Как долго хранится ДНК в ТЕ. И как лучше хранить при -20 или при -80?

долго. если не оттаивать очень часто. место работы поменять успеете за это время.
при -20С.

Практически все зависит от качества выделенной ДНК, от наличия примесей. В ТЕ с консервантами - при 4 оС.

Что за консерванты?

В ТЕ при +4оС после фенола хранил до 6 лет, главное чтобы пробирки были с очень плотными крышками. Если на -20оС , то храню в воде - некоторые образцы уже больше 15ти лет (опять же важны крышки, чтобы не усохли). Хотя смотря для чего нужна потом ДНК.

Нужна для ПЦР

ЕДТА в умереных количествах, азид натрия от 0,1 до 0,01%, Проклины всякие. Да мало ли еще каких... А ПЦР по фиг, т.е не ингибируют.

Говорят, до месяца при -20С (практически выходит дольше), до года при - 70С (не пробовали, но тоже говорят, что дольше может протянуть).

Даже РНК в воде при -20 хранится много дольше месяца.

Какой месяц... Какой год... Вот недавно разморозили плазмиду, которая с конца восьмидесятых лежала в каком-то полудохлом "розенлеве" (или "саратове"...) и ничего... даже на форезе выглядит вполне прилично, не говоря уже о трансформации. Так что я думаю на -70 и для ПЦРа лет 100 пролежит...

стоп-стоп-стоп. Если геномка, замораживать ни в коем случае нельзя!

с чего бы это?

а с того, что не получится нормального раствора, будут плавать сгустки, из которых невозможно будет сделать нормальных последовательных разведений, если вы когда-нибудь покупали фирменную человечину от NEB, скажем, она едет на +4 и хранится так же.

Вспоминаются суровые временя Саузернов...

Храню на -80С годами, испарений нет!

к чему бы это? Про испарение вроде никто и не заморачивался

No frost не пользоваться - не будет (будет, но минимальное) испарения.

К тому, что при -20С частенько они высыхают.

Если не геномная (например, плазмидная) - без разницы (для долговременного (годы) хранения можно парафильмом обмотать верхнюю часть эпп-фа или использоватьть пробирку с завинчивающейся крышкой). Впрочем, линейную ДНК (если она имеет концевые фосфаты и они нужны), я бы всё-таки хранил при -80 (если долго). Геномная же ДНК может быть механически повреждена (порвана) кристаллами льда в результате замораживания-оттаивания, так что хранить следует при +4.

Геномную (да и плазмидную и всякую прочую) ДНК оптимальнее всего хранить в заморозке на -20, можно в ТЕ, можно просто в воде. Если ДНК была выделена нормально, без значительных белковых примесей, то так она хоть 20 лет лежать может. Даже без всяких азидов и ЭДТА. На -20 даже кДНК по 3, а то и по 5 лет жить может. Чтобы не было издержек от переходов через ноль, можно не весь имеющийся объем каждый раз размораживать-замораживать, а просто сделать 1-2 мелких "рабочих" аликвот.
Выпадение нерастворимого осадка ДНК при хранении связано скорее не с усыханием из-под крышки, а с потерей ДНК сольватной оболочки и залипанием ее самой на себя. Физхимия, так сказать... Температуры типа -70 / -80 очень способствуют такому вымораживанию ДНК из собственной сольватной оболочки; а недовычищенные при выделении белки очень способствуют тому, что регидратировать такие конгломераты потом практически невозможно. А потому, хранить геномку на -70 не рекомендуется. И уж совсем не рекомендуется, как это делают некоторые умельцы, хранить геномную ДНК в виде осадка под спиртом.
И еще такой момент - концентрация геномной ДНК для хранения в заморозке лучше чтобы была не более 1 - 1,2 мгк/мкл; чем ДНК жиже, тем меньше вероятность, что часть ее вывалится в нерастворимый осадок. Хотя основную роль тут играет скорее даже не высокая концентрация ДНК, а именно ее недостаточная чистота, сильные белковые примеси.

