ИНФОРМАЦИОННЫЙ ДЕНЬ: Возможности международного научно-технологического сотрудничества в области «науки о жизни»
3 декабря 2014 г. российские национальные контактные точки «Здравоохранение», «Биотехнология» и «Окружающая среда» проводят информационный день, посвященный ВОЗМОЖНОСТЯМ МЕЖДУНАРОДНОГО НАУЧНО-ТЕХНОЛОГИЧЕСКОГО СОТРУДНИЧЕСТВА В ОБЛАСТИ «НАУКИ О ЖИЗНИ».

На мероприятии будут представлены новые конкурсы программы «Горизонт 2020» ЕС на 2015 год, а также другие программы международного многостороннего и двустороннего сотрудничества.

В ПРОГРАММЕ:

Горизонт 2020, Рамочная программа Евросоюза по научно-технологическому и инновационному развитию на период 2014-2020 гг.
Представительство Европейского союза в Российской Федерации
Анализ результатов конкурсного отбора по международным мероприятиям ФЦП «Исследования и разработки» в 2014 году
Представитель организации-монитора (МНИОП)

Международные программы РФФИ. Конкурс «ERA.Net RUS plus»

Мобильность исследователей в программе «Горизонт 2020»: индивидуальные гранты
Анна ПИКАЛОВА, Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики», российский национальный контактный центр “Мобильность кадров”

Научно-технологическое сотрудничество по тематическому приоритету «Здравоохранение» в программе Горизонт 2020 ЕС
Татьяна КОЧЕГУРА, НКТ «Здравоохранение», ФФМ, МГУ

Международное сотрудничество в области биотехнологии
Ирина ШАРОВА, НКТ «Биотехнологии», Институт биохимии им.А.Н.Баха РАН

Научно-технологическое сотрудничество по тематическому приоритету «Окружающая среда» в программе Горизонт 2020 ЕС
Вадим ШАРОВ, НКТ «Окружающая среда», г.Пущино

Успешные проекты: FP7 STAR IDAZ – глобальный альянс в области здоровья животных
Лариса ГНЕЗДИЛОВА, Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии имени К.И.Скрябина

Регистрация обязательна: http://bioncp.timepad.ru/event/162387/

Институт биоинформатики открывает регистрацию на трехнедельные онлайн-курсы, которые начнутся 10 ноября.

Курсы проведут преподаватели Института на русском языке.

• Программирование на Python (Павел Федотов)
  Курс начального уровня; создан для тех, кто совсем не умеет программировать ни на одном языке. Специальных знаний, кроме математики школьного уровня и навыков работы с компьютером, не требуется.
• Введение в Linux (Алексей Гуревич, Андрей Пржибельский)
  Курс знакомит с операционной системой Linux, работой на удаленном сервере и основам написания скриптов на языке bash.
• Молекулярная биология и генетика (Павел Добрынин)
  Курс рассчитан на широкую аудиторию слушателей, заинтересованных генетикой, клеточной и молекулярной биологией. Для прохождения нужны только базовые знания школьной программы.

Каждый курс рассчитан 3-4 часа еженедельной нагрузки и состоит из коротких видео-уроков и небольших заданий.

Для участия не нужно обладать специализированными знаниями или заниматься биоинформатикой. Курсы базовые и рассчитаны на широкую аудиторию. Они подойдут всем желающим освоить начальные навыки программирования, разобраться с работой в операционной системе Linux или узнать больше о генетике и молекулярной биологии.

Присоединяйтесь!

http://bioinformaticsinstitute.ru/online

---

Поблагодарили (1): CowDoc

XXVII Зимняя молодежная научная школа

"ПЕРСПЕКТИВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ"

Москва, 9-12 февраля 2015 года.

Учебно-научный центр Института биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова Российской академии наук приглашает студентов, аспирантов и молодых ученых (в возрасте до 35 лет) принять участие в работе XXVII зимней молодежной научной школы "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии".

В программу Школы будут включены устные доклады и стендовые сообщения по приоритетным направлениям физико-химической биологии и биотехнологии (приложение 1). В форме 30- или 15-минутных устных докладов будут представлены работы, отобранные научным жюри из числа заявленных сообщений. Рабочий язык Школы – русский.

Электронные версии заявки (приложение 2) на участие в работе Школы с подписью научного руководителя и печатью учреждения в формате *.pdf и тезисов (приложение 3) научного сообщения в формате *.doc необходимо направить в Оргкомитет по адресу nap@ibch.ru с пометкой "XXVII молодежная школа" не позднее 15 ноября 2014 г. В заявке следует указать, к какому научному направлению (в соответствии с приложением 1) относится представленное сообщение. Печатную версию документов представлять в Оргкомитет не нужно. Тезисы докладов и стендовых сообщений будут опубликованы в авторской версии. Сборник трудов будет выдан каждому участнику Школы при регистрации.

