Люди!!!
Кто знает, где в России можно купить капиллярный сиквенатор?
Спасибо
 
| |
[ Вход | Регистрация ]
|
Sequencer
Anonymous, 04.09.2001 15:30
Anonymous, 08.09.2001 17:39
Так у тех кто их делает!
В Москве еще с застойных времен есть представитель Perkin-Elmer. С тех пор как они купили ABI - продают и сиквинаторы. Beckman, Amersham-Pharmacia (Molecular Dynamics)... Все они там есть.
А вам именно капиллярный нужен? Можно поинтересоваться, зачем?
Они вообще-то разные бывают и стоят ...И эксплуотация соответственно.
Я думаю, Вам было бы интересно пообщаться с людьми, которые подобным оборудованием пользуются.
Интересно, есть тут такие?
Я присутствовал при установке - пуске ABI PRISM® 310. Надо сказать, что ента штуковина мне не шибко понравилась.
В Москве еще с застойных времен есть представитель Perkin-Elmer. С тех пор как они купили ABI - продают и сиквинаторы. Beckman, Amersham-Pharmacia (Molecular Dynamics)... Все они там есть.
А вам именно капиллярный нужен? Можно поинтересоваться, зачем?
Они вообще-то разные бывают и стоят ...И эксплуотация соответственно.
Я думаю, Вам было бы интересно пообщаться с людьми, которые подобным оборудованием пользуются.
Интересно, есть тут такие?
Я присутствовал при установке - пуске ABI PRISM® 310. Надо сказать, что ента штуковина мне не шибко понравилась.
Anonymous, 11.09.2001 10:09
А чем же Вам так не угодил капиллярный? Да, дорого, но как говорят люди пользующие сию технику за бугром, штука удобная.
Anonymous, 14.09.2001 13:59
ABI 310 штука удобная, но для исключительно камерного использования. При желании, конечно, можно и 96-луночный планшет обслужить, но времени на это уйдет ого-го. А так, 1-2-3 образца замечательно прогоняются. Быстро, без предварительного геморроя, связанного с подготовкой стекол и геля для э/ф.
Звоните в Эпплай Биосистемс (Москва): 935-88-98
Звоните в Эпплай Биосистемс (Москва): 935-88-98
Anonymous, 14.09.2001 17:22
Вот именно, тем и не угодил, и не только...
люди пользующие сию технику за бугром Что именно пользуют? И для чего?
Я только ABI 310 видел.
То, что он сам наносит это прикольно, но вот цикл: перезагрузка геля-предфорез-калибровка-нанесение - 1 час, если мне не изменяет память. Сиквенс - 3-4 часа? Давно зто было, не помню уж...
Гель (матрица) более недели (?) в шприце (на приборе) стоять не должен
А его там много и на перезагрузку и заполнение магистралей много уходит. Стоит он не слабо.
Софт - не очень.
Performance - reading accuracy - не очень.
Коротче, эта машина должна работать круглосуточно и без выходных. Тогда это будет экономически "выгодно", но особой "производительности" не будет.
Касательно "нормальных" лазерных сиквинаторов:
Мне приходилось пользоваться одной из первых моделей ABI, Pharmacia ALF и Li-Cor.
Li-Cor - много лучше.
люди пользующие сию технику за бугром Что именно пользуют? И для чего?
Я только ABI 310 видел.
То, что он сам наносит это прикольно, но вот цикл: перезагрузка геля-предфорез-калибровка-нанесение - 1 час, если мне не изменяет память. Сиквенс - 3-4 часа? Давно зто было, не помню уж...
Гель (матрица) более недели (?) в шприце (на приборе) стоять не должен
А его там много и на перезагрузку и заполнение магистралей много уходит. Стоит он не слабо.
Софт - не очень.
Performance - reading accuracy - не очень.
Коротче, эта машина должна работать круглосуточно и без выходных. Тогда это будет экономически "выгодно", но особой "производительности" не будет.
Касательно "нормальных" лазерных сиквинаторов:
Мне приходилось пользоваться одной из первых моделей ABI, Pharmacia ALF и Li-Cor.
Li-Cor - много лучше.
