Скажите считает ли кто-нибудь достоверность различий в частотах редких популяций при определении на проточнике.
Что-нибудь навроде.
Проба A
Всего событий N в интересующем гейте n, частота Fa=n/N
Проба B
Всего событий M в интересующем гейте m, частота Fb=m/M
Как сравнить достоверность различий Fa и Fb? Возможно ли посчитать для них доверительные интервалы?
Корректно ли будет использовать тест ки2, если Fa и Fb малы (0,01-0,5%)?
 
| |
[ Вход | Регистрация ]
|
FACS и статистика
AE, 06.04.2005 15:41
Berejnoy, 06.04.2005 21:08
Привет!
Не знаю насколько это в тему, но есть ряд статей в которых сравнивались очень маленькие субпопуляции.
Конкретно:
Два образца.
Внутриклеточная окраска на ИФН-гамма (тройная метка CD3+CD8+IFN).
В одном образце в гейте 40 событий на 10000 всего, в другом - 100. Это считается достоверным показателем того, что образцы разные. Какая при этом стат. обработка - ХЗ. Главная основа для сравнения в том, что гейт одинаковый.
Не знаю насколько это в тему, но есть ряд статей в которых сравнивались очень маленькие субпопуляции.
Конкретно:
Два образца.
Внутриклеточная окраска на ИФН-гамма (тройная метка CD3+CD8+IFN).
В одном образце в гейте 40 событий на 10000 всего, в другом - 100. Это считается достоверным показателем того, что образцы разные. Какая при этом стат. обработка - ХЗ. Главная основа для сравнения в том, что гейт одинаковый.
БиоЛайн, 07.04.2005 10:55
Здесь:
http://www.cf.ac.uk/medicine/haematology/c...rare_events.ppt
- презентация о расчете статистики при анализе редких событий. Там, правда, про CV - но, исходя из этого, подумав, наверное, можно рассчитать, какими должны быть n и m, чтобы можно было оценивать достоверность различий.
Если забыть о математике, то достоверность будет зависеть от числа используемых для составления гейта параметров, и как составляется гейт. Если, например, используется только одна метка, то занятие, ИМХО, достаточно бессмысленное, т.к. высока вероятность включить в анализ какой-нибудь мусор.
http://www.cf.ac.uk/medicine/haematology/c...rare_events.ppt
- презентация о расчете статистики при анализе редких событий. Там, правда, про CV - но, исходя из этого, подумав, наверное, можно рассчитать, какими должны быть n и m, чтобы можно было оценивать достоверность различий.
Если забыть о математике, то достоверность будет зависеть от числа используемых для составления гейта параметров, и как составляется гейт. Если, например, используется только одна метка, то занятие, ИМХО, достаточно бессмысленное, т.к. высока вероятность включить в анализ какой-нибудь мусор.
AE, 07.04.2005 10:56
Вот вот. У меня именно этот случай. IFNg/CD8/CD4. И сравнить надо, ну например 550 и 230 и 110 из 140000. Просто хотелось бы знать что-нибудь больше чем ХЗ.
AE, 07.04.2005 11:00
(БиоЛайн @ 07/04/2005 - 08:55)
Если забыть о математике, то достоверность будет зависеть от числа используемых для составления гейта параметров, и как составляется гейт. Если, например, используется только одна метка, то занятие, ИМХО, достаточно бессмысленное, т.к. высока вероятность включить в анализ какой-нибудь мусор.
За ссылочку спасибо, посмотрю.
А ваш второй тезис не могли бы вы пояснить поподробнее. Основывается ли он на практике, личных ощущениях, или еще на чем.
Я конечно не дока, но мне он совершенно не кажется очевидным.
guest: Математик, 07.04.2005 11:10
Существуют 2 метода сравнений различий частот в 2-х независимых популяциях:
1. Критерий хи-квадрат,
2. Точный критерий Фишера.
Условие применения критерия Хи-квадрат: n>5 и m>5. Частоты Fa и Fb могут быть сколь угодно малы.
Если условие применения критерия Хи-квадрат нарушено, используйте точный критерий Фишера. И Фишер, и хи-квадрат вычисляют доверительные интервалы.
Если у вас возникнут дополнительные вопросы по статистике, пишите на: imoiseev@mail.ru
1. Критерий хи-квадрат,
2. Точный критерий Фишера.
Условие применения критерия Хи-квадрат: n>5 и m>5. Частоты Fa и Fb могут быть сколь угодно малы.