Требования к оформлению постеров приведены в приложении 4. Постеры необходимо разместить на стендах в день открытия Школы до 10.00 и оставить до завершения работы Школы. Личное присутствие участников постерной сессии в день её проведения обязательно. Оплата организационного взноса за участие в работе Школы не предусмотрена.

Справки по телефону: +7 (495) 335-62-22 Потапенко Наталия Анатольевна (nap@ibch.ru)

Подробнее: http://www.ibch.ru/press/events/conferences/1036

Экспертное обсуждение документов, формируемых в рамках разработки профессиональных стандартов в сфере биотехнологий.
http://xn--2030-93dyu2cwb5a.xn--p1ai/%D0%B...80%D1%82%D1%8B/

Приглашаем вас принять участие в этой работе.

Технические возможности площадки позволяют вам ознакомиться с документом и оставить свои предложения/замечания к нему в формате комментария. Обращаем ваше внимание на то, что комментарии проходят предварительную премодерацию, что может повлечь некоторые задержки в их опубликовании.

В настоящий момент выложены для обсуждения:
Специалист-технолог по транспортировке, складированию и хранению биохимической продукции
Специалист-технолог по производству лакокрасочных покрытий, биохимических красителей и бытовой химии
Специалист-технолог в области природоохранных (экологических) биотехнологий
Менеджер контроля качества биотехнологического производства по стандартам

xGen Lockdown зонды и панели от IDT сфокусируют ваши исследования в области секвенирования следующего поколения (NGS)


Несмотря на то, что удешевление стоимости секвенирования ДНК позволило проводить масштабные исследования (1), непомерно высокая стоимость обработки образцов до сих пор является проблемой практически для всех пользователей. Это заставляет все большее количество лабораторий проводить секвенирование только той части генома, которая представляет интерес. Целевое обогащение при помощи гибридного захватывания, которое рассматривается в данном обзоре, реализуется непосредственно перед проведением секвенирования, схема такого обогащения представлена на рис.1. Методы обогащения генома уменьшают стоимость секвенирования и позволяют сфокусировать свои усилия на конкретном участке гена.

Если мы выделим специфический регионе генома, это позволяет секвенировать один участок во множестве образцов одновременно. Благодаря гибридному захватыванию интересующих участков генома и последующему секвенированию возможно проводить эксперименты по генотипированию, идентификацию вариантов сплайсинга, нахождение мест вставки новых или делеции существовавших нуклеотидов, а также изучение геномной рекомбинации и секвенирование сайтов интеграции вирусов и транспозонов.


Рис.1. Целевое захватывание последовательности с помощью xGen Lockdown зондов.


Проведение анализа большого количества целевых участков генома во множестве образцов.

Давайте рассмотрим эксперимент по генотипированию 100 образцов, реализованный при помощи ПЦР, он потребует проведения множества индивидуальных ПЦР-реакций, каждую из которых необходимо будет оптимизировать. Оптимизация и проведение этих реакций потребует большого количества времени и возможность появления ошибок возрастет, из-за того что качество будет зависеть от большого количества индивидуальных реакций. Более того, потребуется большое количестве первоначального материала. В конце концов, генотипирование при помощи ПЦР может не завершиться успешно, если мутации возникают в праймерах. Обычно последовательность праймеров оптимизируется с использованием нескольких образцов, и далее полученные таким путем праймеры используются для амплификации большой совокупности образцов. Такая практика основана на предположении о том, что участки, на которые будут садиться праймеры не претерпевают изменений в составе всей совокупности образцов. Это может оказаться правдой для небольшой серии образцов, но если число реакций увеличивается, то увеличивается и вероятность деформации последовательности сдвигом (рис.2А).

В качестве альтернативы ПЦР, секвенирование NGS после целевого обогащения объединяет все реакции генотипирования и обнаружение мутации в один этап, схема расположения зонда показана на рис.2. При гибридном захватывании последовательности с одиночным нуклеотидным полиморфизмом (SNP) используется зонд, направленный на узнавание последовательности вокруг SNP, и мутация гибридизующейся последовательности, несмотря на неполную комплементарность с зондом не окажет критического воздействия на процесс узнавания. Фактически, зонды xGen Lockdown Probes могут игнорировать до 7 мутаций внутри целевого участка без влияния на эффективность гибридизации. Обогащенная ДНК далее секвенируется в один этап. В таком случае нет необходимости в подборке условий индивидуальных ПЦР и гелей для анализа. Если исследователь решит расширить спектр экспериментов и увеличить количество зондов, направленных на узнавание других SNP, то возможно воспользоваться уже подобранными условиями эксперимента по обогащению и секвенированию.