Anonymous, 17.09.2001 10:36
да, согласна, что такую штуку нужно онять круглосуточно и без выходных. Это был один из вариантов - гелевый или капиллярный. Но сорока на хвосте принесла, что якобы гелевые чуть ли не снимают с производства и реактивов скоро будет не сыскать....
Anonymous, 17.09.2001 12:47
А, собственно, чем реактивы для капиллярника отличаются от "гелевого"? Для самой реакции все одно и тоже (секвеназа, dntp, ddntp, primers, buffers), а для геля можно найти разные варианты - посмотреть патенты или спросить у людей:=). К тому же есть подозрение, что обслуживание капиллярника обойдется дороже, например, придется работать только с фирменным полимером (наполнитель капилляров), Фирменными китами (у Эпплайда это не так уж дешево,- какой нибудь BigDye Terminator Sequencing Kit стоит около штуки). Аесли в приборе стоимостью в 200 с лишним штук баксов накроется маленькая х...фитюлька и ваши 96 проб останутся девственными еще долго?:-)
Резюме.
Есть (и будут) деньги и большой объем работы -> ABI Призма.
ИНАЧЕ ->LI-Cor or ALF.
PS
Кстати у нас в институте стоят два амершама по 40 ячеек, но интенсивной работы на них я что-то не наблюдаю.
Резюме.
Есть (и будут) деньги и большой объем работы -> ABI Призма.
ИНАЧЕ ->LI-Cor or ALF.
PS
Кстати у нас в институте стоят два амершама по 40 ячеек, но интенсивной работы на них я что-то не наблюдаю.
Anonymous, 17.09.2001 15:24
По 310: "калибровка&промывка" примерно 40 минут, "прогон" примерно 40 минут.
По реактивам: для 377 и 310 используются одни и те же флуоресцентные метки, один и тот же способ детекции. Разница только в "механической" части. Т.е. бояться "снятия с производства" не стоит.
По ценам:
обслуживание 310 будет несколько дороже 377, а вот цена ремонта и в том и в другом случае будет заоблочной. Покупайте 373 - там менять нужно только аргоновый лазер, все остальное можно починить своими руками с привлечением подручных средств и материалов
И напоследок:
существенным преимуществом капилярного секвенатора 310 является то, что, во-первых, один и тот же образец можно прогнать несколько раз, изменяя параметры прогона и добиваясь оптимального результата, а во-вторых, в случае каких-либо сбоев в автоматике ВСЕ образцы не пропадают, как это иногда случается на секвенаторах типа 370-377.
Best regards, ARTEMBoudilov
По реактивам: для 377 и 310 используются одни и те же флуоресцентные метки, один и тот же способ детекции. Разница только в "механической" части. Т.е. бояться "снятия с производства" не стоит.
По ценам:
обслуживание 310 будет несколько дороже 377, а вот цена ремонта и в том и в другом случае будет заоблочной. Покупайте 373 - там менять нужно только аргоновый лазер, все остальное можно починить своими руками с привлечением подручных средств и материалов
И напоследок:
существенным преимуществом капилярного секвенатора 310 является то, что, во-первых, один и тот же образец можно прогнать несколько раз, изменяя параметры прогона и добиваясь оптимального результата, а во-вторых, в случае каких-либо сбоев в автоматике ВСЕ образцы не пропадают, как это иногда случается на секвенаторах типа 370-377.
Best regards, ARTEMBoudilov
Anonymous, 21.09.2001 16:40
To artemboudilov
>По 310: "калибровка&промывка" примерно 40 минут, "прогон" примерно 40
>минут.
Это, видимо, из последних инноваций? А сколько нуклеотидов читается за 40 минут?
>существенным преимуществом капилярного секвенатора 310 является
Зачем гонять один и тот же сиквинс несколько раэ?
Собственно, объем реакции + краска обычно 7 - 10 мкл (APBiotech, thermo sequenase cycle sequensing kit). На LiCor я гружу 1-1.5 мкл. Таким образом, одной реакции хватит по-крайней мере на 5 нанесений. Случается, что надо погнать еще раз - пузырь коварно в гель вскочит или сорина какая ... А какого " оптимального результата" следует добиваться на капиллярном? Что с ним не так?
