Уважаемые гуру!

Наткнулся я на некую странность из области молекулярной биологии.
Поясните глубину моих заблуждений.

Речь пойдет о генетическом коде и мутациях. Итак:

Одна и таже аминокислота может быть закодирована в ДНК несколькими
различными триплетами. Например: триплеты GGC, GGT, GGA, GGG кодируют
одну и туже аминокислоту, назовем таковые эквивалентными.

Значит мутация приводящая к замене одного триплета на другой ему
эквивалентный никак не влияет на организм (все белки остаются теми же).

Такие мутации не вредны и должны накапливаться, следовательно частота
встречаемости эквивалентных триплетов в геномах должна быть примерно одинаковой.

Я проверил несколько геномов. Проверка дала иную картину. Эквивалентные
триплеты встречаются с разной частотой. Странно все это. Может исходная
посылка не верна? Может эквивалентные триплеты кодируют одну
аминокислоту, но разные ее изомеры (или разное размещение ее в белке)???

Дело тут в четырёх (как минимум) причинах:
1. ДНК не намотано на гистоны случайным образом, что создаёт некую "обязательнсть" в последовательности кодонов.
2. Механизмы репарации ДНК у разных организмов могут иметь различное сродство к разным нуклеотдам и в случии мутации заменять, например, G на А с большей частотой, чем Т на С.
3. Кодирующие регионы могут иметь регуляторные функции, где каждый нуклеотид имеет значение.
4. ДНК более богатая парами CG имеет большую термическую устойчивость, что может быть связано со средой обитания организма.
В связи с причинами 1 и 4 обратите внимание, что любой кодон который не один как для метионина и триптофана, может быть заменёнт так, что возрастёт или умешится процент пар CG.

To AiAi и Chromocenter:
Почитайте про индекс использования кодонов у разных организмов.

To Chromocenter:

>> 1. ДНК не намотано на гистоны случайным образом, что создаёт
>> некую "обязательнсть" в последовательности кодонов.

Эквивалентные кодоны распределены в генах с хорошей точностью равномерно,
посему неслучайность намотки не должна влиять на вероятности появления
различных эквивалентных кодонов.

>> 2. Механизмы репарации ДНК у разных организмов могут иметь различное
>> сродство к разным нуклеотдам и в случии мутации заменять, например,
>> G на А с большей частотой, чем Т на С.

Хороший аргумент. Сразу возникла мысль найти пару эквивалентных кодонов,
которые могут быть получены друг из друга простой перестановкой нуклеотидов,
и сравнить частоты их появления в геноме. Замечательно, что ни одной такой
пары мне подобрать не удалось. Похоже, отсутствие таких пар - фундаментальное свойство ген.кода.

>> 3. Кодирующие регионы могут иметь регуляторные функции, где каждый
>> нуклеотид имеет значение.

Я проводил подсчет вероятностей только по генам.

>> 4. ДНК более богатая парами CG имеет большую термическую устойчивость,
>> что может быть связано со средой обитания организма.

Интересная мысль. Вечерком попробую посчитать CG пары. Завтра напишу
результат.

To Aks:

>> Почитайте про индекс использования кодонов у разных организмов.

С удовольствием почитаю, вот только где?
Облагодетельствуйте ссылочками, пожалуйста.

Интересная проблема. Причин может быть много, но мне кажется, объяснение связано с tRNA. Дело в том, что видов tRNA в клетке меньше, чем кодонов. Т.е. некоторые кодоны полностью комплементарны триплетам имеющейся tRNA, а некоторые не комплементарны по последнему нуклеотиду. Из-за этого кодоны разделяются на легко транслируемые и транслируемые, но с заморочками, причём степень этих заморочек зависит от термодинамических параметров триплетных мисматчей. Отсюда и проистекает странность, обнаруженная автором этого топика.