Идентификация сайтов встраивания вирусов и транспозонов

Эксперименты по изучению функций генов часто включают в себя гетеротипическую и экспрессию их последующий нокдаун при помощи интерференцией РНК (RNAi). Ретровирусы используются для введения экзогенной ДНК в геном изучаемых организмов. Фрагмент ДНК может быть интегрирован в безопасный участок между генами или в транскрибируемый участок (2) который может варьировать функцию генов, и вызываемые этим ложные фенотипы. Для исследования проблемного сайта встраивания во множестве различных образцов, возможно проводить целевое обогащение с использованием гибридизации зондов с известными участками экзогенной последовательности ДНК (рис.3). Таким образом, образцы, в которых произошло встраивание экзогенной ДНК могут быть отобраны для дальнейшего изучения.

Методика также важна для изучения сайтов интеграции транспозонов и инфицирующих вирусов. Информация о молекулярном механизме встраивания может улучшить понимание разработки лекарств для соответствующих заболеваний, а также быть полезной для решения других задач. Идентификация вирусной ДНК в изучаемом организме также используется для диагностирования стадии заболевания (3). проведение секвенирования ДНК человека, после целевого обогащения участками вирусного генома может подтвердить факт инфицирования.

Изучение альтернативного сплайсинга

Альтернативный сплайсинг наблюдается в 95% генах человека, которые имеют более чем 1 экзон, а ошибки во время этого процесса ассоциированы со множеством болезней (4). Некоторые из таких болезней могут быть диагностированы с помощью нахождения генов, которые альтернативно участвуют в сплайсинге. Для этого может использоваться, например, секвенирования следующего поколения РНК (NGS). Получаемая информация позволяет проанализировать количество РНК, представленной в определенный момент времени, и таким образом, этот метод чувствителен к различиям в генной экспрессии. РНК, полученная из образца, конвертируют в ДНК, и далее проводится стандартная процедура секвенирования ДНК. Для того чтобы облегчить определение малые количества вариантов сплайсинга, которые ассоциированы с заболеваниями, зонды, специфичные к изучаемому транскрипту могут использоваться для обогащения, облегчая обнаружение таких транскриптов (Рис.4). Также, различные изоформы протеинов детектируются в пропорции образца, и оставшиеся образцы могут быть легко проверены на наличие транскриптов альтернативного сплайсинга, по сравнению с изучением экспрессированных протеинов при помощи Western Blot.


Гибридное связывание увеличивает универсальность экспериментов

Секвенирование следующего поколения, проводимое после этапа целевого обогащения, позволяет исследовать один и тот же образец для решения нескольких задач одновременно, а также упрощается процесс увеличения количества целевых последовательностей. Такая простота расширения количества обогащаемых участков позволит добавить новый участок SNP, информация о котором появилась в печати - для этого к существующей панели зондов добавляется еще несколько, и ее можно использовать для последующих экспериментов по генотипированию. Добавление дополнительного зонда никак не скажется на эффективности работы существовавшей ранее панели, но позволит получать большее количество информации в результате каждого эксперимента. Таким образом возможно более оперативно реагировать на появляющиеся каждый день публикации в сфере NGS.

Прочитав большую часть данного обзора, и узнав обо всех дополнительных возможностях метода, кроме того что он фокусирует эксперименты по секвенированию, Вы задаетесь следующим вопросом: Упростит ли гибридное связывание постановку экспериментов?

Хотя гибридное связывание может быть использовано для решения большого количества задач, иногда этот метод может и не являться наиболее подходящим для всех исследователей. Например, процент прочтений последовательности, полученный от определенного региона увеличивается одновременно с увеличением количества зондов. Панели из большего количества зондов, как правило, более эффективны (в том числе и с точки зрения цены). Маленькие панели зондов используются для изучения ретровирусов и транспозонов; Тем не менее, следует обращать внимание на то, что результаты с использованием разных панелей и разных методов для обогащения могут разниться. Например, повторяемые участки будут захватываться с большей частотой.

В то же время следует понимать, что если задачей является изучение одного целевого участка в тысяче различных образцов, то лучше использовать метод обогащения при помощи ПЦР. xGen Lockdown зонды - изготавливаются полностью на заказ, из которых могут быть использованы для создания захватывающих панелей любого размера.

Зонды xGen Lockdown Probes от IDT

Зонды xGen Lockdown Probes - это индивидуально синтезируемые зонды для целевого обогащения при помощи гибридного связывания. Этот продукт был разработан специально для совместного применения с NGS секвениварония. Зонды могут быть использованы индивидуально для создания панелей, которые могут быть оптимизированы, расширены, комбинированы с другими панелями при необходимости. Также отдельные зонды могут быть добавлены в уже существующие панели для улучшения узнавания труднодоступных участков (например GC-богатых участков).

