Всем бодрый день! Немного наврал я с водородными связями (то есть, умолчал о нюансе)- YASARA считает водородные связи с катоффом в 6.25 кДж/моль - это около 2.5-3 ангстрем в зависимости от атомов. Поэтому у меня, например, количество водородных связей, посчитанных в Ясаре, меньше, чем на Protein Interaction Calculator (http://pic.mbu.iisc.ernet.in/). Зато Ясара, в отличие от PIC, выдает энергии по каждой связи и в сумме.
PIC выдает много взаимодействий, в том числе и водородные связи. Катофф у него по расстоянию - 3.5 ангстрем для кислорода и азота, 4 для серы (раздел Criteria).
Не знаю, насколько он точен, но весьма удобен, если нужны не картинки, а списки. считает как внутримолекулярные, так и межмолекулярные взаимодействия в белке. Один расчет занимает около 5 минут, на выходе списки взаимодействий с геометрией без энергетики.
Если кто-нибудь подскажет программу для расчета энергии водородных связей с регулируемым катоффом, буду очень рад