Если условие применения критерия Хи-квадрат нарушено, используйте точный критерий Фишера. И Фишер, и хи-квадрат вычисляют доверительные интервалы.
Если у вас возникнут дополнительные вопросы по статистике, пишите на: imoiseev@mail.ru
БиоЛайн, 07.04.2005 11:55
(AE @ 07/04/2005 - 08:00)
За ссылочку спасибо, посмотрю.
А ваш второй тезис не могли бы вы пояснить поподробнее. Основывается ли он на практике, личных ощущениях, или еще на чем.
А ваш второй тезис не могли бы вы пояснить поподробнее. Основывается ли он на практике, личных ощущениях, или еще на чем.
На личных ощущениях от некоторой (небольшой) практики с CD34. При последовательном применении гейтов с использованием SSC, CD45, CD34, FSC по методике ISHAGE из анализа уходит довольно много событий по сравнению с анализом по графику CD34/SSC при использовании CD34 только.
Один из этапов - отображение гейтированных уже с SSC, CD45, CD34 событий на FSC/SSC, и там становится видно, что некоторое число событий не попадают в область, где должны быть лимфоциты - либо явный дебрис, либо что-то сильно больше по размерам - т.е. явно что-то не то.
В случае IFNg/CD8/CD4 по личным ощущениям вроде все должно быть правильно. А IFNg смотрите на CD8 или CD4?
Интуитивно более подходящей кажется комбинация, которую упомянул Berejnoy - IFN/CD3/CD8, дополненная IFN/CD3/CD4, т.к. без CD3 есть риск (небольшой) включить в анализ NK, которые могут быть слабо CD8+
AE, 08.04.2005 11:17
to Математик.
Спасибо большое за ответ и предложение помощи, я может быть им как-нибудь воспользуюсь.
to БиоЛайн
Спасибо за ответ.
Простите мою серость, но что это за зверь ISHAGE я не знаю.
Непонятно только почему нельзя сразу отгейтироваться по FSC/SSC в интересующей области. В чем преимущество?
Впрочем теперь я вашу мысль понял. И целиком с ней согласен. Прежде чем считать достоверности, нужно провести корректное гейтирование. Просто меня смутило упоминание количесва параметров гейта при статрасчетах.
Кстати о морфологии. При фиксировании и пермеабилизации, по крайней мере в моих корявых руках, параметры рассеяния меняются, и гейтирование по ним практически теряет смысл.
Вся идея и была в том чтобы одновременно (в одной пробирке) смотреть интерферон и на CD4 и на СD8. Но вы совершенно правы, добавление СD3 совершенно не помешает, а даже поможет. Это я планирую сделать в ближайшем будущем, тем более, что и один цвет еще свободный имеется.
Что касается включения CD8 то в моем случае позитивные и негативные события разделены практически пустой декадой, так что больших проблем нет. Скорее есть непонятки с CD4 где как раз и наблюдается некоторое количество CD4 слабо позитивных.
Спасибо большое за ответ и предложение помощи, я может быть им как-нибудь воспользуюсь.
to БиоЛайн
(БиоЛайн @ 07/04/2005 - 09:55)
На личных ощущениях от некоторой (небольшой) практики с CD34. При последовательном применении гейтов с использованием SSC, CD45, CD34, FSC по методике ISHAGE из анализа уходит довольно много событий по сравнению с анализом по графику CD34/SSC при использовании CD34 только.
Один из этапов - отображение гейтированных уже с SSC, CD45, CD34 событий на FSC/SSC, и там становится видно, что некоторое число событий не попадают в область, где должны быть лимфоциты - либо явный дебрис, либо что-то сильно больше по размерам - т.е. явно что-то не то.
Один из этапов - отображение гейтированных уже с SSC, CD45, CD34 событий на FSC/SSC, и там становится видно, что некоторое число событий не попадают в область, где должны быть лимфоциты - либо явный дебрис, либо что-то сильно больше по размерам - т.е. явно что-то не то.
Спасибо за ответ.
Простите мою серость, но что это за зверь ISHAGE я не знаю.
Непонятно только почему нельзя сразу отгейтироваться по FSC/SSC в интересующей области. В чем преимущество?
Впрочем теперь я вашу мысль понял. И целиком с ней согласен. Прежде чем считать достоверности, нужно провести корректное гейтирование. Просто меня смутило упоминание количесва параметров гейта при статрасчетах.
Кстати о морфологии. При фиксировании и пермеабилизации, по крайней мере в моих корявых руках, параметры рассеяния меняются, и гейтирование по ним практически теряет смысл.