Кроме того, возможно выбрать одно из готовых решений от IDT - одну из готовых панелей:

xGen Inherited Diseases Panel - панель для обогащения генов, ассоциированных с наследственными заболеваниями, содержит 116 355 зондов, нацеленных на узнавание 4503 генов и 80 однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), сцепленных с наследственными заболеваниями.

xGen Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel v1.0 - панель для обогащения более чем 260 генов ассоциированных с развитием острой миелоидной лейкемии (AML), содержит 11 743 индивидуально синтезированных зондов.

xGen Pan-Cancer Panel v1.5 - панель для обогащения генов, ассоциированных с 12 типами раковых заболеваний, состоит из 7 816 индивидуальных синтезированных зондов, которые обеспечивают обогащение более чем 127 генов.

Обеспечение совместимости с популярными платформами NGS

В процессе обогащения используются блокирующие олигонуклеотиды xGen Blocking Oligos для адаптеров в составе последовательностей библиотек. Такие блокирующие олигонуклеотиды уменьшают неспецифичное связывание и увеличивают эффективность обогащения.

xGenUniversal Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами.

xGen Standard Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq, и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами и адаптерами Roche/454.

Возможно также производство блокирующих олигонуклеотидов на заказ (xGen Custom Blocking Oligos).

Использованная литература

Hayden EC (2013) Gene sequencing leaves the laboratory. Nature 494(7437):290-291.
Ambrosi A, Cattoglio C, Di Serio C. (2008) Retroviral integration process in the human genome: is it really non-random? A new statistical approach. PLoS Comput Biol 4(8):e1000144.
Depledge DP, Palser AL, et al. (2011) Specific capture and whole-genome sequencing of viruses from clinical samples. PLoS ONE 6(11): e27805.
Matlin AJ, Clark F, Smith CW. (2005) Understanding alternative splicing: towards a cellular code. Nat Rev Mol Cell Biol, 6(5):386–398.
Cancer Genome Atlas Research Network. (2013) Genomic and epigenomic landscapes of adult _de novo_ acute myeloid leukemia. N Engl J Med, 368(22):2059–2074.

По всем вопросам подбора Вашей индивидуально панели для обогащения перед секвенированием NGS обращайтесь в СкайДжин: info@skygen.com СкайДжин является официальным дистрибьютором IDTDNA в России!

Для обзора использовалась информация из статьи Target Enrichment Facilitates Focused Next Generation Sequencing

Skolkovo Institute of Science and Technology is proud to announce a unique opportunity for students with a background in Biomedicine to join newly developed graduate (PhD) level 8-week courses offered alongside with Skoltech students this upcoming Term 2 of the fall semester.

Please note that course participation will be offered free of charge and participants will be selected on a competitive basis.

Registration is open for the following courses:

8-week course: “CLINICAL TRIALS AS AN ESSENTIAL PART OF THE INNOVATION PROCESS IN THE PHARMACEUTICAL DEVELOPMENT” by Eugene Selivra .
8- week course: “MATHEMATICAL MODELING IN POPULATION AND SYSTEMS BIOLOGY” by Jaroslav Ispolatov
8-week course: “MOLECULAR BIOLOGY” by Petr Sergiev
8-week course: “BIOINFORMATICS, COMPARATIVE GENOMICS AND SYSTEMS BIOLOGY” by Mikhail Gelfand
8-week course: “STEM CELLS” by Anton Berns, Marianna Bevova

More detailed information on the courses can be found on the website http://www.skoltech.ru/en/education/fall-2...emester-term-2/

Classes will start on Monday, October 27, 2014 and end on Friday, December 19, 2014. Please find the class schedule attached.

Please note that language of instruction will be English only.

If you wish to apply to take part in the course, please send an e-mail (in English) to education@skolkovotech.ru by 5pm on Friday, October 24th.

Your message should include the following information:
Full name and Undergraduate/Graduate education;
Which course(s) you wish to take;
2-paragraph statement of purpose (in English) indicating why you wish to take the course as well as your qualifications which will allow you to be a active and beneficial contributor in the class;
Your level of English (If available, please attach TOEFL/IELTS results).
In addition, please attach you CV and official university transcript.

All selected participants will receive a confirmation by e-mail on October 25, 2014.

If you have any questions, please contact education@skolkovotech.ru

Good luck!