Я то думал, ABI377 это штуковина на подобии LiCor и иже с ним, а там оказывается есть автоматика от которой могут пропасть 96 образцов! Вот куда зашел прогресс!
>По 310: "калибровка&промывка" примерно 40 минут, "прогон" примерно 40
>минут.
Это, видимо, из последних инноваций? А сколько нуклеотидов читается за 40 минут?
>существенным преимуществом капилярного секвенатора 310 является
Зачем гонять один и тот же сиквинс несколько раэ?
Собственно, объем реакции + краска обычно 7 - 10 мкл (APBiotech, thermo sequenase cycle sequensing kit). На LiCor я гружу 1-1.5 мкл. Таким образом, одной реакции хватит по-крайней мере на 5 нанесений. Случается, что надо погнать еще раз - пузырь коварно в гель вскочит или сорина какая ... А какого " оптимального результата" следует добиваться на капиллярном? Что с ним не так?
Я то думал, ABI377 это штуковина на подобии LiCor и иже с ним, а там оказывается есть автоматика от которой могут пропасть 96 образцов! Вот куда зашел прогресс!
Anonymous, 21.09.2001 18:35
2 VLAD2
>А сколько нуклеотидов читается за 40 минут?
+++++ Точнее, прибор на котором я работал был "оптимизирован" под 36 минут. За это время читалось порядка 550 нуклеотидов.
>Зачем гонять один и тот же сиквинс несколько раэ?
+++++
Очевидно, что качество сигнала при сканировании зависит от совокупности факторов, среди которых: размер амплифицируемого фрагмента, его суммарное количество (по молям), число циклов и т.д.
Иногда, в силу разных обстоятельств данной информацией пренебрегают. Я, например, сталкивался с необходимостью увеличивать/ уменьшать время "вгонки" образца в гель, что, согласитесь, много проще, чем переставлять реакцию заново.
>Собственно, объем реакции + краска обычно >7 - 10 мкл
+++++
Пассаж остался не понятым. Что есть что?
>Я то думал, ABI377 это штуковина на подобии >LiCor и иже с ним, а там оказывается есть >автоматика от которой могут пропасть 96 >образцов! Вот куда зашел прогресс!
+++++
Сарказм Ваш мне также не понятен. Во-первых, я представления не имею о LiCor (к сожалению), а во-вторых могу привести 1000 и один пример, когда нанесенные образцы пропадали из-за совершенно банальных и не только ситуаций на "гелевых" приборах фирмы ABI.
З.Ы. Не знаю, какие красители использует LiCor, но ABI не рекомендует мариновать свои ROX, TAMRA, JOE и FAM в формамиде больше недели. И они правы.
>А сколько нуклеотидов читается за 40 минут?
+++++ Точнее, прибор на котором я работал был "оптимизирован" под 36 минут. За это время читалось порядка 550 нуклеотидов.
>Зачем гонять один и тот же сиквинс несколько раэ?
+++++
Очевидно, что качество сигнала при сканировании зависит от совокупности факторов, среди которых: размер амплифицируемого фрагмента, его суммарное количество (по молям), число циклов и т.д.
Иногда, в силу разных обстоятельств данной информацией пренебрегают. Я, например, сталкивался с необходимостью увеличивать/ уменьшать время "вгонки" образца в гель, что, согласитесь, много проще, чем переставлять реакцию заново.
>Собственно, объем реакции + краска обычно >7 - 10 мкл
+++++
Пассаж остался не понятым. Что есть что?
>Я то думал, ABI377 это штуковина на подобии >LiCor и иже с ним, а там оказывается есть >автоматика от которой могут пропасть 96 >образцов! Вот куда зашел прогресс!
+++++
Сарказм Ваш мне также не понятен. Во-первых, я представления не имею о LiCor (к сожалению), а во-вторых могу привести 1000 и один пример, когда нанесенные образцы пропадали из-за совершенно банальных и не только ситуаций на "гелевых" приборах фирмы ABI.