(БиоЛайн @ 07/04/2005 - 09:55)
В случае IFNg/CD8/CD4 по личным ощущениям вроде все должно быть правильно. А IFNg смотрите на CD8 или CD4?
Интуитивно более подходящей кажется комбинация, которую упомянул Berejnoy - IFN/CD3/CD8, дополненная IFN/CD3/CD4, т.к. без CD3 есть риск (небольшой) включить в анализ NK, которые могут быть слабо CD8+
Интуитивно более подходящей кажется комбинация, которую упомянул Berejnoy - IFN/CD3/CD8, дополненная IFN/CD3/CD4, т.к. без CD3 есть риск (небольшой) включить в анализ NK, которые могут быть слабо CD8+
Вся идея и была в том чтобы одновременно (в одной пробирке) смотреть интерферон и на CD4 и на СD8. Но вы совершенно правы, добавление СD3 совершенно не помешает, а даже поможет. Это я планирую сделать в ближайшем будущем, тем более, что и один цвет еще свободный имеется.
Что касается включения CD8 то в моем случае позитивные и негативные события разделены практически пустой декадой, так что больших проблем нет. Скорее есть непонятки с CD4 где как раз и наблюдается некоторое количество CD4 слабо позитивных.
V, 08.04.2005 15:37
Насколько я понял, пытаетесь оценить количество Ag-специфичных Т клеток by CFC? В этом случае, да, и вообще, в любой другой работе с Т клетками, обязательно нужно использовать CD3. Во-первых от хлама избавитесь, во-вторых будете иметь дело только с Т лимфоцитами (помимо того. что часть NK несёт CD8, ещё и на некоторых моноцитах есть слабая экспрессия CD4, а они, бывает, попадают в лимфоцитарное облако).
Следующий момент. Если будете метить CD3 - отпдёт необхадимость дополнительно использовать CD8. СD3+CD4- = CD3+CD8+. Это показано и опубликовано. Лучще добавте CD69.
Потом, количество записываемых событий. Berejnoy правильные цитаты привёл. Если оперируете количеством событий, делайте пересчёт на 10 000 событий в интересуемом гейте. Позитивным считается ответ на Ag не менше чем 1/10 000. Естественно, после вычета спонтанной продукции INF-g.
Если нужны статьи по методу, обращайтесь на прямую. vvsen@ngs.ru
[/quote]
Следующий момент. Если будете метить CD3 - отпдёт необхадимость дополнительно использовать CD8. СD3+CD4- = CD3+CD8+. Это показано и опубликовано. Лучще добавте CD69.
Потом, количество записываемых событий. Berejnoy правильные цитаты привёл. Если оперируете количеством событий, делайте пересчёт на 10 000 событий в интересуемом гейте. Позитивным считается ответ на Ag не менше чем 1/10 000. Естественно, после вычета спонтанной продукции INF-g.
Если нужны статьи по методу, обращайтесь на прямую. vvsen@ngs.ru
[/quote]
Дядя ФАКСер, 11.04.2005 10:30
(AE @ 06/04/2005 - 12:41)
Скажите считает ли кто-нибудь достоверность различий в частотах редких популяций при определении на проточнике.
Что-нибудь навроде.
Проба A
Всего событий N в интересующем гейте n, частота Fa=n/N
Проба B
Всего событий M в интересующем гейте m, частота Fb=m/M
Как сравнить достоверность различий Fa и Fb? Возможно ли посчитать для них доверительные интервалы?
Корректно ли будет использовать тест ки2, если Fa и Fb малы (0,01-0,5%)?
Что-нибудь навроде.
Проба A
Всего событий N в интересующем гейте n, частота Fa=n/N
Проба B
Всего событий M в интересующем гейте m, частота Fb=m/M
Как сравнить достоверность различий Fa и Fb? Возможно ли посчитать для них доверительные интервалы?
Корректно ли будет использовать тест ки2, если Fa и Fb малы (0,01-0,5%)?
Сколько событий в гейте набираете?
Какой стейнинг?
AE, 11.04.2005 10:43
(Дядя ФАКСер @ 11/04/2005 - 08:30)
Сколько событий в гейте набираете?
Какой стейнинг?
Какой стейнинг?