Для всех страждущих почитать про кодоны:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...l=pubmed_DocSum

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.f...l=pubmed_DocSum

"Эквивалентные кодоны распределены в генах с хорошей точностью равномерно,
посему неслучайность намотки не должна влиять на вероятности появления
различных эквивалентных кодонов."
Мысль понял, но имел в виду несколько другое: в гистонах с одной стороны ак будто есть предпочтение CG, а с другой - AT, поэтому процент эквивалентных кодонов в разных частях генома будет одинаковы, но вот последователности - нет, то если есть кодон А, то после него В и С будут иметь разные вероятности встречи.
">> 3. Кодирующие регионы могут иметь регуляторные функции, где каждый
>> нуклеотид имеет значение.

Я проводил подсчет вероятностей только по генам."
Ну а я о чём? Может же быть внутри экзона последовательность, связывающая какой-нибудь фактор транскрипции?

"Сразу возникла мысль найти пару эквивалентных кодонов,
которые могут быть получены друг из друга простой перестановкой нуклеотидов,
и сравнить частоты их появления в геноме. Замечательно, что ни одной такой
пары мне подобрать не удалось"
А вот это не очень понял: ведь есть масса кодонов, которые отличаюся друг от друга только по третьему нуклеотиду. Меняйте его сколько хотите. Что же вы имели в виду?

"Из-за этого кодоны разделяются на легко транслируемые и транслируемые, но с заморочками, причём степень этих заморочек зависит от термодинамических параметров триплетных мисматчей"
Т. е. организмы в процессе эволюции "скатываются" в сторону использования тех кодонов, которые мисмачей не имеют и остаются там? А тогда как быть с мутациями в этих самых "опознающих" кодонах tRNA?

To Chromocenter:


>> 2. Механизмы репарации ДНК у разных организмов могут иметь различное
>> сродство к разным нуклеотдам и в случии мутации заменять, например,
>> G на А с большей частотой, чем Т на С.

>>> Хороший аргумент. Сразу возникла мысль найти пару эквивалентных кодонов,
>>> которые могут быть получены друг из друга простой перестановкой нуклеотидов,
>>> и сравнить частоты их появления в геноме. Замечательно, что ни одной такой
>>> пары мне подобрать не удалось. Похоже, отсутствие таких пар - фундаментальное свойство ген.кода.

>>>> А вот это не очень понял: ведь есть масса кодонов, которые отличаюся друг
>>>> от друга только по третьему нуклеотиду. Меняйте его сколько хотите.
>>>> Что же вы имели в виду?

Я о том, как проверить Вашу идею о влияниии "сродства к разным нуклеотдам".
Если бы удалось подобрать два эквивалентных кодона, таких, что их
нуклеотидный состав был бы одинаков (различие лишь в порядке следования
нуклеотидов). Например, если бы AAC и ACA кодировали бы одну и ту же
аминокислоту, то они имели бы и одинаковое "сродство", и должны были бы
встречаться с одинаковой вероятностью. Увы, таких пар мне найти не удалось.

To genseq:

> Причин может быть много, но мне кажется, объяснение связано с tRNA...

Следует ли из этого предположения, что относительные частоты встречаемости
еквивалентных кодонов должны быть одинаковы у всех организмов имеющих сходную tRNA.
Например, если в генах человека GGC встречается, скажем, вдвое чаще, чем GGT, то и в генах мыши GGC встречается вдвое чаще, чем GGT?

А про изоакцепторные тРНК вы не забыли?
А про избыточность генов тРНК и про массу модификаций встречающихся в тРНК, в том числе и в антикодоне?

To All: Товарищи мудрецы, может быть ваша дискуссия станет немного проще если вспомнить (это ведь, вообще, давно уже изучается), что частоты использования синонимичных кодонов действительно различаются у разных организмов. Что мерой использования разных кодов служит, в частности, CAI (codon adaptation index), определяют который в основном по сильноэкспрессирующимся генам. Что этот же CAI (вкупе с другими методами) служит и мерой определения чужеродности определенных последовательностей (имеется ввиду латеральный перенос).

Связаны эти различия с различиями в соотношении определенных аа-тРНК в пуле используемых аа-тРНК у разных организмов, что имеет свои регуляторные последствия.
Да, ну и GC-составом геномов это тоже понятно как связано.

"Связаны эти различия с различиями в соотношении определенных аа-тРНК в пуле используемых аа-тРНК у разных организмов, что имеет свои регуляторные последствия."
А мы этого не отрицали, только это, видимо, одна из причин, но в связи с ней возникает вопрос: а что же определяет это соотношение тРНК?