З.Ы. Не знаю, какие красители использует LiCor, но ABI не рекомендует мариновать свои ROX, TAMRA, JOE и FAM в формамиде больше недели. И они правы.
Anonymous, 24.09.2001 19:32
To artemboudilov
У меня складывается впечатление, что мы говорим о разных вещах.
Я о сиквинсе, т.е. об определении нуклеотидной последовательности ДНК. А вы о чем?
>Пассаж остался не понятым. Что есть что?
реакция - sequencing reaction - то что наносится (грузится, loading) на гель.
краска - формамидная краска - loading buffer.
Если с гелем или прибором чего не так, то мои реакции не пропадают, можно нанестись еще несколько раз.
А вы что, наносите всю реакцию на ABI377?
>+++++ Точнее, прибор на котором я работал был "оптимизирован" под
>36 минут. За это время читалось порядка 550 нуклеотидов.
Это очень интересно.
И того у вас выходит 1 час 20 мин (1,3 часа) на цикл.
На сайте Applied Biosystems представлена следующая информация:
http://www.appliedbiosystems.com/products/...tions.cfm?ID=39
ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer
Specifications
Performance / Throughput
Standard-Mode Throughput
90,720 basecalls/day (9 runs x 16 capillaries x 630 base calls per capillary)
>>>2,66 hour per run
Rapid-Mode Throughput
184,320 basecalls/day (24 runs x 16 capillaries x 480 basecalls per capillary)
>>>1 hour per run
-------------------
http://www.appliedbiosystems.com/products/...tions.cfm?ID=38
ABI PRISM® 310 Genetic Analyzer
Specifications
Performance / Throughput
Standard-Mode Throughput
5,220 basecalls (9 runs x 580 basecalls per run)
>>>2,66 hour per run
Rapid-Mode Throughput
9120 basecalls (24 runs x 380 basecalls per run)
>>>1 hour per run
К чему бы это? В рекламных целях?
Да и я хорошо помню, что на ABI 310 сиквенс занимает более 2 часов.
Так какая автоматика может отказать на ABI370-377?
У меня складывается впечатление, что мы говорим о разных вещах.
Я о сиквинсе, т.е. об определении нуклеотидной последовательности ДНК. А вы о чем?
>Пассаж остался не понятым. Что есть что?
реакция - sequencing reaction - то что наносится (грузится, loading) на гель.
краска - формамидная краска - loading buffer.
Если с гелем или прибором чего не так, то мои реакции не пропадают, можно нанестись еще несколько раз.
А вы что, наносите всю реакцию на ABI377?
>+++++ Точнее, прибор на котором я работал был "оптимизирован" под
>36 минут. За это время читалось порядка 550 нуклеотидов.
Это очень интересно.
И того у вас выходит 1 час 20 мин (1,3 часа) на цикл.
На сайте Applied Biosystems представлена следующая информация:
http://www.appliedbiosystems.com/products/...tions.cfm?ID=39
ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer
Specifications
Performance / Throughput
Standard-Mode Throughput
90,720 basecalls/day (9 runs x 16 capillaries x 630 base calls per capillary)
>>>2,66 hour per run
Rapid-Mode Throughput
184,320 basecalls/day (24 runs x 16 capillaries x 480 basecalls per capillary)
>>>1 hour per run
-------------------
http://www.appliedbiosystems.com/products/...tions.cfm?ID=38
ABI PRISM® 310 Genetic Analyzer
Specifications
Performance / Throughput
Standard-Mode Throughput
5,220 basecalls (9 runs x 580 basecalls per run)
>>>2,66 hour per run
Rapid-Mode Throughput
9120 basecalls (24 runs x 380 basecalls per run)
>>>1 hour per run
К чему бы это? В рекламных целях?
Да и я хорошо помню, что на ABI 310 сиквенс занимает более 2 часов.
Так какая автоматика может отказать на ABI370-377?
Anonymous, 25.09.2001 12:36
To VLAD2
>Я о сиквинсе, т.е. об определении нуклеотидной последовательности ДНК. А вы о чем?
++++А я о сиквенсе, т.е. об определении нуклеотидной последовательности ДНК.
