Полная версия страницы  English  

Водородные связи

Albatros, 13.09.2012 20:11
Всем доброго времени суток!
Подскажите, пожалуйста, программу, которая считает водородные связи в pdb файлах и указывает между какими остатками образуются данные связи.
Заранее спасибо!
Nastja, 14.09.2012 06:24
Попробуйте PyMOL, вот тут есть скрипт, который вроде бы делает то, что нужно: http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/work/pymol/
Mike Shelk, 14.09.2012 18:56
UCSF Chimera, в ней есть встроенная функция, выдающая список водородных связей (Tools->Structure Analysis->FindHBond)
AzAbd, 31.10.2012 15:29
Всем бодрый день! Немного наврал я с водородными связями (то есть, умолчал о нюансе)- YASARA считает водородные связи с катоффом в 6.25 кДж/моль - это около 2.5-3 ангстрем в зависимости от атомов. Поэтому у меня, например, количество водородных связей, посчитанных в Ясаре, меньше, чем на Protein Interaction Calculator (http://pic.mbu.iisc.ernet.in/). Зато Ясара, в отличие от PIC, выдает энергии по каждой связи и в сумме.
PIC выдает много взаимодействий, в том числе и водородные связи. Катофф у него по расстоянию - 3.5 ангстрем для кислорода и азота, 4 для серы (раздел Criteria).
Не знаю, насколько он точен, но весьма удобен, если нужны не картинки, а списки. считает как внутримолекулярные, так и межмолекулярные взаимодействия в белке. Один расчет занимает около 5 минут, на выходе списки взаимодействий с геометрией без энергетики.
Если кто-нибудь подскажет программу для расчета энергии водородных связей с регулируемым катоффом, буду очень радsmile.gif
Nastja, 31.10.2012 17:37
Да вот же как раз в PyMol все настраивается, и cutoff и угол, вот скрипт:
http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/.../list_hbonds.py
AzAbd, 31.10.2012 19:24
Большое спасибо! Раньше у меня ссылка не открывалась. Урррра, заработало!
Nik-AD, 01.11.2012 09:23
Если быстро глянуть контакты + водородные связи, то поможет сервер PISA http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html
Nik-AD, 01.11.2012 14:25
(AzAbd @ 19.09.2012 17:46)
Ссылка на исходное сообщение  отмечусь-ка и я: YASARA View - www.yasara.org. Из гуя делается так: Edit - Add hydrogens to: All, затем Analyze - HBonds between - Molecule, и выбрать молекулы 1 и 2 (если нужны внутримолекулярные, то молекула 1 и молекула 2 - соответсвенно одна и та же молекула). Также есть консольные команды ListHBo, CountHBo, первая их перечисляет и указывает остатки, а вторая просто считает - в мануале все есть.

Скачал YASARA View. Попробовал. Не работает. Требует версию YASARA Model за 110 евро.
Мелочь, конечно...
AzAbd, 01.11.2012 17:50
Ой... ошибся, это действительно фича YASARA Model и выше. Тянет на фол... Если нужна YASARA Model, пишите в личные сообщения, могу поделиться.
dmitryturin, 27.10.2014 17:18
а кто что вообще из списка
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_molec...raphics_systems
использует?
Felix Stenio, 17.11.2014 17:15
В Swiss PDB Viewer
guest: great , 31.10.2018 18:30
Much obliged to you for setting aside an ideal opportunity to distribute this data extremely valuable!
http://paydaysolobest.com
guest: 123 , 31.05.2022 09:11
SINCE LAUNCHING AMB CASINO HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL COUNTRIES RADICALLY 123VEGA TRANSFORMING THEIR ALLBET FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต LONGER THE CONFLICT CANDY BURST GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ARE OF DIVISIONS.
guest: 123 , 08.06.2022 12:46
South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.
guest: 123 , 09.06.2022 09:35
Elon Musk has 123VEGA threatened to เกมสล็อต walk away from his JOKER GAMING $44bn takeover DREAMGAMING of Twitter, accusing เล่นสล็อต the social media company of "thwarting" his 11HILO requests to learn AMB CASINO more about its user base. In a letter filed FC SLOT with regulators, Mr Musk 88KTC said he was entitled 123GOAL to do his own measurement of spam accounts.
guest: 123 , 11.06.2022 10:34
Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.