Приглашаем вас принять участие в международном семинаре с элементами молодежной школы “Life of Genomes” который пройдет в Казанском федеральном университете 26-29 октября 2014 года.
В программе семинара:
- обзорные лекции ведущих зарубежных и российских ученых о современных исследованиях в области анализа генома
- методологические семинары в доступной форме о применении методов генного и геномного анализа в биологии и медицине
- дискуссионный семинар c участием ведущих ученых “Survival guide in Life Sciences”
- cтендовая сессия с активным участием молодых ученых и награждением лучших работ.
Организаторы семинара: Институт фундаментальной медицины и биологии КФУ, Институт агробиологических наук (Япония) и Институт РИКЕН (Япония).
Приглашенные лекторы:
Федор Кондрашов (Центр геномной регуляции, Испания)
Дмитрий Коркин (Вустерский Политехнический Институт, США)
Петр Власов (Центр геномной регуляции, Испания)
Такахиро Кикавада (Национальный институт агробиологических наук, Япония)
Всеволод Макеев (Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН, Москва)
Ришар Корнет (Национальный институт агробиологических наук, Япония)
Мария Логачева (НИИ Физико-химической биологии им. А.Н.Белозерского, МГУ)
и другие...

Специальный гость семинара - д-р Йошихиде Хаяшизаки, директор Программы инноваций в превентивной медицине и диагностике РИКЕН (Япония)

Место проведения семинара: Казань, Кремлевская, 35, здание библиотеки (к 218 и 219).
Рабочие языки семинара: английский, русский.
Участие в работе семинара бесплатное. Вход свободный.
Для регистрации для участия в семинаре и секции стендовых докладов, а также для того, чтобы у организаторов была возможность сделать участникам симпатичные бэйджики, присылайте уведомление о желании посетить семинар и тезисы доклада по электронной почте: lifeofgenomes@gmail.com до 21 октября 2014 года
Семинар проводится при поддержке Российского научного фонда, Программы повышения конкурентоспособности КФУ, компании “Диа-М” и “Agilent Technologies”.
Ждем вас в Казани!

P.S. Семинар хорошо комбинируется с конференцией "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине" (29 окт-1 ноября, КФУ)

http://kpfu.ru/news/seminar-s-elementami-m...-39life-of.html

Идея создания фестиваля научного кино находится в русле общего процесса переосмысления пространства науки и ее роли в обществе, наблюдаемого сейчас во всем мире. Вот некоторые его черты:

По нашему замыслу, Фестиваль 360˚ — это:

самые интересные и актуальные киноработы, созданные в мире за последние 2 года
поиск новых идей и форм выражения научной мысли и исследовательских процессов языком кино
возможность взглянуть на научные факты под любым углом, в том числе и с точки зрения их социальной значимости площадка для диалога науки, искусства и общества

Всего за восемь дней IV Международного фестиваля актуального научного кино «360°» на разных столичных площадках покажут 44 фильма из более чем 20 стран. Впервые в этом году на фестивале представлена российская программа документальных фильмов.

http://360.polymus.ru/

---

Поблагодарили (1): klav

Сегодня официально открылся приём документов на соискание премии Президента Российской Федерации в области науки и инноваций для молодых учёных за 2014 год. Соответствующее извещение опубликовало на своём портале Министерство образования и науки РФ.

Срок приёма документов, которые учёным до 35 лет следует направлять в Совет при Президенте Российской Федерации по науке и образованию, продлится до 14 ноября.

http://минобрнауки.рф/%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%BE%D1%81%D1%82%D0%B8/4501/%D1%84%D0%B0%D0%B9%D0%BB/3433/MON-pr-6337_ot_17.09.2014.pdf

Дата: 9 октября 2014 г.
МГУ, Биологический факультет, ауд. 359, 17:00

Егор Васецкий

Institute Gustave Roussy, Villejuif, France

"The role of nuclear organization in regulation of transcription and the occurence of chromosome translocations in human lymphomas"

Chromosomes are confined to chromosomal territories in the nuclear space. Translocations that lead to exchanges of chromosome arms may disrupt this cellular order and lead to relocalization of genes within the nucleus.
We have studied the localization of cyclin D1 (CCND1) and c-myc gene regions within the nuclei in normal human lymphocytes and the mantle cell lymphoma and Burkitt lymphoma cells and cell lines. We have shown that both CCND1 and c-myc genes were relocalized form the chromosomal periphery into the central perinucleolar region following translocation. We have also shown the presence of nucleolin-binding sites in the vicinity of the CCND1 gene and show that they upregulate transcription from the CCND1 promoter. We also show intensive binding of nucleolin to the CCND1 gene promoter after the translocation and also show that the chromatin organization of the translocated regions changes after the translocation and that these changes span over very large regions. The same pattern is observed in the Burkitt lymphoma, where c-myc is upregulated by nucleolin.
We propose a novel mechanism of carcinogenesis brought about by chromosomal translocations where the relocalization of chromosomal territories within the nuclear space leads to misregulation of translocated genes. Similar mechanisms may be involved in the genesis of translocations in human B-lymphocytes.

Справки: 8-495-939-5528
moscellbiol@gmail.com
web-site: https://sites.google.com/site/moscellbios/

---

Поблагодарили (2): electron, Vadim Sharov

Приглашаем Вас посетить двухдневный семинар «Современные технологии в клинической лабораторной диагностике и биомедицинских исследованиях», который пройдет в Санкт-Петербурге 14 - 15 октября 2014 г.

