Полная версия страницы  English  

AutoDock

Pages: 1, 2
dlinnosheee, 28.12.2006 01:38
Вот скачал, установил AutoDock под Windows.
Что-то много глюков, то ли программа криво стала, то ли дистрибутив подпорченный. И еще есть по использованию несколько вопросов. Откликнитесь пожалуйста, кто пользуется этой программой.
Starless, 28.12.2006 13:08
Вообще говоря, программа действительно кривовата. И, кстати, спервые слышу про виндовую версию. Версия третья?
Лично мне он не понравился. Хотя говорят, что поиск сайта связывания осуществляет неплохо. Но передо мной стоит задача не столько поиска сайта, сколько виртуального скрининга, для чего АвтоДок совершенно не приспособлен.
dlinnosheee, 28.12.2006 13:38
(Starless @ 28.12.2006 13:08)
Ссылка на исходное сообщение  Вообще говоря, программа действительно кривовата. И, кстати, спервые слышу про виндовую версию. Версия третья?
Лично мне он не понравился. Хотя говорят, что поиск сайта связывания осуществляет неплохо. Но передо мной стоит задача не столько поиска сайта, сколько виртуального скрининга, для чего АвтоДок совершенно не приспособлен.


Что касается AutoDock, это вроде четвертая версия (идет в составе пакета AutoDock Tools бесплатно доступной на сайте разработчиков). Она написана на питоне, и при работе питон постоянно выдает ошибки, много разных мелких, и при этом программа умудряется как-то работать, но не знаю, можно ли этому доверять.

Есть еще вопрос по поводу другой программы Dock. На сайте разработчиков указывается, что зарегистрировавшись можно получить пароль на скачку Dock под Windws, Linux, и исходники на C++. Почему-то в реальности, когда я посылаю запрос на Windows-версию, мне разрешают скачать только исходники. Вы с таким не сталкивались?
Starless, 28.12.2006 15:24
А что за ошибки питона? Если это просто warnings, то это фигня. А если что посерьёзнее --- то и доверять сложно. Ещё стоит проверить версию питона. Кстати, на сайте не сказано, что Autodock входит в состав Autodocktools, если это так -- очень интересно. В дистрибе для линукса его вроде как нет...

Сталкивались. Начиная, по-моему, с версии 6.0, у них на сайте лежат только исходники. Предполагается, что пользователь должен скомпилировать исходники сам. Скорее всего, надо это делать под CygWin'ом. Для меня проблемы Windows не существует, поскольку я использую все эти программы в среде Linux (чего, кстати, и Вам советую).
dlinnosheee, 28.12.2006 16:57
спасибо за ответ.
питон выдает именно errors, не warnings
на Linux переходить сейчас трудновато,
я для начала скачаю AutoDock по-новой, что-то ощущение что он мог попортиться при закачке.
А с dock под SigWin попытаюсь...
Nastja, 05.01.2007 09:57
Боюсь, все равно придется переходить на linux, если хотите серьезно заниматься всем этим...
Я использовала AutoDock под Linuxом, никаких программных проблем не было.
Chlorum, 05.01.2007 18:03
У меня работает под Cygwin, никаких ошибок не дает. И сам автодок, и Tools. Под линуксом идет быстрее ж, однако.
dlinnosheee, 10.01.2007 18:35
AutoDockTools, or ADT, is the free GUI for AutoDock developed by the same laboratory that develops AutoDock. You can use it to set up, run and analyze AutoDock dockings and isocontour AutoGrid affinity maps, as well as compute molecular surfaces, display secondary structure ribbons, compute hydrogen-bonds, and do many more useful things.
AutoDockTools, or ADT, is the ultimate GUI to set up, launch and analyze AutoDockruns. With ADT, you can:

View molecules in 3D, rotate & scale in real time.
Add all hydrogens or just non-polar hydrogens.
Assign partial atomic charges to the ligand and the macromolecule (Gasteiger or Kollman United Atom charges).
Merge non-polar hydrogens and their charges with their parent carbon atom.
Set up rotatable bonds in the ligand using a graphical version of AutoTors.
Set up the AutoGrid Parameter File (GPF) using a visual representation of the grid box, and slider-based widgets.
Set up the AutoDock Parameter File (DPF) using forms.
Launch AutoGrid and AutoDock.
Read in the results of an AutoDock job and graphically display them.
View isocontoured AutoGrid affinity maps.
And much, much more...
dlinnosheee, 10.01.2007 18:40
Похоже, этот AutoDock Tool - хорошая штука. Доступно для скачки отсюда:
http://mgltools.scripps.edu/downloads
Там есть windows-версия (13MB). Проблема в том, что я три раза скачал ее, и всякий раз при скачке какие-то повреждения происходят. Чисто техническая какая-то заморочка то ли моего то ли их провайдера. Если кто-то себе скачает нормальный работающий файл MGLTools-1.4.3-Setup.exe, буду благодарен, если скинете на e-mail.
Nastja, 14.01.2007 22:03
Не просто хорошая, а пожалуй даже необходимая.
Попробуйте скачать программой, поддерживающей докачку.
dlinnosheee, 22.02.2007 14:34
у меня снова руки дошли до этой программы. Скачал, переустановил. Предположим, что на этапе инсталляции все правильно. Прочитал мануал, действую по мануалу. Начинаю подготовку лиганда к докингу, и питон выдает кучу ошибок типа таких:

File "C:\Python24\Lib\site-packages\MGLToolsPckgs\PyBabel\atomTypes.py", line 262, in valence_two
angle1 = bond_angle(k.coords, a.coords, l.coords)
File "C:\Python24\Lib\site-packages\MGLToolsPckgs\PyBabel\util.py", line 46, in bond_angle
cos_theta = ( (a[0] - b[0]) * (c[0] - b[0]) +
ZeroDivisionError: float division

в чем проблема?
Хлестов Никита, 25.04.2007 19:05
Насколько ресурсоемка эта программа?стоит ли создавать для нее кластер?
Starless, 26.04.2007 13:14
зависит от того, что Вы хотите делать. Если скринить большие бибилиотеки в промышленных масштабах, то стоит. Если просто изучать взаимодействие отдельных молекул -- то нет.
arraxx, 29.06.2007 11:55
Есть такая программа NetworkBuilder в комплекте MGL Tools. Есть такая идея автоматизации всего процесса докинга. Как мы поняли, с помощью NetworkBuilder возможно осуществить поставленную задачу. Хотелось бы написать соответствующтй скрипт, а лучше дажегде-то его взять. Может кто-то этим занимался. Подскажите, где можно достать соответствующие скрипты.
Chlorum, 02.07.2007 16:17
Автоматизировать целиком не получится. Все равно грид строить придется вручную.
arraxx, 23.08.2007 19:10
Я скачал AutoDock3. Он прекрасно выдает различные сайты связывания. Строит кластерную диаграмму. Но как определить наиболее вероятный сайт связывания?
Я долго и нудно пытался перевести информацию из диаграммы в какую-либо зависимость. Не получается?
Подскажите, как можно интерпретировать результаты докинга в количественную зависимость, с учетом того, что я просчитал уже достаточно большое количество лигандов?
Starless, 29.08.2007 14:47
а литературной информации совсем нет? а чисто визуально они все похожие? а энергия лучшей позы для всех одинаковая?
arraxx, 02.09.2007 21:43
Все почти именно так. Для эндогенных лигандов вырисовываются (почти что) сайты связывания. А что касается новых синтезированных, еще неизвестных соединений - тут все жутко интересно, но очень непонятно. Получается, что они садятся на разные сайты связвания и дают в кластерном анализе для большинства сайтов на одном рецепторе как близкие энергии, так и близкое количество конформаций на каждый сайт связывания. Учитывая, что многие рецепторы в организме содержат множестов субъединиц, например, в ГАМК-рецепторе существует до 19 субъединиц, можно считать, что это хороший результат, так как вещество будет давать комплексное действие с тем или иным оттенком, характерным для различных эндогенных лигандов, но с другой стороны это может говорить и о том, что оно ничего толкового и не дает. Самое интересное то, что ряд веществ, для которых доказана и количественно приведена активность, дают именно такую расплывчатую картину. Как это можно понять?
Starless, 03.09.2007 09:42
В первую очередь так, что если есть возможность, надо не искать новый сайт, а бриться по Оккаму и докировать в старый и известный. Если сам сайт большой, как у гамк-рецепторов, то любая позиция внутри него равновероятна и надо динамить. Ну а для новых, если есть такая возможность, надо хотя бы кинетику внимательно смотреть, а лучше мутации.
VictorVictorovich, 20.10.2007 08:14
autoanalyze Commands ADanalyze_addExtraGridlsocontour -//////
ADanalyze_chooseDockedConformations -/////
ADanalyze_choozeMacromolecule-////
ADanalyze_deleteDLG-////
ADanalyze_epdbMolecule-////
ADanalyze_getChart-////
ADanalyze_makeClustering-///
ADanalyze_makeSubsetClustering-///
ADanalyze_readAllDLGInDirectory-///
ADanalyze_readClusteringStates-////
Надо узнать,что выполняют данные команды.Проблема в том что есть описание модуля к которому они относятся,но нет описания каждой конкретной команды. При запуске команды, при взгяде на молекулу ничего не проиcходит?
За что отвечают данные команды( каждая в отдельности).


Кнопки в нижней части окна
Sel -показывает атомы(узлы)
CPK-показывает саму молекулу(ее химическую структуру)
S&B-показывает саму молекулу(ее химическую структуру),но более объемно чем режим CPK
Bib-активирует режим показывающий аьфа и бетта структуру молекулы.
MS-Показывает что представляет собой поверхность молекулы в 3d
Atom-показвыет ??
Mol
Chain-возможно лиганд
RAS ?
SHA ?
DG ?
Str ?
Inst ?
guest: Covigo , 10.11.2007 18:58
Подскажите, при каких условиях лучше получается докинг: когда разрешаешь AutoDock'у объединять (merge) неполярные водороды (non-polar hydrogens) или когда не разрешаешь.
covigo, 10.11.2007 19:14
При построении сетки (grid), после запуска AutoGrid через Run --> AutoGrid и далее Launch в окне в окне AutoDockTools ничего не происходит (в инструкции написано, что должно выскакивать какое-то окно -- Widget). Log-файл AutoGrid'а создается, но в нем написано Error: can't open Rigid.pdbqt (файл, в котором сохранена жесткая часть рецептора. Этот файл мы поместили в папку, где находится AutoGrid (executable) -- все равно он файл не видит.

Помогите кто может...
Chlorum, 10.11.2007 20:12
проверьте путь до папок pdbqt, он должен быть указан относительно папки исполнения.
covigo, 13.11.2007 13:49
Спасибо за совет, помогло.
Теперь у нас загвоздка с анализом результатов докинга.
Когда открываем dlg-файл (Analyze ➞ Dockings ➞ Open ...), в окне AutoDockTools должны открываться запросы Docking и Conformation. Этого не происходит.
При открытии Analyze ➞ Conformations ➞ Load ... требуется указать не только файл dlg, но и файл res, которого на нашем компьютере нет.

Не подскажете, в чем дело?
али, 13.11.2007 14:29
У меня команды AutoDock и AutoGrid из под ADT работают только если, поместить файл рецептора в корневой каталог Linux. Наладить команды путем проверки и исправления пути этих команд не удалось. Что странно, когда задаешь обе команды со строки, скриптом, таких проблем не возникает.
VictorVictorovich, может вот это поможет: http://www.scripps.edu/~sanner/python/adt/...zeTutorial.html
VictorVictorovich, 19.11.2007 13:28
Спасибо за ссылку али.
В программе AutoDock4 весь цикл докинга и анализа можно задать через скрипт, и запустить через соответствующую опцию.
Где можно взять такой скрипт ( Нужен пример такого скрипта )?
Starless, 20.11.2007 12:55
на официальном сайте
али, 20.11.2007 12:57
arraxx и Chlorum, что то о таком скрипте писали (сообщения 25 и 26)

Starless, если не сложно, можно ссылочку, и по точнее пожалуйста. Кроме питоновских скриптов ни чего не нашел.
Starless, 21.11.2007 21:37
а там есть тьюториал по виртуальному скринингу
VictorVictorovich, 17.01.2008 08:34
Спасибо за ссылку Starless.Помогло.
Провел докинг 50 лигандов. Как оценить полученный результат? если была использована теоретическая модель рецептора (т.е. без рентгеноструктурного анализа)
насколько близко к правде полученный результат?
Chlorum, 17.01.2008 13:36
насколько точна модель=)
covigo, 26.01.2008 07:54
Ищу файл prepare_dpf4_flex.py для AutoDock. Если у кого-нибудь есть, пожалуйста, перешлите на covigo@mail.ru Очень надо...
Flightwoman, 26.01.2008 18:43
(VictorVictorovich @ 17.01.2008 08:34)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за ссылку Старлесс.Помогло.
Провел докинг 50 лигандов. Как оценить полученный результат? если была использована теоретическая модель рецептора (т.е. без рентгеноструктурного анализа)
насколько близко к правде полученный результат?


Обычно результаты сравнивают с уже имеющимися хоть какими-то биологическими данными или получают новые данные на основе докинга - проверяют лиганд, а после делают site-directed mutagenesis аа в местах контакта по докингу. И так пока не сработает.
Guest, 04.04.2008 07:07
Как сделать модель с гибкими остатками вместе с водой.
Chlorum, 04.04.2008 09:55
Задайте, пожалуйста, вопрос нормально. Модель чего, в комплексе с чем, вода залита в бокс или участвует как лиганд/колиганд и т.д.

Иначе общий ответ - молекулярной динамикой.
covigo, 02.05.2008 14:24
Провел повторный докинг "родных" лигандов в EGFR -- рецептор эпидермального фактора роста. Среднее значение rmsd получается примерно 3,2 ангстрем. Авторы указывают, что повторный докинг можно считать успешным, если rmsd составляет 2 ангстрем и менее, люди из МГУ в статьях пишут, что у них получается примерно 0,3 ангстрем (если не ошибаюсь). Не знаю, что и думать.
Chlorum, 04.05.2008 17:07
а модель рецептора-то точна?
guest: sib , 20.05.2008 22:43
подскажите, пожалуйста, в чем проблема
при открытии Analyze ➞ Dockings ➞ Open
выдает ошибку
Traceback (most recent call last):
File "/Library/MGLTools/1.4.6/MGLToolsPckgs/ViewerFramework/VF.py", line 714, in tryto
result = apply( command, args, kw )
File "/Library/MGLTools/1.4.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2667, in doit
d.readDlg(dlgFile)
File "/Library/MGLTools/1.4.6/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Docking.py", line 83, in readDlg
self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'

и вообще кто-нибудь пользовался autodock4 на mac os?
Chlorum, 22.05.2008 12:00
он у вас всегда так говорит? даже после переустановки тулзов?
guest: sib , 23.05.2008 13:26
Chlorum
у меня, наверное, руки кривые. ничего не переустанавливала - все открыл (правда раза с 30-го). простите за беспокойство.
guest: Novichok , 29.03.2010 11:03
Да все нормально работает, я пользуюсь Autodock в составе MGLTools 1.5.4 for Windows.
Nastja, 30.03.2010 12:23
Вам повезло, у многих AutoDock под windows не сразу устанавливается.
NMR-guy, 19.04.2010 17:26
(VictorVictorovich @ 17.01.2008 00:34)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за ссылку Starless.Помогло.
Провел докинг 50 лигандов. Как оценить полученный результат? если была использована теоретическая модель рецептора (т.е. без рентгеноструктурного анализа)
насколько близко к правде полученный результат?

вот вы в этом аутодоке и будете заниматься докингом 50 лигандов всё время в то время как хорошая библиотека состоит тысяч из 200, и до 2.400.000 лигандов.

аутодок - игрушка для теоретиков, к решению практических задач почти не пригодна (где пригодна - задачи уже решены лет 10 назад, запатентованы и положены на полку)
Евгений Быков, 30.04.2010 13:57
Коллеги! помогите разобраться с программой Autodock 4.2 в оболочке Windows :
Я инсталировал программу, создал необходимые файлы лиганда и мишени, задал параметры сетки, после чего благополучно запустился и исполнился Autogrid. Но Autodock запускается, но упорно исполняться не хочет-вот что выдаётся по поводу файла .dlg? что-то дописывается на него: confused.gif
Заранее благодарен за совет...
user posted image
Nastja, 30.04.2010 17:34
Попробуйте написать autodock4.exe -p 3BGC.dpf -l 3BGC.dlg (с соответствующими путями)
NMR-guy, 09.05.2010 23:50
никогда не работайте даже с автодоком в оболочке виндовс - кириллические кодировки в путях для этих прог вообще непонятны (UTF-8 и т.п.)

поставьте Fedora-12 (это не сложнее чем винды поставить, как мне кажется) с кодировкой и языком по умолчанию English,
потом - автодок, потом - перезапустите свой скрипт
Veronika1979, 07.04.2012 16:17
Veronika.
Доброго всем времени суток. У меня AutoDock под WindXP. Возникла серьезная проблема с работой AutoGrid. Файлы фермента и лиганда помещены в папку, где лежит AutoGrid4.ехе. Я и сама файлы dpf создавала, и готовые с tutorial брала. Вот не видит их эта программа и все тут. у меня работа из-за этого остановилась. что делать? я и с путем и без путей файлы фермента указывала. Ни в какую. Может кто-либо сталкивался с подобной проблемой?
Заранее спасибо.
Nastja, 08.04.2012 02:50
Вообще-то надо gpf, а не dpf.
yanovskaya, 17.12.2014 08:32
Приветствую всех любителей молекулярного докинга.
С программой Autodock разбираюсь очень длительно, каждый раз сталкиваясь с трудностями: при установке, работе с программой (судя из форума, я не одна через "'это" прохожу).
Я уже продвинулась и дошла до анализа результатов и очень прошу всех специалистов-асов в этой программе помочь мне разобраться, как оценить степень гидрофобного взаимодействия и как посмотреть какие связи присутствуют в комплексе?
Спасибо.
guest: great , 31.10.2018 18:18
This is actually the kind of information I have been trying to find. Thank you for writing this information.
http://www.mygeekday.com
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.