Полная версия страницы  English  

Геномика высших растений

mlog, 01.10.2006 02:41
В середине сентября в Science вышла статья, сообщающая о секвенировании полного ядерного генома тополя (Populus trichocarpa). Обнаружено около 45 тысяч белок-кодирующих генов (в 1.4-1.6 раз больше, чем у Arabidopsis). Анализ генома выявил также признаки дупликации всего генома, произошедшей в ходе эволюции этого вида. Кстати, скорости нуклеотидных замен, крупных хромосомных перестроек и дупликаций отдельных генов, по-видимому, происходят у тополя гораздо медленнее, чем у арабидопсис.
О биологии древесных растений известно в настоящее время достаточно мало, классические генетические исследования этих растений затруднительны, а важность их для человека и для всей биосферы очень велика.
Исследователи надеются, что секвенирование генома одного из таких растений станет важным этапом развития как для фундаментальной науки, так и для практики.
Ссылка на статью:
The Genome of Black Cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)
G. A. Tuskan et al.
Science 15 September 2006:
Vol. 313. no. 5793, pp. 1596 - 1604
http://www.sciencemag.org/cgi/content/short/313/5793/1596

Сайт проекта The International Populus Genome Consortium
http://www.ornl.gov/sci/ipgc/


Файл/ы:

скачать файл populus_gen0me.pdf
размер: 444.26
кол-во скачиваний: 1209


mlog, 02.10.2006 19:21
Менее масштабно, но тоже важно: секвенирован хлоропластный геном моркови Daucus carota.
http://www.biomedcentral.com/1471-2164/7/222
Complete plastid genome sequence of Daucus carota:
Implications for biotechnology and phylogeny of angiosperms
Tracey Ruhlman et al.
BMC Genomics. 2006 Aug 31;7:222.
Морковь принадлежит к кладе euasterids II (по APG II). Несмотря на то, что это очень крупная группа (около 32 тыс. видов) и важная группа (включает такие распространённые и важные для человека семейства, как Сложноцветные, Зонтичные, Аралиевые, Жимолостные) до настоящего момента был секвенирован хлоропластный геном лишь одного растения из этой группы -- Panax schinseng. Авторы надеются, что секвенирование хлоропластного генома моркови позволит разработать более эффективные методы генетической трансформации моркови (это растение считается одним из наиболее перспективных в разработке вакцин на основе трансгенных растений).
Также очень интересны их выводы, построенные на основе филогенетического анализа 29 полных хлоропластных геномов семенных растений. В целом результаты согласуются с результатами предыдущих исследований, за одним, но важным исключением. Spinacia oleracea из порядка Caryophyllales, который обычно относят к розидам или выделяют в отдельный подкласс оказывается сестринской группой к астеридам.
Впрочем, подобная топология уже наблюдалась в исследовании Goremykin et al. (2005), однако трудно сказать, является ли она результатом малого набора таксонов* или отражением реальных путей эволюции.


Картинки:
daucus_plastid_russian.jpg - кликните, чтобы открыть увеличенную картинку
daucus_plastid_russian.jpg — (132.3)   

mlog, 02.10.2006 19:22
*обсуждение проблемы gene sampling vs. taxon sampling (что важнее --- выборка генов или выборка таксонов) и другие важные работы по филогенетическому анализу хлоропластных геномов:
1) Vadim V. Goremykin, Karen I. Hirsch-Ernst, Stefan Wölfl and Frank H. Hellwig
Analysis of the Amborella trichopoda Chloroplast Genome Sequence Suggests That Amborella Is Not a Basal Angiosperm.
Mol. Biol. Evol. 20(9):1499-1505. 2003
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/20/9/1499
2)Analysis of Acorus calamus chloroplast genome and its phylogenetic implications.
Goremykin VV, Holland B, Hirsch-Ernst KI, Hellwig FH.
Mol Biol Evol. 2005 Sep;22(9):1813-22.
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/msi173v1
3)G.V. Degtjareva, T.H. Samigullin, D.D. Sokoloff, C.M. Valiejo-Roman. Gene sampling versus taxon sampling: Is Amborella (Amborellaceae) a sister group to all other extant angiosperms? // Бот. Журн. 2004. Т. 89. N 6. С. 896-907.
http://molbiol.ru/forums/index.php?act=Att...pe=post&id=7732
4) Saša Stefanović, Danny W Rice, and Jeffrey D Palmer
Long branch attraction, taxon sampling, and the earliest angiosperms: Amborella or monocots? BMC Evol Biol. 2004; 4: 35.
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...gi?artid=543456
plantago, 02.10.2006 23:59
Надо сказать, что группа R. Jansen уже и до моркови показала, что гвоздичноцветные -- сестринская группа астерид. В "стандартных" филогениях этой части дерева узлы не разрешены, так что такого можно было ожидать. Последствия для систематики мне пока непонятны.
mlog, 03.10.2006 19:01
(plantago @ 02.10.2006 21:59)
Ссылка на исходное сообщение  Надо сказать, что группа R. Jansen уже и до моркови показала, что гвоздичноцветные -- сестринская группа астерид. В "стандартных" филогениях этой части дерева узлы не разрешены, так что такого можно было ожидать. Последствия для систематики мне пока непонятны.