Семинар приурочен к 25-летнему юбилею деятельности компании Beckman Сoulter Int. S.A в Санкт-Петербурге и Северо-Западном регионе России.

В программе семинара:
- современное состояние лабораторной диагностики в России;
- доклады специалистов по ключевым направлениям в клинической лабораторной диагностике и биомедицинских исследованиях;
- новое оборудование для клинической лабораторной диагностики и биомедицинских исследований;
- консультации специалистов.

Организаторы семинара: ООО «Бекмен Культер», ООО «ЛабТэк Лтд», Sarstedt AG&Co, ФГБУ «НИИ экспериментальной медицины» СЗО РАМН, совместно с Российской Ассоциацией Медицинской Лабораторной Диагностики.

Место проведения семинара: г. Санкт-Петербург,
НИИ экспериментальной медицины СЗО РАМН, конференц-зал, Каменноостровский пр., д. 71 (ст. м. «Петроградская» или «Черная речка»).

Если у Вас возникли вопросы или вы хотите посетить другой семинар по проточной цитометрии, заполните форму и мы обязательно свяжемся с Вами.

BeckmanCoulter_25_years_invitation.pdf размер: 242.4к кол-во скачиваний: 5146

BeckmanCoulter_25_years_agenda.pdf размер: 126.93к кол-во скачиваний: 6134

Уважаемые коллеги приглашаем Вас принять участие в работе кластера конференций по медицинской химии, включающего в себя 2-ю Российскую конференцию по медицинской химии, 6-ю Российско-Корейскую конференцию «Современные достижения химии биологически активных веществ и биотехнологии» и 2-ую Молодежную школу-конференцию по медицинской химии. Мероприятия состоятся с 5 по 10 июля 2015 года в Академгородке г. Новосибирска, Россия.
Целью Конференций является обсуждение состояния дел и перспектив развития работ во всех областях медицинской химии, химии биологически активных соединений и биотехнологии, развитие сотрудничества и интенсификация научных связей между исследователями России, Кореи и других стран. Подробная информация о Конференциях представлена на сайте: http://web.nioch.nsc.ru/medchem2015/
http://vk.com/club76821057
https://www.facebook.com/groups/427184830746536/

Второй год подряд в России в Москве проводится одно из самых значимых международных событий в мире биотехнологий.
21 — 22 октября 2014 года в Гиперкуб с докладами приглашены ведущие ученые и исследователи, работающие в зоне биотехнологий, клеточных и тканевых технологий, органной трехмерной биопечати, материаловедения, IT для биотехнологий и т.д. Ожидаются выступления таких заслуженных лекторов как: — James J.Yoo M.D., Ph.D., Professor, Institute for Regenerative Medicine Office of Women in Medicine and Science Physiology&Pharmacology Translational Science Institut Gordon G.Wallace BSc, Ph.D, DSc, Australian Research Council Laureate Fellow, Executive Research Director of the Australian Research Council Centre of Excellence for Electromaterials Science. Director of the Intelligent Polymer Research Institute, University of Wollongong, Director of the Australian National Fabrication Facility, Materials Node; — Vladimir Mironov M.D., Ph.D., Cief Scientific Officer Laboratory for Biotechnological Research «3D Bioprinting Solutions»; — Aleksandr Ovsianikov, Dr., Assistant Prof. Vienna University of Technology (TU Wien), Additive Manufacturing Technologies (AMT), Institute of Materials Science and Technology; — Dmitri А. Ossipov Ph.D., Sernior Researcher Uppsala University, Department of Chemistry-Ångström Laboratory, Polymer Chemistry; — Utkan Demirci, MS in MS&E, PhD Associate Professor Bio-Acoustic MEMS in Medicine Labs, Assistant Professor of Medicine, Harvard Medical School MA, USA, Associate Professor at Stanford University School of Medicine; — Shu-Wei R. Sun, Ph.D., Assistant Professor Biophysics and bioengineering, School of Science and Technology, Loma Linda University, CA, USA., Assistant Professor, secondary appointment Radiation Medicine, School of Medicine, Loma Linda University, CA, USA., Adjunct Professor Bioengineering, University of California, Riverside, CA, USA; Смотреть анонсирующее видео: https://www.youtube.com/watch?v=QTXbleBHytU

реклама



Физическая и химическая характеризация наночастиц с использованием аналитической ультрацентрифуги

10 сентября 2014, 18-00 (GMT +4)

Вебинар посвящен самым современным методикам анализа растворов наночастиц на аналитических ультрацентрифугах. Будет показано, как избежать часто встречающихся трудностей в анализе.

Вебинар проходит на английском языке.