To Chromocenter:

Считать ничего не пришлось. Все уже посчитано. См. сайт:
http://www.kazusa.or.jp/codon/

To ALL:

Выкладываю несколько статей "в тему". До начала следующей недели они будут лежать по адресу:
http://www.telega.ru/genom/

Эх, студень ныне любопытный дюже пошел. А в учебник (самый тоненький даже по теме) глянуть лень было, прежде чем геномы проверять?

Точняк Нобеля получите, только не за это...
Такая мысль уже приходила в головы тех, кто полвека назад занимался генетическим кодом. Успешно приходила...
Прочитайте таки учебник, хоть бы Спиринский, иили Льюина Гены. Моге после этого все текущие проблемы зараз рассосутся

To AiAi:

Совершенно верно. У близкородственных (млекопитающие) организмов набор tRNA должен быть идентичен. Соответственно, сходными должны быть и соотношения синонимичных кодонов.
У прокариот наборы tRNA отличаются довольно сильно. У меня есть программа, составляющая выборки генов из крупных записей. Если такие выборки составляются из записей полных бактериальных геномов, то получается довольно интересная картина. Я даже строил выравнивания последовательностей tRNA из этих выборок и составлял списки антикодоновых триплетов для различных бактерий. Получил много интересной пищи для размышлений, но это сильно отвлекало от моей основной сверхзадачи и пришлось от этой "пищи" отказаться. Очень рад, что Вас интересуют подобные проблемы.

Не обращайте внимания на советчиков, ограничившихся чтением Льюина. В целом там всё правильно, но не очень глубоко.

То А:
Нобелевскую? Хм, а зачем мне вторая?

Увы, учебники стыдливо обходят вопрос поставленый Chromocenter: "Что же определяет это соотношение тРНК?"

Икемура и другие говорят о неком эволюционно-оптимальном выборе кодонов.
Предположим, что такой набор для данного организма существует.
Тогда почему же этот организм не использует следующую оптимальную стратегию:
1. только один оптимальный кодон используется для кодирования данной аминокислоты,
т.е. используется не весь ген.код, а только его "оптимальное" подмножество;
2. точечные мутации ДНК, приводящие к замене оптимального кодона,
на эквивалентный ему неоптимальный кодон, исправляются средствами репарации ДНК.

Такая стратегия позволяет организму не только быть "оптимальным", но и еще съэкономить на синтезе тРНК.

Поскольку таковой стратегии не наблюдается в природе, приходим к выводу, что за избыточностью ген.кода стоит что-то еще.

Про ваши стратегии:
1) Так это почти и происходит в случае сильноэкспрессирущихся генов.
2) А вы слышали о такой вещи как амелиорация????


"за избыточностью ген.кода стоит что-то еще" - неоднозначность, амбивалентность и поливариантность

Вот это "почти" и удивляет. Тем более, что оно на уровне 20-30% даже для
сильноэкспрессирущихся генов.

Привожу данные для Escherichia_coli_W3110 по аланину:

ген ___GCT ___GCC __GCA __GCG
acrB 000016 000021 000021 000047
acrD 000017 000034 000015 000041
acrF 000017 000027 000025 000039
bcsC 000018 000035 000031 000060
carB 000015 000021 000013 000063
cusA 000009 000029 000009 000057
dnaE 000011 000025 000011 000055
ebgA 000010 000024 000008 000026
entF 000022 000041 000035 000062
evgS 000022 000009 000032 000019
fdnG 000022 000015 000013 000041
fdoG 000012 000030 000019 000035
flu 000015 000049 000023 000010
ftsK 000028 000039 000027 000055
gltB 000013 000047 000029 000054
hrpA 000008 000016 000013 000056
hsdR 000005 000038 000013 000039
kefA 000015 000021 000013 000047
lacZ 000009 000028 000012 000028
lhr 000020 000053 000037 000056
mdtB 000013 000032 000014 000048
mdtC 000007 000040 000009 000045
mdtF 000012 000038 000023 000042
metH 000019 000040 000017 000060
mfd 000006 000037 000022 000044
molR 000034 000045 000034 000032
mukB 000018 000032 000018 000077
narG 000016 000029 000018 000034
narZ 000010 000038 000018 000023
purL 000021 000037 000030 000060
putA 000017 000057 000029 000063
recB 000013 000033 000026 000045
recC 000011 000023 000015 000036
rhsA 000007 000031 000027 000026
rhsB 000007 000031 000025 000028
rhsC 000006 000029 000019 000028
rhsD 000010 000017 000027 000050
rne 000031 000030 000030 000035
rpoB 000019 000009 000022 000029
rpoC 000028 000011 000033 000052
sbcC 000010 000027 000016 000059
stfR 000044 000051 000070 000057