а какие у них были участки? Я пока такое видела только в деревьях по полных хлоропластным геномам в статье про секвенирование генома Acorus (Analysis of Acorus calamus chloroplast genome and its phylogenetic implications), но сочла, что это очередной "молекулярный мираж". Всё-таки по морфологии они ну никак не стыкуются с астеридами.
plantago, 04.10.2006 01:57
Ага, я и имел в виду деревья по полным хлоропластным геномам. Подобное положение гвоздичноцветных мелькало где-то в 90-х, но никогда не имело высокий support.
plantago, 07.10.2006 06:19
Вот новая статья по теме:
http://www.biomedcentral.com/1471-2148/6/77/abstract
mlog, 04.12.2006 18:40
Очередной полный хлоропластный геном. На этот раз Citrus sinensis.
Michael G Bausher, Nameirakpam D Singh, Seung-Bum Lee, Robert K Jansen and Henry Daniell
Published: 30 September 2006
BMC Plant Biology 2006, 6:21 doi:10.1186/1471-2229-6-21


Файл/ы:

Citrus_complete_chloroplast_genome.pdf
размер: 390.13
кол-во скачиваний: 1
04.12.2006 — 18.12.2006

mlog, 26.06.2007 21:06
Ещё четыре полных хлоропластных генома: базальных цветковых Chloranthus spicatus и Illicium oligandrum, однодольного Dioscorea elephantipes и базального двудольного Buxus microphylla:
Hansen, D. R, S. G. Dastidar, Z. Cai, C. Penaflor, J. V. Kuehl, J. L. Boore and R. K. Jansen, 2007 Phylogenetic and evolutionary implications of complete chloroplast genome sequences of four early diverging angiosperms: Buxus (Buxaceae), Chloranthus (Chloranthaceae), Dioscorea (Dioscoreaceae), and Illicium (Schisandraceae). Molecular Phylogenetics and Evolution, in press (published on line in advance on June 16, 2007, doi 10.1016/ j.ympev. 2007.06.004).
Полного текста статьи у меня, к сожалению, нет. Если у кого-то есть, вывесьте, пожалуйста!
plantago, 27.06.2007 01:39
Сейчас они (группа Jansen) эти геномы будут печь как блины. Прикрепляю статью, и еще статью про кофе (почему-то в последней статье кофе нет). Еще есть вот такая статья: http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/24/6/1366
но у меня нет PDF.
===
Интересно, что Chloranthus даже с полным хлоропластным геномом плохо "влазит" в дерево.
У животных, кстати, полные митохондриальные геномы надежд не оправдали и бардака в системе не убавили. Хлоропластные всяко лучше, так что посмотрим.


Файл/ы:

скачать файл hansen2007.pdf
размер: 812.72
кол-во скачиваний: 1033



скачать файл nalapalli_samson2007.pdf
размер: 541.35
кол-во скачиваний: 974


mlog, 27.06.2007 02:27
(plantago @ 26.06.2007 23:39)
Ссылка на исходное сообщение  Сейчас они (группа Jansen) эти геномы будут печь как блины. Прикрепляю статью, и еще статью про кофе (почему-то в последней статье кофе нет). Еще есть вот такая статья: http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/24/6/1366
но у меня нет PDF.
===
Интересно, что Chloranthus даже с полным хлоропластным геномом плохо "влазит" в дерево.
У животных, кстати, полные митохондриальные геномы надежд не оправдали и бардака в системе не убавили. Хлоропластные всяко лучше, так что посмотрим.