А вот для РНК эти сольватные дела вроде бы особой роли не играют, и ее надежнее всего держать как раз на -70. Если при выделении или потом при работе РНКаз в нее не затащили, то даже без ингибиторов РНКаз такая РНК тоже может годами жить.

На +4 геномку в принципе можно без особого ущерба держать неделю-другую, а то и месяц, - но это все же вариант не для длительного хранения, не на годы. Точно не знаю, лично не проверял, но думаю, за пол-года - год на +4 ДНК в значительной мере развалится, так что лучше все же убирать на -20.

Я понимаю, что тут разговор про ДНК, но все же... хранил РНК под СПИРТОМ с AcNa при -80 в течении 3 лет. Получал нормальные РТ-ПЦР продукты. Не говорю, что это панацея, но работает

РНК - можно, и под спиртом, и на -80. Она все-таки и одноцепочечная, и не очень длинная, и нет такого гидрофобного кора, как в дуплексной ДНК; и вообще, даже при сильных белковых примесях, образование таких непробиваемых осадков, как в ДНК, для РНК нехарактерно. Единственное неудобство - если она вдруг понадобится, придется растворять, перемерять концентрацию. А потом как - для дальнейшего хранения опять под спирт высаживать? А зачем, если она и в воде при -70 те же 3-5 лет спокойно живет?

А вот ДНК, даже одноцепочечную, типа праймеров, так хранить не стоит. Особенно под спиртом. Особенно геномку - длинную, двуцепочечную, и, при нынешних быстрых колоночных методах выделения, - зачастую с мощными белковыми примесями.

Думаю, пару тысяч лет в замерзшем состоянии пролежит А на какой температуре из этих - без разницы.

Я не знаю что там говорят, но пользуюсь в работе образцами с геномки, которым уже не менее 6 лет. В воде. И ничего с ними не происходит.

Скажите это мамонтам Конечно особо длинных кусков там не останется, но чаще всего они и не шибко нужны. Касаемо же выпадения в осадок - не храните очень концентрированные растворы и будет вам счастье.

я вам про корректные разведения. а вы про сохранность. Еще раз повторяю- геномка не замораживается, и если выделена чисто, нихрена ей не сделается. Конечно, если вам надо ПЦр с нее типа есть/нет, то можно и заморозить. а если что поумнее сделать- не надо

Лично мой опыт:
выделяю геномку бактерий SDS лизисом, затем фенолом.
Финально растворяю примерно 5 мкг ДНК/мкл в воде. Такой препарат при хранении на -20С через полгода заметно деградирует, а через год там почти ничего нет.

грязь

Согласен с akatar ДНК под спиртом это жесть, и при хранении ДНК под спиртом н, уже через полгода хранения 90% ДНК гикается, растворить ее уже практически не возможно (личный печальный опыт принятия банка ДНК ).

а как долго хранится тотал РНК в воде? по методике РНК выделенную разводят в конце водой и хранят на -80 или -20. срок не указан.
нашим РНК уже год.
сделали электрофорез - ни..че..го.. а год назад было. могла ли она разложиться? хранили на -80*С.

3 месяца хранения ДНК длиной 1500 по, в воде при -20, у меня привело к тому что сиквенсы не пошли. А на форезе четкие полоски, после денатурации при +95 в течении 5 минут и быстрого охлаждения во льду, на форезе мазня... для контроля брал свежую ДНК такой же длины, она сохранила яркое свечение, не развалилась, но осталась в лунке (не разогналась форезом)

препарат нечистый, похоже.
депуринизация оснований, вот и валится все после нагрева.
ЗЫ: а вообще, нифига тему подняли! с 10 года

А что о криопротекторах при хранениии кДНК? В одной из "знакомых лабораторий" хранят с добавлением DMSO до 5%, якобы защищает при циклах замораживания-оттаивания. Были ли какие-либо работы с криопротекцией? - добавки, не мешающие ПЦР.