В столбцах указано сколько раз в гене встретился кодон.

Вы серьезно считаете, что амелиорация обусловлена средствами репарации ДНК, а не давлением отбора?

"Вы серьезно считаете, что амелиорация обусловлена средствами репарации ДНК, а не давлением отбора?"
И то и то.
"Икемура и другие говорят о неком эволюционно-оптимальном выборе кодонов.
Предположим, что такой набор для данного организма существует.
Тогда почему же этот организм не использует следующую оптимальную стратегию:
1. только один оптимальный кодон используется для кодирования данной аминокислоты,
т.е. используется не весь ген.код, а только его "оптимальное" подмножество;
2. точечные мутации ДНК, приводящие к замене оптимального кодона,
на эквивалентный ему неоптимальный кодон, исправляются средствами репарации ДНК."
На счёт этого возникает сразу два вопроса: механизмы репарации в силу термодинамических причин не могут исправить все мутации, поэтому если какой-то кодон и не оптимален, но организм от этого не умирает (пусть даже "плохо живёт" и оставляет в среднем меньше потомков - на то кодони и неоптимален), то какое-то количество организмов с неоптимальными кодонами всё равно будет. С другой сторны весьма сомнительно, чтобы изменение всего одного кодона без изменения аминокилоты приводило бы к изменениям выживаемости организма настолько, что это мог бы "поймать" естественный отбор: скорее всего изменение коэффициэнта выживаемости будут настолько ничтожны, что генетический дрейф это сотрёт. Только если у какого-то организма подобных неоптимальных кодонов накопится достаточно много, то он, как видно уже отстанет от всех остальных, поэтому пусть оптимальный набор и будет, но организмы, которые используют "не те" кодоны будут имется в довольно большом количестве. Второй вопрос, опятьтаки, что должно приводить к формированию подобных оптимальным шаблонов? Вот что у E. coli определяет приоретет по GCC и GCG? Только ли то, что в этих двух кодонах по 9 водородных связей? А почему тогда GCG всё равно чаще в большинстве генов. Кроме того, разные гены имеют сущесвено разный состав кодонов. А tRNA должна по идее иметь для всех одно сродство, да и механизмы репарации тоже. И температура существования всех этих генов одинкова. А в чём же дело?

Вы вопрос как-то неправильно ставите.
Лучше все-таки наверное спрашиват КАК этот еффект возникает, а не ПОЧЕМУ он возникает.
А то ведь следуюшим логическим шагом будет вопрос Почему у нас 5 а не 3 пальца на руке. Ибо очевидно что 3 более оптимально чем 5. Утрирую конечно, но суть вашего вопроса именно в этом. Сначала с философией разберитесь. То есть в каких случаях вопрос ПОчему не имеет смысловои нагрузки.