>Если с гелем или прибором чего не так, то мои реакции не пропадают, можно нанестись еще несколько раз.А вы что, наносите всю реакцию на ABI377?
+++++Да, в мануале на 373ABI не предусмотрена возможность повторного нанесения образцов. Что растворяют, то и наносят. Суммарный объем буфера для нанесения, который добавляется к "сухой" реакции: 2 - 4 мкл в зависимости от объема лунки. Хотя, согласен, что это не умно. Однако ж, как показывает практика, оправдано, т.к. (и я уже писал об этом выше)метки от ABI довольно быстро разрушаются.
>Так какая автоматика может отказать на ABI370-377?
++++++В корневом сообщении слово "автоматика" было обобщающим. Если нужны примеры, их есть у меня: блок питания лазера, фотоумножитель, сам аргоновый лазер CYONICS, повисший компьютер, клин в системе, отвечающей за передвижение оптического блока вдоль геля, простой перепад напряжения в сети. Достаточно?
Это все касается 373-го с десятилетним стажем работы. Сомневаюсь, что у 377-го начинка "ломучих" узлов кардинально отличается от 373-го (но внутрь не заглядывал, поэтому не ручаюсь). Да, а 370-му вообще рекомендовали делать апгрейд из-за недостаточной надежности.
Best regards, ARTEMBoudilov
>Я о сиквинсе, т.е. об определении нуклеотидной последовательности ДНК. А вы о чем?
++++А я о сиквенсе, т.е. об определении нуклеотидной последовательности ДНК.
>Если с гелем или прибором чего не так, то мои реакции не пропадают, можно нанестись еще несколько раз.А вы что, наносите всю реакцию на ABI377?
+++++Да, в мануале на 373ABI не предусмотрена возможность повторного нанесения образцов. Что растворяют, то и наносят. Суммарный объем буфера для нанесения, который добавляется к "сухой" реакции: 2 - 4 мкл в зависимости от объема лунки. Хотя, согласен, что это не умно. Однако ж, как показывает практика, оправдано, т.к. (и я уже писал об этом выше)метки от ABI довольно быстро разрушаются.
>Так какая автоматика может отказать на ABI370-377?
++++++В корневом сообщении слово "автоматика" было обобщающим. Если нужны примеры, их есть у меня: блок питания лазера, фотоумножитель, сам аргоновый лазер CYONICS, повисший компьютер, клин в системе, отвечающей за передвижение оптического блока вдоль геля, простой перепад напряжения в сети. Достаточно?
Это все касается 373-го с десятилетним стажем работы. Сомневаюсь, что у 377-го начинка "ломучих" узлов кардинально отличается от 373-го (но внутрь не заглядывал, поэтому не ручаюсь). Да, а 370-му вообще рекомендовали делать апгрейд из-за недостаточной надежности.
Best regards, ARTEMBoudilov
Anonymous, 25.09.2001 15:45
To artemboudilov
>В корневом сообщении слово "автоматика" было обобщающим
Что ж вы людей пугаете такими обобщениями!
>Однако ж, как показывает практика, оправдано, т.к. (и я уже писал об этом выше)
>метки от ABI довольно быстро разрушаются.
За неделю можно погнать семь гелей.
> качество сигнала при сканировании зависит от совокупности
> факторов, среди которых: размер амплифицируемого фрагмента,
> его суммарное количество (по молям), число циклов и т.д.
А это о чем?
>Что растворяют, то и наносят.
Какой кит вы используете?
Однако вы меня заинтриговали, на каком капилляре вам удалось прочесть 550 нуклеотидов за 36 минут?
>В корневом сообщении слово "автоматика" было обобщающим
Что ж вы людей пугаете такими обобщениями!
>Однако ж, как показывает практика, оправдано, т.к. (и я уже писал об этом выше)
>метки от ABI довольно быстро разрушаются.
За неделю можно погнать семь гелей.
> качество сигнала при сканировании зависит от совокупности
> факторов, среди которых: размер амплифицируемого фрагмента,
> его суммарное количество (по молям), число циклов и т.д.
А это о чем?
>Что растворяют, то и наносят.
Какой кит вы используете?
