 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* Сбор полевого материала для ПЦР
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 EKalina |
 16.01.2003 23:11
|
|
baymak |
17.01.2003 08:16
|
|
Павел Постоянный участник Новосибирск |
17.01.2003 08:48
|
|
|
17.01.2003 12:07
но если работа направлена на поиск возбудителей инфекционных болезней, в частности ООИ, фиксация в этаноле и др. как будет отражаться на ДНК поясните пожалуйста |
|
Chernysh |
17.01.2003 19:18
|
|
Midgardsormen Постоянный участник |
17.01.2003 20:20
 Другое дело как она отражается на нуклеазах, аутолизе, загрязнении микроорганизмами и пр. Знакомые зоомолбиологи либо делают PCR в поле, либо препарируют мыша в поле, образец ткани смешивают с Lyze-N-Go, нагревают по инструкции (пом просто кипятят) и хранят в закрытом виде, до недели, на амбиентной температуре. Утверждается, что деградации ДНК при этом не происходит. Нэ проверял.
|
|
ВЧ |
20.01.2003 18:47
Более трех лет занимаюсь сбором коллекции ДНК-содержащих образцов осетровых рыб для Государственной генетической коллекции гокомрыболовства РФ, собрано более 1000 образцов для ПЦР и RAPiD, на качество еще никто не жаловался. Напишите письмо пришлю оттиски и прописи методик консервирования, которые действительно работают. То, что работает на рыбах, на мышах будет 100%. Главный принцип консервации в полевых условиях - заливка 96%(96!!!) этанолом , перезаливка через трое суток. Добавление прямо в спирт сухой ЭДТА при хранении. В. Чистяков rw@donpac.ru |
|
Redactor admin. Берлин, Германия |
20.01.2003 20:15
Напишите письмо пришлю оттиски и прописи методик консервирования, которые действительно работают. А Вы не могли бы прислать сюда, на сайт?
|
|
Yulia Участник Moscow |
22.01.2003 03:36
|
|
ВЧ |
24.01.2003 21:31
адрес правильный, попробуйте еще rw@azovfish.ru Опишу коротко некоторые моменты, связанные с консервированием ДНК-содержащих проб. 1. Посуда. Лучшая посуда - пластиковые пробирки с герметически завинчивающимися крышками, с "юбкой", которые могут стоять на плоскости, объемом 5 - 10 мл, мы покупаем их в фирме Хеликон (Москва) http://www.helicon.ru/ 2. Маркировка. Помимо надписей на пробирке, которые лучше делать простым мягким карандашом, номер и описание пробы нужно написать на маленькой бумажке и положить в пробирку. В полевых условиях это иногда выручает 3. Нужно продумать меры для предохранения от контаминации одних проб следами других. В море обычно проблем с водой не бывает и инструменты можно мыть, а затем протирать спиртом, но где-нибудь в пустыне наверное стоит иметь запас одноразовых пинцетов и скальпелей. 4. Этанол. Если Вы обладаете достаточным авторитетом среди участников экспедиции и примкнувших к ним лиц (егерей, пограничников, проводников, моряков и др.) фиксируйте чистым 96%этанолом, если нет раствором фурацилина в этаноле (концентрация не имеет значения, главное устрашающая окраска). 5. Соотношение поверхность/объем фиксируемого образца должно быть максимальным. Отношение образец/этанол должно быть не более 1/5 6. Этанолом следует заливать пробирки до верху, не оставляя пузырьков воздуха. 7. Через сутки-трое после заливки первую порцию этанола следует слить и перезалить образец, это делается для удаления воды и уменьшения концентрации липидов, субстрата для перекисного окисления. 8. При перезаливке полезно внести в пробирку сухую ЭДТА на кончике скальпеля. 9. ДНК нормально выделяется как фенол/хлороформным методом, так и солевой экстракцией. 10. Самые большие проблемы при таком методе фиксации - выпивание части этанола с последующим разбавлением и связанная с ней проблема недолива. Желаю успехов ВВ ВЧ |
|
Midgardsormen Постоянный участник |
25.01.2003 00:05
|
|
Redactor admin. Берлин, Германия |
27.01.2003 16:36
регистр. номер # 1626 27.01.2003 12:10 IP: Logged -------------------------------------------------------------------------------- Важен не абсолютный размер(масса), а отношение объема образца к поверхности. Чем быстрее этанол пропитает образец, тем качественнее пройдет фиксация. Наш опыт показывает, что оптимальная толщина образца около 1 мм. Я думаю, что при правильной этанольной фиксации,исключающей развитие микрофлоры, особенно с перезаливкой, микробная ДНК должна сохраниться. Может быть, пока не начался полевой сезон, имеет смысл поставить модельный эксперимент? ВЧ |
|
Midgardsormen Постоянный участник |
27.01.2003 19:27
, коэффициент диффузии этанола в тканях, и бактериостатическая его концентрация. Но это все бессмысленно оценивать на пальцах, надо просто сделать пару экспериментов применительно к конкретным образцам и конкретным методам PCRa. И в этом я с вами сагласен.