"Вы вопрос как-то неправильно ставите.
Лучше все-таки наверное спрашиват КАК этот еффект возникает, а не ПОЧЕМУ он возникает.
А то ведь следуюшим логическим шагом будет вопрос Почему у нас 5 а не 3 пальца на руке. Ибо очевидно что 3 более оптимально чем 5. Утрирую конечно, но суть вашего вопроса именно в этом. Сначала с философией разберитесь. То есть в каких случаях вопрос ПОчему не имеет смысловои нагрузки."
Странно как-то вы мыслите... Как возникает - это уже совсем другой вопрос: вот к примеру если подходить с логическо-философкой стороны, то выходит так: я вот зашёл пошёл в магазин купить хлеб. Сделал я это потому, что у меня дома его нет, как я это сделал это взял деньги, вышел из дома, зашёл в магазин, выбрал хлеб. И так далее... Видите - результаты вовсе не похожи друг на друга! Тоже самое и здесь: как это вопрос, по суте о структуре молекул репарации или матричного синтеза, числа генов тРНК, и так далее... А почему это уже совсем другое дело: что привело к тому, что эти все молекулы устроены именно так, а не иначе. Вы, можете, конечно, сказать, что так и всё тут, точно так же как нельзя объяснить почему выпал орёл или решка (если монета, конечно, исправная), но всё же результаты говорят, что это не так. И ПРИЧИНА того, что кодоны распределны неравномерно ДОЛЖНА БЫТЬ. Насчёт плаьцев - тоже самое: тому, что их именно пять ПРИЧИНА ЕСТЬ, какая не знаю, но то, что есть - это точно. И вообще, не следует относится к полученным данным как к постулатам: так можно довести науку до бессмысленного сборища информации, не всегда к тому же ясной.

Это у вас уже какой-то ламаркизм пошел. Амелиорация это следствие мутационного процесса и отбора. А вы это расписываете прямо как кейрнсезианские мутации.

Хорошии пример с походом в хлебный магазин>

Попытаюсь на этом же примере показать.
Итак вопрос ПОЧЕМУ вы пошли в хлебный магазин?
Варианты ответов.
1.У вас дома кончился хлеб
2.Вы увидели по ТВ рекламу и захотели попробовать новый сорт хлеба.
3. Ви лично хлеб не едите совсем, но жена требует хлеба к ужину.
4. Соседка попросила купить ей хлеба.
5. Вы проголодались а денег только на батон хлеба и бутылку молока.
.........5.6.7.8.9.10......11.12.13.......1001, 1002....

И все эти ответы на вопросс ПОЧЕМУ абсолютно равнозначны.
Стоит ли их задавать?

То есть вы видите КАК человек вот идет и приходит в магазин и покупает хлеб.
Но из этих наблюдений невожможно ответить на вопросс Почему он это сделал.
Только если вы лично его спросите об этом. Ну и спросите живую клетку ПОЧЕМУ она именно так живет, а не иначе. И что она вам ответит?

Причина абсолютно точно есть. Это регуляция трансляции.

О! Вот это уже интересно! Соблаговолите подробней поведать.

одна из вожможных причин. ;-)

<<регуляция трансляции. <<


Ви знаете, я постоянно синтез генов заказываю и естественно переделываю кодон-использование под дрожжи. Так вот у меня сложилось некое ошушение что это практически ничего не дает в подавляюшем большинстве случаев. То есть когда есть значительный еффект - это публикуют, а когда как обычно ничего нет, то мельком упоминают.

Скорее всего что-то связанное со стабильностью мРНК какие-то последовательности очень силный еффект оказывают на время жизни мРНК, поетому и сушествует необходимость в нескольких кодонах для однои и тои же аминокислоты.
Конкретный пример на моей системе експрессии достаточно чтобы ТАЦГТА ближко к началу мРНК стояло чтобы експрессия в 20 раз упала. Или вот другие 9 нуклеотидов вызывают 100% преждевременное окончание трансляции, и видимо здесь есть куча еше неоткрытих взаимосвязей, поетому иногда оптимизация кодонов помогает просто потому что какая-то конкретная регуляторная последовательность изменяется и перестает работать.

Стабильность мРНК тоже, в определенной степени, регуляция трансляции. Ну а то, что есть еще масса неоткрытых взаимосвязей - это, конечно, так и есть.

"и видимо здесь есть куча еше неоткрытих взаимосвязей, поетому иногда оптимизация кодонов помогает просто потому что какая-то конкретная регуляторная последовательность изменяется и перестает работать."
То есть то, о чём я упоминул в причине №3 моего первого сообщения. Но ведь не может же ген (кодирующая часть) сплошь состоять из регуляторных последовательностей?! Или может, кто ж его знает...
"Ну и спросите живую клетку ПОЧЕМУ она именно так живет, а не иначе. И что она вам ответит?"
Зависит от того, как вы спросите. А разве, по большому счёту, не это ли одна из задач биологии?