Спасибо!
Статья про Cycas у меня, кажется, была на работе, если найду, выложу. Да, интересно. Топология Горемыкина в очередной раз не подтвердилась, кстати smile.gif
Насчёт Jansen и компании Вы правы. Они сейчас ещё собираются совершенствовать DOGMA - это программа для аннотации геномов органелл.
Да что там Янсен, даже мы один хлоропластный геном секвенировали, сейчас вот анализируем. Но почёта в этом уже никакого нет, конечно shuffle.gif
Но с хлоропластными геномами есть проблема, на которую, кажется, никто не обратил внимания - разные участки дают разные топологии. Например, если объединить все гены рибосомальных белков в один набор, гены фотосинтеза - в другой и посчитать отдельно - деревья будут отличаться. Сейчас все их по умолчанию объединяют в один набор и смотрят результирующую топологию - интересно, правильно ли это? Я нигде пока не видела обсуждения. Вам не встречалось?
plantago, 27.06.2007 04:11
В митохондриальных геномах еще смотрят gene order, но без особого толка. Обсуждения того, как надо строить филогению по полным геномам, идут для животных, вот, например -- http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msm105v1
(это кусок долгой дискуссии на тему Ecdysozoa vs. Coelomata, начатой на основании анализа как раз полных геномов).
Вот еще книга есть такая: http://www.amazon.com/Foundations-Comparat...77103916&sr=8-1
(но у меня ее, к сожалению, нет)
Именно по хлоропластам не видел.
Вообще, похоже, что полные геномы делать научились, а как следует сравнивать -- пока нет.
Kovalevsky, 27.06.2007 10:14
Вот статья про Cycas, если кому-то понадобится


Файл/ы:

скачать файл cycas.pdf
размер: 838.46
кол-во скачиваний: 1210


mlog, 27.06.2007 13:42
(plantago @ 27.06.2007 02:11)
Ссылка на исходное сообщение  В митохондриальных геномах еще смотрят gene order, но без особого толка.

В хлоропластных тоже обсуждают порядок генов, база данных даже есть: http://www.rs.noda.tus.ac.jp/~kunisawa/order/front.html
правда, она не очень-то обновляется.

Вообще, похоже, что полные геномы делать научились, а как следует сравнивать -- пока нет.

Да, похоже на то. А главное - мысль о том, что разные гены (группы генов) дают разные топологии - она, может быть, и верная, но уж очень неудобная... frown.gif tongue.gif
Кстати, во всех последних статьях по хп геномам деревья строят только но нуклеотидным последовательностям. Интересно, почему? Жалко времени или есть какие-то более существенные причины? Объяснений я пока нигде не видела.
Juglans, 01.07.2007 07:50
plantago
А статья Rare Coding Sequence Changes Are Consistent With Ecdysozoa, Not Coelomata уже вышла? Как только выйдет, пожалуйста, дайте знать - это тормозит одну работу, поскольку тезис о базальности целомического состояния у билатеральных животных сейчас в РФ становится "идеологически верным" и нужно ссылать на альтернативные мнения.
plantago, 01.07.2007 09:18
Пока не вышла, она в Advance Access.
mlog, 28.08.2007 00:44
Исследователи в области plant science могут с полным правом выпить хорошего вина за хорошую новость - секвенирован ядерный геном винограда Vitis vinifera. beer.gif
Это четвертый из секвенированных ядерных геномов высших растений (первые три - арабидопсис, рис, тополь), размер его составляет около 487 миллионов пар оснований. Сравнение полных ядерных геномов дало основания для интересных предположений об эволюции цветковых растений (см. рисунок).
Известно, что в эволюции цветковых большую роль играет полиплоидизация. В соответствии с этим, исследователи обнаружили в ядерном геноме винограда следы трех различных геномов, то есть, виноград представляет собой палеогексаплоид.
Виноград - растение из класса двудольных, сравнение его генома с геномами других двудольных (арабидопсис, тополь) и однодольных (рис), показало, что для арабидопсиса и тополя также характерна палеогексаплоидия, в сочетании с более недавними событиями удвоения геномов (на рисунке обозначены звездочками), вероятно, произошедшими независимо. У риса палеогексаплоидия не обнаружена - как правило, одному гену у риса соответствуют три паралогичных гена у винограда - что указывает на то, что полиплоидизация произошла после дивергенции однодольных и группы двудольных, включающей виноград, арабидопсис и тополь. В то же время, для риса характерны независимые события удвоения генома, причём возможно, неоднократные.