Однако вы меня заинтриговали, на каком капилляре вам удалось прочесть 550 нуклеотидов за 36 минут?
Anonymous, 25.09.2001 18:02
2VLAD
Ответил почтой.
Ответил почтой.
Anonymous, 25.09.2001 19:22
Sorry, it is not my real e-mail address.
Anonymous, 26.09.2001 13:50
2VLAD2
Не хочется перегружать конференцию этим, в общем то, бесполезным флеймом. Если есть интерес к продолжению дискуссии - мой емаил реальный.
seqmap@genome.eimb.relarn.ru
Не хочется перегружать конференцию этим, в общем то, бесполезным флеймом. Если есть интерес к продолжению дискуссии - мой емаил реальный.
seqmap@genome.eimb.relarn.ru
Anonymous, 26.09.2001 21:50
>Не хочется перегружать конференцию этим, в общем то, бесполезным
>флеймом.
А это от вас зависит.
Капиллярные сиквинаторы хорошо "поддаются" автоматизации и это, на мой взгляд, их единственное преимущество. По этому крупные фирмы их и используют. Не так давно некая MWG-Biotech AG которая имеет лабораторию под Мюнхеном заменила свои LiCor на ABI PRISM® 3100 (а LiCor-ы они сейчас продают за пол цены) Выглядит их лаборатория весьма прикольно - ряды сиквинаторов, роботы, людей не видно.
Однако конкурировать с "нормальными" капиллярные могут начиная с четырех капилляров. По тому ABI PRISM 310 штука крайне странная. У нас в соседнем здании такая есть, так они ней практически не пользутся, гоняют на трех "нормальных".
Вот тут было сообщение, что сиквинаторами не пользуються (by yurik kuzn написано 17-09-2001 12:47 MSK)
А ведь штука это весьма удобная. В чем проблема? Кита нет? Можно намешать терминаторы самостоятельно а полимеразу (типа KlenTherm) купить отдельно отечественную...Праймер меченый и вперед....
ЗЫ Разведка донесла, что некоторые особо продвинутые пользователи LiCor на длинных стеклах юзают гель с ПЭГом... Не пробовал пока. Вот градиент по буферу употребляю...
>флеймом.
А это от вас зависит.
Капиллярные сиквинаторы хорошо "поддаются" автоматизации и это, на мой взгляд, их единственное преимущество. По этому крупные фирмы их и используют. Не так давно некая MWG-Biotech AG которая имеет лабораторию под Мюнхеном заменила свои LiCor на ABI PRISM® 3100 (а LiCor-ы они сейчас продают за пол цены) Выглядит их лаборатория весьма прикольно - ряды сиквинаторов, роботы, людей не видно.
Однако конкурировать с "нормальными" капиллярные могут начиная с четырех капилляров. По тому ABI PRISM 310 штука крайне странная. У нас в соседнем здании такая есть, так они ней практически не пользутся, гоняют на трех "нормальных".
Вот тут было сообщение, что сиквинаторами не пользуються (by yurik kuzn написано 17-09-2001 12:47 MSK)
А ведь штука это весьма удобная. В чем проблема? Кита нет? Можно намешать терминаторы самостоятельно а полимеразу (типа KlenTherm) купить отдельно отечественную...Праймер меченый и вперед....
ЗЫ Разведка донесла, что некоторые особо продвинутые пользователи LiCor на длинных стеклах юзают гель с ПЭГом... Не пробовал пока. Вот градиент по буферу употребляю...
moonlife447, 24.09.2022 13:18
F1 Renovations is one of the leading renovation companies all over the UK. We provide painting and decorating services, including all types of decoration like house renovation, kitchen renovation, bathroom renovation, tiling, flooring, etc. We provide quality service at cheap rates.
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
Ufa1688, 28.09.2022 11:57
On the network’s flagship evening newscast, Xi was shown wearing a face mask and viewing the displays at the Beijing Exhibition Hall where photos of himself featured heavily. He was accompanied by Premier Li Keqiang and other top leaders, including all members of the party’s supreme Politburo Standing Committee.
Это — лёгкая версия форума. Чтобы попасть на полную, щелкните здесь.