Это я был.

Выкладываю пару очень занятных статей. До начала следующей недели они будут лежать по адресу:
http://www.telega.ru/genom/

Судя по этим статьям, кроме tRNA есть что-то еще влияющее на использование
эквивалентных кодонов организмами. Ибо даже для организмов у которых есть
только одна тРНК для данной аминокислоты, распределение эквивалентных
кодонов оказывается далеким от равномерного. Более того, для разных организмов
такие распределения разные. Загадочка. однако!

===
Жаль, что Вы не участвовали в моей дискуссии "Можно ли дополнить триплетный код". Ее перевели в беседу, хотя место ей было здесь. Более 2000 ответов и за 30000 просмотров. В конце концов забанили. Нет ни времени, ни желания повторять все, что тогда выложил. Скажу только, что Вы четко уловили некие противоречия и необъяснимости. А если внимательно посмотрите на канонтаблицу "ген кода" с позиции биологического смысла "вобляжа" 3-х нуклеотидов в кодонах, то с удивлением (или радостью) обнаружите, что канонтаблица есть насмешка над здравым смыслом, но которая (парадоксально!) гипнотизировала несколько поколений биологов. Если организмы будут руководствоваться этой таблицей для синтеза собственных белков, то им конец. И эволюции конец. Посмотрите классическую, но забытую работу Ульфа Лагеркиста ""Two out of three": An alternative method for codon reading" PNAS, v.75, No. 4, pp.1759-1762, April. 1978. Biochemistry. Обратите также внимание на контекстные ориентации при выборе аминокислот рибосомой, в том числе и в случае омонимов дублетов в кодонах (третий воблирует=случаен (Ф.Крик)). Синонимы - хорошо, омонимы - вход в иные пласты и мерности реального генетического кода, включающего "мусорную" ДНК как основной фактор. Посмотрите также и наши последние работы

http://www.self-managing.net/genetica/
http://self-managing.net/genetica/Forum.htm
http://www.self-managing.net/genetica/zip.htm
http://genoterra.ru/news/view/8/941
http://www.trinitas.ru/rus/doc/0231/004a/02310025.htm
http://www.trinitas.ru/rus/doc/0231/004a/g...files/frame.htm

Но это все в основном теория. Главное практика. От нее уже не отвертишься. В этом плане мы наработали достаточно, чтобы существенно дополнить реальный, а не придуманный, генетический код.

To ППГ:

>> ... А если внимательно посмотрите на канонтаблицу "ген кода" с позиции
биологического смысла "вобляжа" 3-х нуклеотидов в кодонах, то с удивлением
(или радостью) обнаружите, что канонтаблица есть насмешка над здравым
смыслом, но которая (парадоксально!) гипнотизировала несколько поколений
биологов. Если организмы будут руководствоваться этой таблицей для синтеза
собственных белков, то им конец. И эволюции конец. ...

Чем внимательнее смотрю на молекулярное устройство живого, тем больше
восхищаюсь его совершенством и продуманностью. Если же мне кажется, что
там что-то устроено глупо и насмехается над моим "здравым" смыслом,
я прежде всего усомнюсь в здравости оного. IMHO, начинать сомневаться
надо с себя. То, что кажется Вам насмешкой, скорее всего лишь указание на то,
что мы не все знаем, или на ошибочность наших знаний.

P.S. Большое спасибо за ссылки. Почитаю внимательно...

Был бы очень огорчён, увидя, что и эту тему переведут в беседу.
"Ибо даже для организмов у которых есть
только одна тРНК для данной аминокислоты, распределение эквивалентных
кодонов оказывается далеким от равномерного. "
Ещё более странно то, что использование эквивалентных кодонов в генах одного и того же организма различно. Уж это-то для чего может пригодится...

Так и я об этом. Код совершенен. Наше представление о нем ложно. Так будет точнее.

Совершенство понятие проблематичное. Можно, конечно, определить его так: если задана цель и средства, то совершенной назвается такая конфигарция средств, при которой цель выполняется с максимальной эффективностью. При этом эффективность завит от поставленной задачи. если сказать, что цель кода - закодировать белки в триплеты то эффективностью будет наименьее количество ошибок при расшифровке или минимизирование ошибки при мутации, но это не объясняет всех свойств кода и особенностей его использования разными организмами.

To Chromocenter:
>> Ещё более странно то, что использование эквивалентных кодонов в генах
>> одного и того же организма различно. Уж это-то для чего может пригодится...

Вот ссылка на зело занятную статью:
http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/1....1988.1010015.x

Обращаю внимание на цитату из оной:
Sharp and Li (1986) suggested this explanation for codon usage in weakly-expressed
genes in E.coli when they refuted the idea that the use of rare codons by weakly-expressed
genes might represent an evolutionary strategy to modulate gene expression.
(This idea has been put forward several times, but does not seem plausible there
are more direct ways of regulating expression via the promoter region). ....

Интерпретирую идею:
На генах содержащих приемущественно редкие кодоны синтез белков идет медленнее, чем на генах построенных из "оптимальных" кодонов. Регулируя
экспрессию соответствующих видов тРНК организм, в принципе, может регулировать
экспрессию разных видов белков. Быть может это еще один вид регуляции?

Разным группам генов разную кодонную палитру, дабы независимо регулировать
активность этих групп. Значит гены одной группы (например гены sos-системы) должны иметь близкие палитры...

Цель кода выше - организм.

Еще интереснее перекодировки в стрессовых ситуациях - аминокислотное голодание, температура... Казалось бы, белковый код должен быть исключительно стабильным. Ан нет. Уж не говорю о разных белковых кодах для некоторых таксонов и митохондрий. А уж влияние контекста mRNA на выбор ам-к-т это уж (как бы) полный произвол...

"Быть может это еще один вид регуляции?"
Очень возможно. Тогда вопрос тем более интересный.

Ну неужели еше никто не поставил простенький ехперимент. На мышках.
Берем ген с исключительно большои долей низко- используемымых кодонов и пересинтезируем в вариант с исключительно частоиспользуемыни . Замещаем один на другой и смотрим как мышь растет.

Не знаю Что-то не приходилось о таком слышать. Хотя ничего "сверхественного" в этом нет. Кроме, пожалуй, того, что "заменить одни на другой" не так на мышах просто. Да и зачем использовать такой тяжёлый объект как мышь? E. coli тоже сойдёт.

AiAi: "Значит мутация приводящая к замене одного триплета на другой ему
эквивалентный никак не влияет на организм (все белки остаются теми же)".

Вы не поняли, уже объяснял. Таких нейтральных замен не будет в силу контестного влияния всей иРНК на включение аминокислот. Не туда думаете.

To ППГ:

>> Вы не поняли, уже объяснял. Таких нейтральных замен не будет в силу
>> контестного влияния всей иРНК на включение аминокислот. Не туда думаете.

Сэр, мне не известны достоверные экспериментальные факты этого "контестного влияния всей иРНК на включение аминокислот". Слово достоверные здесь ключевое.

Вы что такое несете? Я тут вчера получил сиквенс своих плазмид с антителами. 4 замены нуклеотидов, вот такой он зверь ПЦР, однако все 4 неитральние, то есть замен аминокислот не должно быть.
А вы значит утверждаете что надо все переделывать, поскольку неитральных замен не бывает в природе?

Это было бы очень интересно. Еще бы, для контраста, организм с геном
из "редких" кодонов. Эх, кто бы поставил такой эксперимент. Ведь хорошая тема для диссертации.

P.S. Дрожжи или дрозофила тоже подойдут.

P.S.S. Кстати, просвятите, сколько может стоить подобный "заказ" дрожжей.

Дык постоянно такое делают, когда оптимизируют код белка под конкретные продуценты, особенно эукариотические. Думаю, нетрудно найти ссылки.

Рекомендация (нейтральная) и вопросы:

1. Не хамить

2. В каких положениях триплетов замены, в 1-м, 2-м, 3-м?

3. Что можете сказать о продуктах полученных плазмид? И с чем их сравнивать, контроль? Если сранивали, то как?

Если не трудно, дайте ссылочки на недостовернеые, с Вашей точки зрения, результаты о контекстных влияниях иРНК на включение аминокислот.