|
|
|
31.01.2003 23:04
|
|
Павел Постоянный участник Новосибирск |
02.02.2003 12:21
|
|
|
21.02.2003 22:39
Лет двенадцать назад, я занимался этим, ни спирта ни чего другого из анитисептиков ми в проби не добавляли, Я не буду расказивать про инсектов, это просто, поместил в крио пробирку и сунул в йигкий азот, в Москве некоторая часть их отмарайивается и прекрасно ойивает, будте осторойни не упустите инфекционний материал, а то мойно организовать епид вспишку, и перезаразить округу, а то и того больше. Про ПЦР это хорошо, но изоляция вируса и подтверйдение биологических своиств это первое, ну а ПЦР это так толко для красоти, если возбудитель не виделен, а ПЦР есть, ну что й бивает, от моройених в мерзлоте ймуриках, ни чего хорошего сказать не могу, к несчасчастью или к частью из ймуриков не удается, я имею ввиду если клиент пролоял во льду око 100 лет или больше, виделить возбудитель, но ДНА или РНА это поялуыста, по ней мойно сделать точную копию вируса, но как показивает практика на натуральной оспе ДНА или на гриппе испанка от 18 гога получали тейе самие вируси, то есть повишенаая вирулентность не подтвердилась. ОК Где нуйен спирт, первое если находишся в експедиции больше недели конечно пить, второе менять у оборегенов на йидкий озот, обично он есть там где занимаются селским хозяыством, искуственное оплодотворение скота, но обично дают и за так, колеги йе, третие дезинфекция инструмента, но в принчипе мойно и помить с кипечением. Да от пророста - обичний пен/стреп/фунгизон (антибиотиц/антимикотик), ДНА,РНА, вируси виделение, Рикетсии, ницксхего не добавлять, йидкий азот, Бацтерии или микроби- ницксхего не добавлять, йидкий азот, ОК всего не раскайеш [Текст переведён с транслита] |
|
|
12.08.2003 18:02
Подскажите, пожалуйста, простой способ сбора растительного материала в полевых условиях для последующего выделения ДНК и ПЦР! Елизавета Пунина, Ботанический институт РАН, Санкт-Петербург |
|
RakS Участник |
18.03.2013 20:52
Сообщение было отредактировано RakS - 18.03.2013 20:56 |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
18.03.2013 21:46
 Апнули мертвую тему через 10 лет!Что мешает открыть свою тему и вести ее до полной победы.  .
|
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
18.03.2013 21:47
(RakS @ 18.03.2013 21:52)  Дак, всё же, кто-нибудь, имеющий опыт, подскажите наиболее оптимальный способ сбора полевого материала (имеются в виду ткани рыб)!А где волшебное слово?
