 
| |
[ Вход | Регистрация ]
|
РНК лигаза
bklimovich, 24.03.2007 14:44
Может ли РНК лигаза лигировать олиги к двухцепочечной ДНК с одноцепочечными концами?
bklimovich, 24.03.2007 14:49
И если нет то можно ли вывернуться и к денатурированной ДНК лигировать олиги а потом отжечь ее Короче цель - пришить к фрагменту прямой и обратный праймер
petr, 26.03.2007 02:39
Q6: Can T4 RNA Ligase 1 be used to add tails to linear duplex DNA?
A6: Yes, RNA oligos can be ligated to blunt or cohesive end duplex DNA. DNA oligos ligate at a greatly reduced rate (3).
(3) Higgins, N. P. et al. (1979) NAR 6, pp. 1013-1024.
Отсюда:
A6: Yes, RNA oligos can be ligated to blunt or cohesive end duplex DNA. DNA oligos ligate at a greatly reduced rate (3).
(3) Higgins, N. P. et al. (1979) NAR 6, pp. 1013-1024.
Отсюда:
genseq, 26.03.2007 09:53
РНК-лигаза фага Т4 одинаково хорошо шьёт как однонитевую РНК, так и однонитевую ДНК. Если у ДНК одноцепочечные концы, то проблем с пришивкой адапторов не будет.
curious67, 26.03.2007 10:45
только надо понимать, что способ введения адаптора с помощью РНК лигазы самый нелепый из всего, что по этому поводу (введение адапторов) наработало человечество. Не верите- попробуйте, если после этого у Вас получится хоть один внятный RACE на чем- либо, исключая самые мажорные мажоры типа актина, готов съесть свой любимый самплер. Жду едких ремарок и зубоскальства, ибо вроде как подставился, только вот метод дерьмо, это факт
genseq, 26.03.2007 11:36
Oligodeoxyribonucleotide ligation to single-stranded cDNAs: a new tool for cloning 5' ends of mRNAs and for constructing cDNA libraries by in vitro amplification.
Edwards JB, Delort J, Mallet J.
Nucleic Acids Res. 1991 Oct 11;19(19):5227-32
Термостабильную фаговую ДНК/РНК-лигазу, работающую немного лучше обычной Т4 РНК-лигазы поставляет фирма Prokaria:
Edwards JB, Delort J, Mallet J.
Nucleic Acids Res. 1991 Oct 11;19(19):5227-32
Термостабильную фаговую ДНК/РНК-лигазу, работающую немного лучше обычной Т4 РНК-лигазы поставляет фирма Prokaria:
curious67, 26.03.2007 11:40
с 1991 года, когда это было писано, появилось много других методов, не идущих с этим ни в какое сравнение. Не надо так углубляться в историю, методы развиваются столь стремительно, что 15 лет- просто пропасть
genseq, 26.03.2007 14:25
Методов пришивки адапторов к ДНК, действительно, очень много. Но вопрос был о РНК-лигазном, а это самый лучший вариант для пришивки адапторов как к однонитевой ДНК, так и к РНК. Ну а особый интерес к адаптации именно однонитевых нуклеиновых кислот сейчас связан с развитием методов параллельного секвенировния ДНК, для которых требуюется случайная фрагментация, пришивка адапторов и твердофазная амплификация молекулярных клонов на плоской поверхности или при помощи эмульсионной PCR.
Что касается ссылки на 1991 год, то обычно принято ссылаться на основоположников, а не на продолжателей
. Сейчас описано множество и других вариантов пришивки адапторов, причём РНК-лигаза в них используется довольно часто. Лично мне больше всего нравится РНК-лигазный вариант пробоподготовки однонитевых фрагментов для RCA:
Что касается ссылки на 1991 год, то обычно принято ссылаться на основоположников, а не на продолжателей
. Сейчас описано множество и других вариантов пришивки адапторов, причём РНК-лигаза в них используется довольно часто. Лично мне больше всего нравится РНК-лигазный вариант пробоподготовки однонитевых фрагментов для RCA:
Картинки:
_______________.JPG — (15.95) 26.03.2007 — 09.04.2007 bklimovich, 26.03.2007 15:53
(curious67 @ 26.03.2007 10:45)
только надо понимать, что способ введения адаптора с помощью РНК лигазы самый нелепый из всего, что по этому поводу (введение адапторов) наработало человечество. Не верите- попробуйте, если после этого у Вас получится хоть один внятный RACE на чем- либо, исключая самые мажорные мажоры типа актина, готов съесть свой любимый самплер. Жду едких ремарок и зубоскальства, ибо вроде как подставился, только вот метод дерьмо, это фактВидите ли, проблема в том, что если бы мне нужно было ставить RACE, я бы воспользовался (и пользуюсь) SMART. Мне нужно пришить имеющиеся 2 ДНК-олига к имеющемуся двухцепочечному фрагменту ДНК. Все. Так что семплер оставьте, пригодится.
