать точный состав ПЦР смеси, соблюдаете ли "горячий старт"?
Вносите миллионы копий матрицы (нг вставки или плазмиды!) в реакцию и низкий выход ПЦР продукта - это надо уметь. frown.gif
Guest
IP-штамп: fr1UUj0STsybI
гость



 прочитанное сообщение 03.08.2007 17:27     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

(Ъ @ 03.08.2007 15:57)
Ссылка на исходное сообщение  Меня смущает низкая температура отжига при такой высокой темп. плавления праймеров.  frown.gif  Можете ли выставить праймеры и расписать точный состав ПЦР смеси, соблюдаете ли "горячий старт"?
Вносите миллионы копий матрицы (нг вставки или плазмиды!) в реакцию и низкий выход ПЦР продукта - это надо уметь. frown.gif

Сегодня около Венеции- погода дер;мо- рву -Миласн-Генуя lol.gif lol.gif lol.gif
Guest
IP-штамп: fr1UUj0STsybI
гость



 прочитанное сообщение 03.08.2007 17:29     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

(Ъ @ 03.08.2007 15:57)
Ссылка на исходное сообщение  Меня смущает низкая температура отжига при такой высокой темп. плавления праймеров.  frown.gif  Можете ли выставить праймеры и расписать точный состав ПЦР смеси, соблюдаете ли "горячий старт"?
Вносите миллионы копий матрицы (нг вставки или плазмиды!) в реакцию и низкий выход ПЦР продукта - это надо уметь. frown.gif

Привет lol.gif lol.gif lol.gif Ты еше не охерел lol.gif lol.gif lol.gif
Guest
IP-штамп: fr1UUj0STsybI
гость



 прочитанное сообщение 03.08.2007 17:34     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(Ъ @ 03.08.2007 15:57)
Ссылка на исходное сообщение  Меня смущает низкая температура отжига при такой высокой темп. плавления праймеров.  frown.gif  Можете ли выставить праймеры и расписать точный состав ПЦР смеси, соблюдаете ли "горячий старт"?
Вносите миллионы копий матрицы (нг вставки или плазмиды!) в реакцию и низкий выход ПЦР продукта - это надо уметь. frown.gif

НУ ИЗВИНИ - из италии приходится мессаги кидат weep.gif weep.gif weep.gif
завтра рвану на другой берег lol.gif lol.gif lol.gif
Ъ
IP-штамп: frh5mdI9nB8Yg
гость



 прочитанное сообщение 03.08.2007 20:15     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(Guest @ 03.08.2007 17:34)
Ссылка на исходное сообщение  НУ ИЗВИНИ - из италии приходится мессаги кидат weep.gif  weep.gif  weep.gif
завтра рвану на другой берег lol.gif  lol.gif  lol.gif

Я думал, что ты давно загораешь. Привет. smile.gif А я уже загораю на том же месте, где и был на майских, на острове в Средиземном. Это к юго-востоку от тебя.
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  21.12.2022 09:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

https://omegawatches89.simplesite.com/452939033
https://dailygram.com/index.php/blog/116219...eplica-watches/
https://plaza.rakuten.co.jp/omegawatches89/...y/202208040000/
https://blog.easyfie.com/how-to-prepare-you...on/#comment-285
https://form.jotform.com/223253786289064
https://discussions.ubisoft.com/user/omegawatches89
https://www.worldranklist.com/profile/108194
https://blog.udn.com/omegawatches89/176226568
https://penzu.com/p/56f52c40
https://62e8ce2ae5d50.site123.me/blog/tips-...replica-watches
https://omegawatches91.mystrikingly.com/
https://ameblo.jp/omegawatches89/entry-12756647425.html
https://telegra.ph/Where-To-Find-Elegant-An...es-Online-08-03
https://omegawatches89.seesaa.net/article/490300768.html
https://medium.com/@omegawatches89/reasons-...ar-e16d1fabc26f
https://omegawatches89.simplesite.com/452939109
https://teletype.in/@omegawatches89/bVw2sShID4x
https://www.pearltrees.com/omegawatches89#item456651209
https://dailygram.com/index.php/blog/116219...eplica-watches/

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 17:00
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft