Кто-нибудь считал статистику по Арлекину?
Пожалуйста помогите разобраться!!! А существует-ли инструкция на более или менее понятном языке? Help-help!!!

А что Вы хотите считать? И где Вы?

Вам уже отвечали!

Я хочу посчитать частоты аллелей генов HLA и других. Но как это сделать в Арлекине, не знаю.

Где Вы? Вообще, частоты аллелей можно посчитать и без Арлекина.
В Арлекине есть образцы файлов, с которыми работает программа,
посмотрите, как там организованы данные.

Я нахожусь в Челябинске, это что так важно?
"Вообще, частоты аллелей можно посчитать и без Арлекина". Во всех статьях по иммуногенетике частоты аллелей считают по этой программе. Очень хочется в ней разобраться.

Если бы Вы были, скажем в Питере, я бы Вам показал.
Какая у Вас, кстати, версия программы? Я Вам пишу для 2.0
Откройте с помощью текстового редактора файл из папки datafiles
из проекта Microsat с названием 2popmic.arp. Посмотрите, там представлены данные по двум выборкам диплоидных организмов, по 4 локусам.
Вы можете создать такой файл в любом редакторе или воспользоваться
опцией Project Wizard из самой программы, - укажите тип данных, чем они разделены и.т.д. Потом Вам будет надо только вставить туда свои данные.
Все строчки, начинающиеся со знака # - это примечания, которые можно опустить.
Сделайте такой файл, выберите его из программы, укажите анализы, которые Вы хотите провести и нажмите кнопку RUN. Результаты будут записаны в отдельный файл.

Спасибочки за помощь, надеюсь разберусь!

Подскажите, пожалуйста, на файл какого расширения нужно ссылаться на вкладке Arlequin configuration в графе «текстовый редактор» для программы Arlequin 3.1. Очень нужно.

Меня интересует тот же вопрос, что и Свету.

У нас просто стоит ссылка на путь к запускающему (exe) файлу нашего браузера.

А при чём тут браузер? Browse - значит "просмотр". А путь нужно указать к текстовому редактору. Проще всего к блокноту: С:\WINDOWS\NOTEDAD.EXE.
Но это только если у вас:
1) Стоит операционная система WINDOWS, 2) Она стоит на диске C:\ и 3) При установке папка не переименовывалась и называется WINDOWS. Иначе нужно проследовать туда, где есть к/л текстовый редактор.

Здравствуйте!

Подскажите пожалуйста – у нас в лаборатории встал вопрос использования arlequin 3.11 для генетического анализа RFLP, но, что называется, сломались в самом начале пути – не можем составить матрицу. Понимаю, что вопрос, вероятно, уже неоднократно обсуждался, но поиски в интернете пока не принесли результатов, поэтому спрашиваю помощи на форуме. Если не трудно, подскажите, как загнать в программу данные? Исходно у нас есть матрица, состоящая из 1710 «0» и «1» для каждой популяции (всего популяций 14ть). Эта матрица загнана в виде файлов программы Treecon (пример файла приложил к письму). Собственно, не можем понять, как эти данные загнать в «Арлекина», подскажите, пожалуйста. Если есть возможность – скиньте пример матрицы, может, так будет проще разобраться. Всем заранее спасибо!

Простите, нажал «прикрепить файл», когда писал предыдущее сообщение, но файл не прикрепился… Вот, привожу здесь текстом, в каком виде у нас есть матрица:

>1.Semga Sop.
0000000011110101100000100000100000000000001000110000000010001111000110110000011100001001001000000101
00100010100100000100001100101010110101000000000000101101101010010010111 (и т.д., всего 1710 значений)
>2.Semga Utch.
0000000011110000100000100000100000000000101000010001000010001111001110110000001100001001101000000101
00100010100100000100001100101010100101000000101001101101101010010010111 (и т.д., всего 1710 значений в каждой популяции и всего 14ть популяций).

Подскажите, можно ли рассчитать Fst если известны только частоты аллелей (STR)?

Наверное, нет, потому, что нужно знать вдобавок их вариансу. Формула расчета Fst= Var(p)/(p_средн*(1-p_средн)).

Доброго все времени суток!
Подскажите пожалуйста как вводить в Арлекин данные тетраплоидов (микросателлиты). По статьям известно, что возможно. Но когда вводим, программа ругается, говорит, что данные прочесть невозможно.

Здравствуйте, а есть более/мение понятная инструкция на версию 3,5? нужно посчитать частоты HLA

Positive site, where did u come up with the information on this posting?I have read a few of the articles on your website now, and I really like your style. Thanks a million and please keep up the effective work.
http://www.naturalhealthbase.com

SINCE LAUNCHING AMB CASINO HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL COUNTRIES RADICALLY 123VEGA TRANSFORMING THEIR ALLBET FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต LONGER THE CONFLICT CANDY BURST GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ARE OF DIVISIONS.

South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.

South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.