curious67, 26.03.2007 15:54
Что касается ссылки на 1991 год, то обычно принято ссылаться на основоположников, а не на продолжателей
ну, ну, продолжайте. Все это неэстетично, явный тупик технологии. Нет эстетики- нет будущего (по крайней мере в существующем виде) - верно для практически любой технологии. Через 2-3 года все умрет. Впрочем, в России лет 20 еще упражняться будут
ну, ну, продолжайте. Все это неэстетично, явный тупик технологии. Нет эстетики- нет будущего (по крайней мере в существующем виде) - верно для практически любой технологии. Через 2-3 года все умрет. Впрочем, в России лет 20 еще упражняться будут
genseq, 26.03.2007 16:25
(bklimovich @ 26.03.2007 14:53)
Мне нужно пришить имеющиеся 2 ДНК-олига к имеющемуся двухцепочечному фрагменту ДНК. Все.Если это всё, то желательно, чтобы пришиваемые олиги имели на 3'-концах Т. Ампликон после обычной PCR, т.е. имеющий на концах выступающие А, пришьётся к ним обычной ДНК-лигазой. Но у меня появляется ощущение, что всё это Вы уже знаете. Тогда откуда интерес имено к РНК-лигазе?
Что касается ссылки на 1991 год, то можно почитать и описания технологии Solexa, датируемые уже 2007 годом.
В них для секвенирования siRNA предлагается использовать именно РНК-лигазу. Эта же технология подоходит и для рандомизированных фрагментов однонитевой ДНК.
Guest, 26.03.2007 16:59
(curious67 @ 26.03.2007 09:45)
только надо понимать, что способ введения адаптора с помощью РНК лигазы самый нелепый из всего, что по этому поводу (введение адапторов) наработало человечество. Не верите- попробуйте, если после этого у Вас получится хоть один внятный РАЦЕ на чем- либо, исключая самые мажорные мажоры типа актина, готов съесть свой любимый самплер. Жду едких ремарок и зубоскальства, ибо вроде как подставился, только вот метод дерьмо, это фактмне нужен просто коммент по поводу этой публикации в которой метят микроРНК
стоит -ли на аррей деньги тратить ?petr, 26.03.2007 17:54
2 curious67: Мы с Вами как-то уже обсуждали РНК лигазу и рэйсы. Лично в моем случае, все сработало, и пару альтернативных транскриптов таки я и вытащил (один нормалный "свойский", другой минорный), причем с моего ТАТА-less, GAAT-less, SP1-богатого промотора они могут начинать читаться "откуда захотят" в принципе.
Что касается преимущества SMART перед лигазой, именно для определения TSS, могу поспорить. SMART точно также радостно подымет все 5'-truncated транскрипты (покопайтесь с ними потом
)
Что касается преимущества SMART перед лигазой, именно для определения TSS, могу поспорить. SMART точно также радостно подымет все 5'-truncated транскрипты (покопайтесь с ними потом
)
curious67, 27.03.2007 18:05
конечно, поднимет. Это раз. При этом не будет деградации РНК, что Ваша лигаза делает очень весело. Эффективность процесса при этом (Smart) будет, мягко говоря, повыше (порядка на 2), соответственно, поиск редких транскриптов полегче немного.Да и что Вам дался SMART, до него было прекрасное лигирование псевдо-двуцепочечных адапторов к 2-цепочечной кДНК (Marathon? Clontech), что еще эффективнее, только если не лень делать вторую цепь и РНК много. Это два.
watchesonline89, 21.12.2022 08:16
denisbeta, 11.06.2023 00:43
+
Bustella 2-1
+
Fortamin [TH]
new
22
+
Genesis [TH]
889
Ufa1688, 16.06.2023 10:10
From Myanmar meth and other synthetic drugs then travel out to the world with shipments previously found as far away as Japan New Zealand and Australia. South Asia, too, is being pulled further into this market [url=https://ufa1688.com/?p=2285&preview=true"ufabet vip[/url] with meth transported in “high volumes” from Myanmar to Bangladesh and northeast India the report found.
jaipurescorts0010, 16.06.2023 11:09
All of our are unbelievably stunning, and many of them are actual glamour or fashion models. The majority have strong interests in English and British culture and are also quite highly educated. Each one is distinctive and has distinct qualities. All of the females can speak English, but not necessarily very well. Some people are multilingual, speaking Hindi, English, Punjabi, Russian, and all other regional tongues. Even though they are not native English speakers, these models have exceptional conversational skills and a strong desire to learn more.
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
||
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.