Помимо черт, общих для двудольных, геном винограда обладает рядом особенностей. Это прежде всего увеличение разнообразия генов, участвующих в метаболизме терпенов и таннинов. Именно эти вещества придают виноградному вину вкус и запах. Исследователи надеются, что секвенирование и дальнейшее изучение генома винограда позволит понять генетические механизмы, лежащие в основе разнобразия вкусов и ароматов винограда (и, возможно, управлять этим разнообразием) и придать сортам винограда устойчивость к вредителям.
картинка: nature06148_f3.2.jpg


Файл/ы:

скачать файл Vitis_nuclear_genome.pdf
размер: 1.42
кол-во скачиваний: 1165


Onewish, 28.08.2007 02:54
(mlog @ 28.08.2007 01:44)
Ссылка на исходное сообщение Это четвертый из секвенированных ядерных геномов высших растений..., размер его составляет около 487 пар оснований.

Это как?
Мегабазы cool.gif
mlog, 28.08.2007 11:31
(Onewish @ 28.08.2007 00:54)
Ссылка на исходное сообщение  Это как?
Мегабазы  cool.gif

Да, да, конечно же! Иначе была бы слишком большая сенсация... smile.gif
Echinosor, 28.08.2007 12:24
Прямая ссылка на PDF - 1.41Мб
plantago, 22.09.2007 09:06
(Juglans @ 30.06.2007 21:50)
Ссылка на исходное сообщение  plantago
А статья Rare Coding Sequence Changes Are Consistent With Ecdysozoa, Not Coelomata уже вышла? Как только выйдет, пожалуйста, дайте знать - это тормозит одну работу, поскольку тезис о базальности целомического состояния у билатеральных животных сейчас в РФ становится "идеологически верным" и нужно ссылать на альтернативные мнения.

Вышла. http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/24/8/1604
plantago, 27.09.2007 02:48
Еще одна статья на ту же тему (дискуссия продолжается, стороны настаивают на своем):
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msm207v1
(open access)
Juglans, 07.02.2008 10:27
Господа! Я оказался втянутым в приватную дискуссию американских и шведских коллег, и столкнулся с новым для меня доводом в пользу молекулярных методов реконструкции филогении: они (методы) не "загружены знаниями". Т.е. молекулярный исследователь не знает, кто к кому "должен" быть близок до построения древа, и это рассматривается как позитивный момент. (Поэтому и не удивительно, что молекулярщики очень часто не могут заподозрить, что тот или иной вид определен неверно... wink.gif ). Кто-нибудь знает, есть ли публикации на сей счет?
plantago, 08.02.2008 21:33
(Juglans @ 06.02.2008 23:27)
Ссылка на исходное сообщение  Господа! Я оказался втянутым в приватную дискуссию американских и шведских коллег, и столкнулся с новым для меня доводом в пользу молекулярных методов реконструкции филогении: они (методы) не "загружены знаниями". Т.е. молекулярный исследователь не знает, кто к кому "должен" быть близок до построения древа, и это рассматривается как позитивный момент. (Поэтому и не удивительно, что молекулярщики очень часто не могут заподозрить, что тот или иной вид определен неверно... wink.gif  ). Кто-нибудь знает, есть ли публикации на сей счет?

Не припомню таких публикаций, хотя в личной беседе молекулярщики необнократно мне высказывали подобное. Например, Yu. Wolf ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Koonin/members.html ).
Все же попробуйте поискать как-нибудь так: http://scholar.google.com/scholar?hl=en&lr...tial++phylogeny
mlog, 14.02.2008 19:43
Секвенирован ядерный геном мха Physcomitrella patens. Все остальные высшие растения с секвенированными к настоящему времени геномами относятся к цветковым. В вышедшей недавно статье в Science сравниваются геномы одноклеточной водоросли Chlamydomonas reinhardtii, Physcomitrella и цветкового растения Arabidopsis thaliana. По всей видимости, у общего предка высших растений возникло много новых семейств генов, в первую очередь отвечающих за взаимодействие с окружающей средой, а также за координацию морфогенеза фитогормонами.

Про секвенирование генома даже на lenta.ru написали: http://www.lenta.ru/news/2007/12/14/moss/ (исключив при этом мхи из высших растений и сделав массу других ошибок wink.gif )


Файл/ы:

скачать файл Physcomitrella_complete_genome.pdf
размер: 338.19
кол-во скачиваний: 1919


mlog, 19.03.2008 20:22
В журнале Genome Biology вышла статья D. E. Soltis с соавторами, повествующая о начале проекта по секвенированию полного ядерного генома Amborella: http://genomebiology.com/2008/9/3/402
Amborella - растение из группы так называемых базальных цветковых - покрытосеменных, дивергировавших до обособления эволюционных линий однодольных и типичных двудольных. Авторы надеются, что анализ генома амбореллы позволит понять многие закономерности эволюции геномов цветковых растений.
Это первый проект (надеюсь, не последний!) по секвенированию генома растения, не являющего модельным и/или хозяйственно ценным, но представляющего интерес для фундаментальной науки.
Интересно, что митохондриальный геном амбореллы имеет ряд уникальных черт - в нем очень много генов, не свойственных митохондриальным геномам других растений и, по-видимому, приобретенных путем горизонтального переноса: http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/51/17747. Возможно, подобные "сюрпризы" будут обнаружены и в ядерном геноме.
mlog, 26.03.2008 15:26
картинка: mitochondrial_Cycas_small.gif
В мартовском номере Molecular Biology and Evolution вышла статья, посвященная анализу полной последовательности митохондриального генома Cycas taitungensis, растения из голосеменных.
Несмотря на огромный прогресс в секвенировании ДНК, полные последовательности митохондриальных геномов растений остаются пока редкостью. В отличие от митохондриальных геномов животных, которые отличаются небольшой длиной (около 16 Кб), консервативностью и компактной организацией, митохондриальная ДНК высших растений сильно варьирует по длине (105 - 569 Кб) и по составу. Большую часть её составляют некодирующие последовательности.
Интересно, что подобное "разрастание" генома митохондрий произошло, по всей видимости, ещё у общего предка всех высших растений - у наиболее близких к ним водорослей (харовых) геном значительно меньше и доля кодирующих последовательностей в нем более 90%. У Cycas соблюдаются эти закономерности - длина его митохондриального генома почти 415 Кб, из них кодирующих участков всего 10%. Также был обнаружен высокий уровень редактирования РНК (более 1000 сайтов).

Shu-Miaw Chaw et al.
The Mitochondrial Genome of the Gymnosperm Cycas taitungensis Contains a Novel Family of Short Interspersed Elements, Bpu Sequences, and Abundant RNA Editing Sites
Molecular Biology and Evolution 2008 25(3):603-615; doi:10.1093/molbev/msn009
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/25/3/603
Вадим Горемыкин, 23.04.2008 00:39
Уважаемые Коллеги!

позволю себе высказать здесь мнение- по поводу того, что современные методы реконструкции филогении не "загружены знаниями". В этом и проблема. Наши модели не отражают эвлюцию ДНК более или менее адекватно. Пока методы не улучшились, надо удалять данные из филогеномных анализов. Сейчас мы работаем над методами, которые позволяют это делать. При публикации новых работ дам здесь сыылки.

с уважением,

Вадим Горемыкин
plantago, 23.04.2008 01:32
(Вадим Горемыкин @ 22.04.2008 16:39)
Ссылка на исходное сообщениеПока методы не улучшились, надо удалять данные из филогеномных анализов.

Простите, не понял. Отзывать публикации?!
mlog, 18.07.2008 18:56
Определена полная последовательность ядерного генома папайи (Carica papaya).


Файл/ы:

скачать файл papaya.pdf
размер: 363.24
кол-во скачиваний: 1550


EcoLog, 08.12.2008 01:35
(mlog @ 18.07.2008 18:56)
Ссылка на исходное сообщение  Определена полная последовательность ядерного генома папайи (Carica papaya).


профанский вопрос, но сколько такое секвенирование занимает времени и денег?)
mlog, 08.12.2008 16:56
(Eco[L]og @ 08.12.2008 01:35)
Ссылка на исходное сообщение  профанский вопрос, но сколько такое секвенирование занимает времени и денег?)

Посмотрите вот тут: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=274075
и тут: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=245499
в обеих темах много мусора, но некое рациональное зерно можно уловить.
Моё личное мнение (а я подобными вопросами интересуюсь) - об этом пока говорить бессмысленно. В России (подозреваю, что в братских республиках тоже) нет центров (нет физически или же нет доступа, это не столь важно), которые в состоянии с этим справиться. Два хлоропластных генома - ряски и гречихи - еле-еле секвенировали, куда уж там ядерный...
mlog, 08.12.2008 17:10
Между тем секвенирован митохондриальный геном винограда (Vitis). Как и другие митохондриальные геномы растений, он отличается большим размером (в данном случае - примерно 770 Кб) и малой долей кодирующих последовательностей. Более интересно то, что в нём обнаружено большое количество участков, гомологичных хлоропластной ДНК винограда (более 40% хлоропластного генома), приобретенных путем горизонтального переноса генов. Также в статье приводятся свидетельства в пользу существования ещё одного, неизвестного ранее пути горизонтального переноса генов - от митохондрий к хлоропластам.

Goremykin VV, Salamini F, Velasco R, Viola R.
mtDNA of Vitis vinifera and the issue of rampant horizontal gene transfer.
Mol Biol Evol. 2008 Oct 14.
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/msn226
Марина Тихонова, 23.01.2009 14:58
Здравствуйте!
Подскажите, пожалуйста, были ли секвенированы митохондриальный и холоропластный геномы подсолнечника Helianthus annuus, и адрес сайта, где можно посмотреть все секвенированные на сегодняшний день геномы органелл растений, если такой есть.
Спасибо.
Марина Тихонова, 23.01.2009 19:16
Спасибо. Подсолнечника там не видать, придется самим секвенировать. wink.gif
mlog, 23.01.2009 20:50
(Марина Тихонова @ 23.01.2009 19:16)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо. Подсолнечника там не видать, придется самим секвенировать. wink.gif

Это почему не видать? Хлоропластный сделан уже давно: http://www.amjbot.org/cgi/content/full/94/3/302
plantago, 23.01.2009 22:07
Хм, а почему в GenBank нет?
plantago, 23.01.2009 22:11
Есть, но не в суммарной таблице. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer....ore&id=88656873
Странно.
Марина Тихонова, 29.01.2009 21:35
Сама удивилась, когда все-таки нашла хлоропластную подсолнечника.
А появилась!
mlog, 10.05.2009 20:16
Новый полный ядерный геном, на этот раз Sorghum bicolor:
Paterson et al. Nature 457, 551-556 (29 January 2009)
The Sorghum bicolor genome and the diversification of grasses.
(полный текст выложен тут: http://www.plantgenome.uga.edu/)

и новые аргументы в старом споре о филогенетическом анализе хлоропластных геномов и положении Amborella:
Goremykin, V. V., Viola, R., Hellwig, F. H. 2009. Removal of noisy characters from chloroplast genome-scale data suggests revision of phylogenetic placement of Amborella and Ceratophyllum. J. Molec. Evol. 68: 197-204.

http://www.springerlink.com/content/kn4621...332398300d&pi=0
mlog, 07.12.2009 23:17
Определена полная последовательность ядерного генома огурца: http://www.nature.com/ng/journal/v41/n12/full/ng.475.html
mlog, 05.02.2010 14:24
А теперь ещё и сои: http://www.nature.com/nature/journal/v463/...ature08670.html
На настоящее время самый большой из полностью секвенированный растительных геномов.