|
|
RakS Участник |
18.03.2013 22:00
(-Ъ- @ 18.03.2013 23:47) А где волшебное слово? Как я понял тут никакие волшебные слова не помогут, дельных советов вряд ли можно добиться, в основном переливание идет из пустого в порожнее.... |
|
RakS Участник |
18.03.2013 22:06
(-Ъ- @ 18.03.2013 23:46) Что за страсть все сваливать в одну кучу? Апнули мертвую тему через 10 лет!Что мешает открыть свою тему и вести ее до полной победы. .Значит она не потеряла своей актуальности. Какая разница - хоть 20 лет! Как правило, на форумах не приветствуется "клонирование" тем, если уже существует тема, которая тебя интересует, то какой смысл заводить точно такую же новую??? Это не любят: 1) модераторы; 2) резиденты форума, которые начинают тыкать, что типа эта тема давно уже обсуждалась там то и там то, зачем завели новую, ну и т.п.... |
|
Guest IP-штамп: frQCpGSFifrEU гость |
18.03.2013 22:24
|
|
RakS Участник |
18.03.2013 22:45
(Guest @ 19.03.2013 00:24) Тебе ж уже писали, чего и кудаа толку то, все в плане предположений (попробуйте то, это...), так и я могу предполагать и советовать...понял, я одно, что основной фактор, влияющий на качество ДНК - это правильный сбор материала (чем раньше, тем лучше, а самое лучшее от живой рыбы) и в этой ситуации в полевых условиях вполне достаточно 95-% этанола, с последующей перефиксацией. А остальные ухищрения сделать из "протухшей рыбы" хорошую ДНК, зависят от фантазии и платежеспособности исследователя (и скорее ближе к криминалистике, чем к популяционно-генетическим исследованиям с большим объемом материала). При хорошей пробоподготовке и солевой метод выделения ДНК даст неплохие результаты при проведении ПЦР и без дополнительной очистки. Сообщение было отредактировано RakS - 18.03.2013 23:00 |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
18.03.2013 22:57
(RakS @ 18.03.2013 23:06) Значит она не потеряла своей актуальности. Какая разница - хоть 20 лет! Как правило, на форумах не приветствуется "клонирование" тем, если уже существует тема, которая тебя интересует, то какой смысл заводить точно такую же новую??? Это не любят: 1) модераторы; 2) резиденты форума, которые начинают тыкать, что типа эта тема давно уже обсуждалась там то и там то, зачем завели новую, ну и т.п....Научитесь вести поиск по форуму и многое для себя выясните. Вам уже тут много чего подсказали и посоветовали, а Вы никак не начнете работать на вход. Сообщение было отредактировано -Ъ- - 18.03.2013 23:02 |
|
RakS Участник |
18.03.2013 23:21
(-Ъ- @ 19.03.2013 00:57) Научитесь вести поиск по форуму и многое для себя выясните.Вам уже тут много чего подсказали и посоветовали, а Вы никак не начнете работать на вход. Вот я и поискал и нашел тему 10-летней давности! Вы против реинкарнации тем?Вы сами себе противоречите, то "заводите новую тему", а то теперь "поищите по форуму" Сообщение было отредактировано RakS - 18.03.2013 23:31 |
|
R.J. Dio Постоянный участник |
18.03.2013 23:31
Сообщение было отредактировано R.J. Dio - 18.03.2013 23:32 |
|
RakS Участник |
18.03.2013 23:41
(R.J. Dio @ 19.03.2013 01:31) а почему ни слова про RNA later, уж лучше этого никто ничего не придумал, всякие там этанолы- древность и бедность.Дак, вроде бы, это было уже, но в другой теме - . Там RNA later и хвалили, и хаяли, ну вообщем, как обычно... А по-поводу древности и бедности - дак, что теперь беднякам и ДНК нельзя выделять? Главное результат, н-р, от пункта А до пункта Б нужно перевести груз, и какая разница будет он перевезен на BMW X5 или на Ладе Калине, главное, чтобы он был доставлен вовремя, в нужное место и в надлежащем качестве! Согласен, что на BMW это сделать значительно легче, но на Калине это сможет сделать только профессионал! Сообщение было отредактировано RakS - 18.03.2013 23:50 |
|
R.J. Dio Постоянный участник |
19.03.2013 00:11
|
|
guest: ммм IP-штамп: frQlBxj4iQSg. гость |
19.03.2013 08:53
1)Он дешевле водки и бедность ни при чем. 2)Он для РНК, а не ДНК. 3)кто нибудь сравнивал нормально эти два способа? Я в поле для ДНК использую 2 способа 1) Простой: гомогенизация, протеиназа с SDS и потом спирт. Не жалейте ЭДТА,10-50мМ, особенно для морских рыб.(дома растворяю и фенолю) 2)Классический фенольный И очевидно, что идеальный вариант источника выделения это не плавники, а молока В обоих случаях ДНК оказывается под спиртом. |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
19.03.2013 10:13
(RakS @ 19.03.2013 00:21) Вот я и поискал и нашел тему 10-летней давности! Вы против реинкарнации тем?Вы сами себе противоречите, то "заводите новую тему", а то теперь "поищите по форуму" Ищите еще - таких тем найдете много, много... Сравнивайте методы применительно к Вашим задачам и если возникнет Вопрос - открывайте свою тему! Мои знакомые ездят за тридевять земель, привозят плавники в 96% спирте, по приезду домой тут же начинают выделять ДНК на моих китах, писиарят микросателлиты и пишут дисеры. Процесс запущен прямо как конвейер... А Вы тут визжите... 