Выше уже отвечено на похожие вопросы.
volmin, 03.04.2020 00:44
vrida2, 03.11.2021 19:33
guest: 123vega , 23.11.2021 09:11
The Chancellor of Austria, Alexander Schallenberg has told the BBC he is sorry that Austria has had to make Covid-19 vaccinations a legal requirement, but that the current low take-up
rate is "too little, too late". "Nobody wants the situation where you don’t get access to an intensive care unit bed because the beds are filled with people who did not get the vaccination and have Covid-19," he told Bethany Bell.
rate is "too little, too late". "Nobody wants the situation where you don’t get access to an intensive care unit bed because the beds are filled with people who did not get the vaccination and have Covid-19," he told Bethany Bell.
guest: 123vega , 02.02.2022 08:21
Since it overthrew Aung San Suu Kyi's democratically elected government in a coup one year ago, Myanmar's military - known as the Tatmadaw - has gone on to shock the world by killing hundreds of its own civilians, including dozens.
vrida2, 08.03.2022 06:34
guest: 123vega , 04.04.2022 09:18
A team of Amazon workers has forced the technology giant to recognise a trade union in the US for the first time. Workers at a New York warehouse voted 55% in favour of joining the Amazon Labor Union. The group is led by former Amazon worker Chris Smalls, who made his name protesting against safety conditions at the retail giant during the pandemic.
guest: 123vega , 05.05.2022 11:12
NEW WAYS OF PUTTING PRESSURE ON RUSSIA WILL BE ON THE AGENDA WHEN BORIS JOHNSON MEETS WITH HIS JAPANESE COUNTERPART ON THURSDAY. THE UK PRIME MINISTER AND FUMIO KISHIDA ARE ALSO SET TO AGREE A NEW DEFENCE PARTNERSHIP BETWEEN THE TWO COUNTRIES.
guest: 123 , 30.05.2022 13:10
Authorities in Shanghai have announced that some Covid-19 lockdown measures imposed on businesses will be lifted from Wednesday. Plans have also been introduced to support the city's economy, which has been hit hard by the restrictions.
guest: 123 , 31.05.2022 08:59
SINCE LAUNCHING HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S PRESIDENT VLADIMIR PUTIN HAS FACED AN UNPRECEDENTED GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO COUNTRIES RADICALLY TRANSFORMING THEIR FOREIGN POLICIES. BUT THE LONGER THE CONFLICT GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ARE OF DIVISIONS.
guest: 123 , 08.06.2022 13:05
South Korea and the US launched eight missiles on Monday, in response to a volley of ballistic missiles fired by North Korea the previous day. It comes as Pyongyang continues to escalate its missile tests. South Korea's president Yoon Suk-yeol.
guest: 123 , 09.06.2022 08:26
Elon Musk has threatened to walk away from his $44bn takeover of Twitter, accusing the social media company of "thwarting" his requests to learn more about its user base. In a letter filed with regulators, Mr Musk said he was entitled to do his own measurement of spam accounts.
guest: 123 , 11.06.2022 10:46
Saxon Mullins says she once had romantic dreams of what her 'first time' would be like. In none was she paralysed by fear in a Sydney alleyway, aged 18, with a man she had met only minutes earlier. Ms Mullins has always maintained this incident - in 2013 - was rape. It spurred her to push for legal reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.
vrida2, 09.09.2022 08:42
vrida2, 04.11.2022 02:08
watchesonline89, 16.12.2022 08:28
guest: 123vega , 10.01.2023 07:52
Brazil's President Luiz Inácio Lula da Silva has vowed to punish supporters of the country's ex-leader, Jair Bolsonaro, after they stormed Congress. Supporters of the ousted far-right leader also stormed the Supreme Court and surrounded the presidential palace. But police regained control of the buildings in the capital Brasilia on Sunday evening after hours of clashes. Arriving in the city, Lula toured the Supreme Court building to see the damage for himself. Brasilia's Civil Police said that 300 people have been arrested.
vrida2, 02.04.2023 13:44
vrida2, 04.07.2023 00:52
hgfhghfhbvh, 06.07.2023 05:26
There's no doubt about it It's fantastic All these smaller facts are made using digital and credential techniques I actually like the best value of reasoning.
hgfhghfhbvh, 23.08.2023 08:05
This article provides a bright light that we can use to observe reality. This is a very good one and provides in-depth information.
hgfhghfhbvh, 22.09.2023 08:05
It's great to visit this site and read what all my friends have to say about this article, and I'm eager to gain experience at the same time.
hgfhghfhbvh, 03.11.2023 07:08
You have written a very interesting article that inspires us in each subject and allows us to gain knowledge. Thank you for sharing this type of information with us to read this article.!.
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.