Вебинар ведет Osman M Bakr, PhD Assistant Professor, Materials Science and Engineering, King Abdullah University of Science and Tech.

Colloidal nanoparticles have become important materials in biomedicine, catalysis, and optoelectronics. Their unique nanoscale properties stem from their size (particularly of the inorganic particle core) and surface composition of their organic ligand-shell. Given the polydispersity of nanoparticles, and complex composition, no technique other than Analytical Ultracentrifugation (AUC) has the potential to provide detailed information on the overall particle size, density, molecular weight and aggregation state in solution.

While AUC has become a standard tool for bioscientists to quantitatively study the size, confirmation, and interaction of macromolecules and proteins in solution for many decades, it has not had the same success with nanoparticles. Unlike nanoparticles, most proteins have a well-known partial specific volume, and hence it is straightforward to convert quantities measured from AUC, such as the sedimentation coefficients, into parameters that provide physical insights into the macromolecule, such as frictional ratio (i.e. shape) and molecular weight. Recent advancements in the mathematical modeling of the sedimentation boundaries have enabled the parameterization of the sedimentation and diffusion coefficients of all the species detected in solution during centrifugation in terms of their partial specific volume and molecular weight. This advancement opens the door to quantitative investigation of most nanoparticle systems by AUC - without a priori knowledge of their partial specific volume - since most nanoparticles have a constant shape which can be assessed by electron microscopy.

Для регистрации пройдите по ссылке.

Если у Вас возникли вопросы, заполните форму и мы обязательно свяжемся с Вами.

23-25 сентября, 17:30

140 аудитория в Главном здании СПбГУ

миникурс

«Грубая сила в действии: путеводитель по методам на основе высокопроизводительного секвенирования и редактирования геномов (на примере изучения Notch-сигналинга в развитии Т-клеток)«

Тарас Креславский, PhD

Postdoc, Institute of Molecular Pathology (Vienna)

Подробнее: http://bioseminars.wordpress.com/2014/09/02/ngs-methods/

Традиционно принято считать, что изменения длины транскриптов являются эволюционно нейтральными событиями. Тем не менее, очевидно, что чем длиннее ген, тем больше клеточных ресуров он требует для транскрипции. И, что немаловажно, для транскрипции длинных генов необходимо значительное время. Например, рекордсмен по длине первичного транскрипта, человеческий ген дистрофина (2.3 Мб), транскрибируется около 16ч. Однако, транскрипция со всех трех классов полимераз прекращается во время митоза. Абортивные транскрипты при этом деградируют в ядре при участии малоизученного механизма. Следовательно, в интенсивно пролиферирующих клетках транскрипция длинных генов должна быть затруднена или вообще невозможна. Поскольку длина первичных транскриптов определяется в основном размером интронов, этот феномен был назван интронной задержкой (intronic delay). Интронная задержка может играть важную роль в различных процессах. Например, она обеспечивает осцилляцию ряда генов при формировании сомитов позвоночных. У "быстрых" генов, например участвующие в клеточном ответе на стресс, низкая плотность интронов.

Рассматриваемая статья посвящена анализу феномена интронной задержки в полногеномном масштабе. Для выяснения связи длины транскриптов и интенсивностью пролиферации были выбраны эмбрионы дрозофилы. Как известно, у дрозофилы деления дробления не сопровождаются формированием клеточных мембран и происходят очень быстро: первые 9 делений занимают около 9 минут каждое, затем еще 4 деления занимают по 17 минут, а 14е деление происходит еще через час, которое завершается целлюляризацией. В ходе анализа эмбрионального транскриптома авторы подтвердили ряд предсказаний теории интронной задержки: зиготические транскрипты короче материнских; на ранних стадиях дробления доля генов без интронов выше, чем на более поздних; разница в уровнях экспрессии длинных и коротких генов уменьшается по мере удлинения клеточного цикла в ходе эмбриогенеза. Показано, что эти эффекты обусловлены не различиями в скорости инициации транскрипции или в скорости деградации РНК, а тем, что длинные гены не успевают транскрибироваться. На ранних стадиях обнаружено большое число абортивных 5'-транскриптов, тогда как на более поздних стадиях их пропорция по отношению к нормальным уменьшается. Кроме того, авторы сравнили интронную задержку у разных видов дрозофилы. Оказалось, что она не является, как считалось раньше, селективно-нейтральной. Короткие транскрипты, экспрессирующиеся на ранних стадиях, испытывают существенное давление отбора против увеличения размеров; этот эффект проявляется сильнее на генах с высоким уровнем экспрессии. Некоторые данные позволяют предположить, что эффект интронной задержки имеет место и у позвоночных.

Таким образом, размер интронов сам по себе является существенным фактором, влияющим на паттерн экспрессии генов, структуру и эволюцию геномов.


Картинка из рассматриваемой статьи: Зависимость уровня экспрессии генов от стадии развития (А и В – два разных набора данных).

Источник: Artieri and Fraser. Transcript length mediates developmental timing of gene expression across Drosophila. Mol Biol Evol. 2014 Jul 28. pii: msu226. [Epub ahead of print]
Статья в открытом доступе.

---

Поблагодарили (5): Replikant, OlgaGen, Vadim Sharov, genseq, klav

Клуб российских членов Европейской Академии приглашает молодых российских ученых принять участие в 21-ом конкурсе на соискание премий Европейской Академии.

Премии присуждаются за фундаментальные научные исследования (естественные и гуманитарные науки), выполненные в России и опубликованные в виде статей в ведущих научных журналах или книг. Победителям будут вручены дипломы, медали и денежные премии в размере 1000 долларов.

Список победителей 20-го конкурса Европейской Академии и правила оформления заявок помещены на сайте http://www.belozersky.msu.ru/ (Европейская академия).

Сбор заявок продлен до 15 сентября 2014 года.
Телефон для справок в Москве 8-495-939 13 57 (Шаповалова Ирина Владимировна, с 14 до 17 час).

С 26 по 29 сентября 2014 года пройдет уникальное для России мероприятие — Осенний интенсив «Биотехнологии будущего».
Организатор — Future Biotech.
Мы приглашаем студентов, аспирантов и молодых специалистов принять в нём участие. Увлекательные курсы лекций, практические занятия, круглые столы, экскурсии и ещё множество всего интересного, что поможет молодым учёным оценить свои профессиональные возможности и построить успешную научную карьеру! Заявки принимаем на нашем сайте: intensive.futurebiotech.ru/

Дорогие друзья, мы будем очень благодарны, если вы расскажете о программе коллегам или просто разместите информационный постер на доске объявлений в вашем учреждении. Постер доступен для скачивания и готов к печати.

УВАЖАЕМЫЕ КОЛЛЕГИ!
Прошу донести следующую информацию до сотрудников Ваших Институтов!
Заранее спасибо!

30-31 октября 2014 г. будет проведен осенний финал отбора проектов по Программе «УМНИК» в Российской академии наук.
Программа, организованная Фондом содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере, поддерживает инновационные проекты молодых ученых (до 28 лет), которые ориентированы на среднесрочную перспективу (3-6 лет) эффективной коммерциализации научных результатов. Финансирование проектов победителей в размере 400 тыс. рублей осуществляется поэтапно в течение 2-х лет по 200 тыс. рублей в год.
Конкурс будет проводиться в два этапа – предварительные отборы по всем тематическим направлениям Программы пройдут в профильных Институтах РАН, а финальный конкурс будет организован в Президиуме РАН (Москва, Ленинский проспект, 32А).
Для участия в конкурсе необходимо ознакомиться с порядком подачи заявок на сайте http://umnik-ras.ru/podacha_zayavok.html, пройти он-лайн регистрацию и загрузить на сайт описание и презентацию проекта.
В зависимости от выбранного тематического направления заявитель будет включен в список участников соответствующего отборочного мероприятия, на котором необходимо представить проект в виде устного доклада с презентацией. С требованиями к докладу и презентации можно ознакомиться на сайте http://umnik-ras.ru/trebovaniya.html.

Расписание отборочных мероприятий:
1. Направления: Биотехнологии и Медицина будущего
Дата проведения: 17 сентября 2014 г.
Место проведения: Институт биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН (ИБХ РАН)
Срок подачи заявок: до 15 сентября 2014 г.

2. Направление: Современные материалы и технологии их создания
Дата проведения: 22 сентября 2014 г.
Место проведения: Институт металлургии и материаловедения им. А.А.Байкова РАН (ИМЕТ РАН)
Срок подачи заявок: до 18 сентября 2014 г.

3. Направление: Новые приборы и аппаратные комплексы
Дата проведения: 24 сентября 2014 г.
Место проведения: Институт машиноведения им. А.А.Благонравова РАН (ИМАШ РАН)
Срок подачи заявок: до 22 сентября 2014 г.

4. Направление: Информационные технологии
Дата проведения: 07 октября 2014 г.
Место проведения: Институт системного анализа РАН (ИСА РАН)
Срок подачи заявок: до 03 октября 2014 г.

КОНТАКТЫ ОРГКОМИТЕТА:
Электронный адрес: umnik.ras @ gmail.com
Тел/факс: (495) 954-1367.

Более подробная информация на сайте
http://umnik-ras.ru/konkursy_2014.html

--
С уважением, Садыхов Эльчин Гусейнович
координатор программы «У.М.Н.И.К.» в РАН,
заместитель директора по инновационной работе
Института биохимии им. А.Н. Баха РАН , к.х.н.
т/ф. (495)954-1367

реклама