|
|
RakS Участник |
19.03.2013 10:27
(-Ъ- @ 19.03.2013 12:13) Ищите еще - таких тем найдете много, много... Сравнивайте методы применительно к Вашим задачам и если возникнет Вопрос - открывайте свою тему!Мои знакомые ездят за тридевять земель, привозят плавники в 96% спирте, по приезду домой тут же начинают выделять ДНК на моих китах, писиарят микросателлиты и пишут дисеры. Процесс запущен прямо как конвейер... А Вы тут визжите... Ну дак всё-таки в спирте, а безо всяких later, GTC.....и что у Вас за "мои киты",а визжит тут кто-то другой. |
|
RakS Участник |
19.03.2013 10:29
(R.J. Dio @ 19.03.2013 02:11) ваши аналогии только замутняют дело, а не проясняюта вы не замутняете? Речь идет о выделении ДНК, а вы RNAlater советуете
|
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
19.03.2013 10:50
(RakS @ 19.03.2013 11:29) а вы не замутняете? Речь идет о выделении ДНК, а вы RNAlater советуете Нормальный совет - что РНК хорошо, ДНК еще лучше. Если бы Вы прочитали про этот лейтер, не говорили такие глупости.
|
|
Yuri K IP-штамп: frO84jFrTPiQA гость |
19.03.2013 18:16
|
|
ДК. IP-штамп: fr2FbKna871ww гость |
26.03.2013 12:17
|
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
26.03.2013 14:11
(ДК. @ 26.03.2013 13:17) RNA later хорош – даже для выделения белков из полевого материала, но не из целого органа: требуется, чтобы максимальная толщина слоя, через который диффундировать, была не более 3(?) мм. Если «расслоить» -то можно.Я представил, как целый Орган в полевых условиях  бросаю в сульфат аммония и везу в лабу для ПЦР.  Я с Вами согласен - орган надо пошинковать сначала... 
|
|
R.J. Dio Постоянный участник |
26.03.2013 14:32
Сообщение было отредактировано R.J. Dio - 26.03.2013 14:33 |
|
RakS Участник |
19.06.2013 07:58
(ВЧ @ 24.01.2003 23:31) 8. При перезаливке полезно внести в пробирку сухую ЭДТА на кончике скальпеля. Желаю успехов ВВ ВЧ Коллеги, как вы думаете, а в чем польза ЭДТА в данном случае? И почему лучше ЭДТА вносить при перезаливке, а не сразу при первичной фиксации? |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
19.06.2013 12:58
(-Ъ- @ 19.03.2013 10:13) Ищите еще - таких тем найдете много, много... Сравнивайте методы применительно к Вашим задачам и если возникнет Вопрос - открывайте свою тему!Мои знакомые ездят за тридевять земель, привозят плавники в 96% спирте, по приезду домой тут же начинают выделять ДНК на моих китах, писиарят микросателлиты и пишут дисеры. Процесс запущен прямо как конвейер... А Вы тут визжите... если плавники акулы - то согласен в 96% этаноле  что - досихпор на рыбосателитах диссеры делают ?
|
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
19.06.2013 13:17
(-Ъ- @ 19.03.2013 10:13) Ищите еще - таких тем найдете много, много... Сравнивайте методы применительно к Вашим задачам и если возникнет Вопрос - открывайте свою тему!Мои знакомые ездят за тридевять земель, привозят плавники в 96% спирте, по приезду домой тут же начинают выделять ДНК на моих китах, писиарят микросателлиты и пишут дисеры. Процесс запущен прямо как конвейер... А Вы тут визжите...
|
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
19.06.2013 13:46
"Бывших КГБэшников не бывает". 
|
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
19.06.2013 13:56
(-Ъ- @ 19.06.2013 13:46) Шпион. До всего докопается."Бывших КГБэшников не бывает". интересно - сколько спирта улетело на курилы ? |
|
watchesbiz Постоянный участник |
 06.12.2021 17:10
? |
| « Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.