хранить ДНК в присутствии 5% DMSO, можно, и в присутствии спирта, и ПЦР это не мешает
Но лучше в 1хТЕ хранить, в буфере.

А что, буфер тоже предотвращает "неприятности" при многочисленных замораживаниях-оттаиваниях? Мне это недавно пришлось ощутить "на собственной шкуре" - после шести замораживаний-оттаиваний кДНК оказалось, что детектируемая экспрессия некоторых белков снизилась почти вдвое . Остается аликвотить -но объемы микроскопические!

А с криопротекцией есть такие любопытные статьи (правда, для ДНК, а не кДНК ):
Röder B, Frühwirth K, Vogl C, Wagner M, Rossmanith P. Impact of long-term storage on stability of standard DNA for nucleic acid-based methods. J Clin Microbiol. 2010; 48(11):4260-4262.

Schaudien D, Baumgärtner W, Herden C. High preservation of DNA standards diluted in 50 % glycerol. Diag Mol Pathol. 2007:16(3):153-157

Меня вот другой вопрос интересует, насколько стабильны ДНК и РНК в лизирующем буфере (4М гуанидин тиоцианат)? Скажем, если начать процесс экстрации нулеиновых кислот, но не закончить? Можно ли хранить ДНК в лизирующем буфере при комнатной температуре?

ДМСО и глицерин - да помогут - это очевидно и не требует специальных доказательств. Но глицерин именно в этом приложении, почему-то нравится больше. Будем считать, что это на интуитивном уровне. Не требует объяснений и то, что чем чище реагент, тем лучше.

В общем не рекомендую. Денек другой - почти незаметно, неделя - уже плохо, месяц - совсем плохо. При чем в гидрохлориде сохранность лучше чем в тиоцианате.

Это Вы сами такие эксперементы устраивали? Интересно, с какой целью? В смысле, кому такая лабуда могла ещё в голову прийти.

Перевозка и хранение полевого материала

Коллеги, подскажите, пожалуйста, как убрать "неуместную благодарность" - оно, конечно, лишнее спасибо никогда не помешает, но в этом топике я собирался поблагодарить МММ за комментарий о криопротекторах, а в результате рассыпался в "многочисленных благодарностях"...

экономней надо быть. С Вас пол-литра

Вроде никак. У меня не получается

Вот из хелпа:
Поблагодарить дважды нельзя. Отменить свою благодарность — тоже.

- можно "спасибами" .

А долго ли хранится лиофилизированная ДНК? Например, выделенная фенол-хлороформным методом и оставленная без добавления воды/TE на последнем этапе. И как её хранить? При -20 или при комнатной температуре?

Именно "лиофилизированная" - прям вот вымораживание под вакуумом? Вот затейники-то какие пошли, однако.
А вообще кристаллическая ДНК хорошо хранится, но всёж потихоньку окисляется (орг.хим). Можете осадок залить спиртом - вот это уже "на века". Правда, потом большая проблема её растворить. Хранить лучше в холодильнике (физ-кол хим).

dk, пардон "высушенная". Короче, этот осадок после месяца нахождения в холодильнике уже не даёт плюсы при проверке по 16S праймерам, хотя после выделения (отобранная толика, также доведённая до осадка и растворённая в mQ) давала плюсы.

Обычно с кристаллической ДНКой основная проблема - её растворить. У Вас это нормально вышло? Но вот если ДНК деградировала при хранении - то уже ничего не поможет, при этом и концентрацию на НаноДропе каком-нибудь будет показывать (что и понятно). Попробуйте проверить растворение Ваших проб ("поиграйте" с буферами разной ионной силы) и проверьте конц. матрицы в ПЦР. Но вообще выделение ф-х даёт очень чистый продукт, жаль его будет потерять.

Хранится десятки лет при комн. температуре.
http://www.biomatrica.com/

Как обмануть тест днк,при заборе слюны !? Есть какие мысли ?