и ещё очень много хлоропластных геномов:
рогоза Typha latifolia (последовательности большинства генов были доступны уже давно, а теперь вот и весь геном целиком собрали):
http://www.springerlink.com/content/l506585483g84080/

ещё один злак, на этот раз Lolium arundinaceum: http://www.amjbot.org/cgi/content/abstract/ajb.0900008v1. Статья интересна не столько результатами, сколько тем, что этот геном был секвенирован в рамках студенческого практикума по генетике smile.gif

Всё большее распространение получает next generation секвенирование:
http://dnaresearch.oxfordjournals.org/cgi/...t/full/dsp025v1 (Vigna radiata, 454)

http://www.biomedcentral.com/1741-7007/7/84 (много-много пластидных геномов разных видов Pinus, Solexa)
mlog, 30.03.2010 00:31
Ещё один ядерный геном, на этот раз снова злак, Brachypodium distachyon - http://www.nature.com/nature/journal/v463/...ature08747.html

Интересно, что для ядерных геномов растений почти не применяют next generation секвенирование. "Зоологи" пока опережают: геном панды секвенировали, используя только Illumina: http://www.nature.com/nature/journal/v463/...ature08696.html
Kovalevsky, 30.03.2010 08:43
Для растений next generation технологии, вероятно, не особо эффективны из-за большого количества повторов в геноме - потом больше сил и средств уйдёт на то, что этот геном правильно "собрать" из кусочков в 70-400 п.н.
mlog, 30.03.2010 18:48
(Kovalevsky @ 30.03.2010 09:43)
Ссылка на исходное сообщение  Для растений next generation технологии, вероятно, не особо эффективны из-за большого количества повторов в геноме - потом больше сил и средств уйдёт на то, что этот геном правильно "собрать" из кусочков в 70-400 п.н.


Вот это большой вопрос для меня (причём не вопрос не только теоретический shuffle.gif ) - то ли есть какие-то конструктивные ограничения в геноме растений, то ли просто "ботаники" запаздывают с применением новых технологий.
Я не очень много знаю про геном животных, но думаю, что повторов там не меньше. Та же панда - больше двух гигабаз. Вряд ли всё это гены yes.gif
Так что может, просто запаздывают. Но хотелось бы знать наверняка smile.gif
Kovalevsky, 30.03.2010 19:47
Мне кажется, что секвенирование генома панды - это скорее "proof of principle", чем начало новой эры в секвенировании геномов животных. Существующие next generation sequencing технологии делают последующую обработку полученных последовательностей очень трудоёмкой, так что это по зубам лишь специализированным центрам с супер-компьютерами и серьезной командой информатиков. Насколько я себе представляю, эти технологии будут применяться в первую очередь для de novo секвенирования геномов микроорганизмов, а для высших организмов, скорее всего, ограничатся re-sequencing, т.е. секвенированием очень близких видов или разных особей одного и того же вида. Другое дело, что прогресс не стоит на месте, и если удастся увеличить длину последовательности, читаемой за одну реакцию, до 500-600 нуклеотидов, то это позволит кардинально изменить ситуацию.
mlog, 21.01.2011 07:29
(Kovalevsky @ 30.03.2010 20:47)
Ссылка на исходное сообщение  Мне кажется, что секвенирование генома панды - это скорее "proof of principle", чем начало новой эры в секвенировании геномов животных. Существующие next generation sequencing технологии делают последующую обработку полученных последовательностей очень трудоёмкой, так что это по зубам лишь специализированным центрам с супер-компьютерами и серьезной командой информатиков. Насколько я себе представляю, эти технологии будут применяться в первую очередь для de novo секвенирования геномов микроорганизмов, а для высших организмов, скорее всего, ограничатся re-sequencing, т.е. секвенированием очень близких видов или разных особей одного и того же вида. Другое дело, что прогресс не стоит на месте, и если удастся увеличить длину последовательности, читаемой за одну реакцию, до 500-600 нуклеотидов, то это позволит кардинально изменить ситуацию.


В конце 2010 года вышло сразу две статьи про секвенирование геномов растений - какао и земляники, в них уже вовсю применяется NGS:
http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncur...ull/ng.740.html (Fragaria)
http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncur...ull/ng.736.html (Theobroma)

Причём используется не только 454, с длиной чтения 400-500 нуклеотидов, но Illumina и даже Solid (76 и 25 нуклеотидов соответственно).

Геномы пока небольшие, меньше 500 Мб, но начало положено smile.gif
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.