![]() | |
![]() | |
|
![]() |
ГЛАВНАЯ ·
ПРОЕКТ ·
СПРАВОЧНИК ·
МЕТОДЫ ·
РАСТВОРЫ ·
РАСЧЁТЫ ·
ЛИТЕРАТУРА ·
ЗАДАЧИ ·
ФИРМЫ · ![]() ![]()
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
|
![]() |
Дополнения, комментарии, вопросы
Люди знающие! Здесь недостаёт того, что знаете вы, но не знал или забыл автор. Этой страницей пользуются ваши коллеги. Пожалуйста, поделитесь с ними опытом. Пригодится всё, что поможет в работе.
Dimpler /15.03.2006 15:44/
Использовал готовый набор Fermentas. Каталожный номер K#0513. Работает очень плохо(фрагменты были ~700bp). Предпочиатю выделять ДНК из геля методом замораживания-размораживания в 0,5 мл эппендорфе с последующим протыканием дырочки в дне и центрифугированием. Если агароза мешает в дальнейшей работе, применяю переосаждение спиртом (EtOH и iProOH выходы дают примерно одинаковые). Гость /26.03.2008 22:43/
PCR fragment purification with Glass Microfiber filter GF/A, Watman, Cat No 1820 037 1. Run 1.3 % agarose gel with PCR fragment and DNA lader marker. 2. Cut piece of glass filter and cover it with elution membrane from one side. They both should be the same size. I user “Spectarapor membrane tubing, M.W. cutoff 12 000 – 14 000 Dalton). 3. Make a hole in the agarose gel just in front of your PCR fragment and insert glass filter/ elution membrane in the hole. Glass filter face PCR fragment side. 4. TAE buffer should not over cover the gel. Pour out extra TAE buffer. Dry gel with paper towel. 5. Run gel for 5 more min at 108 V (your DNA from PCR fragment will be on your glass filter). 6. Place filter into 500ml tube. Make a cut in the bottom of the tube with a needle. Place this tube into 1.5 ml Epinforf tube. Centrifuge for 8 min 13 000 rpm. 7. Precipitate with 0.7 volume of iso-propanol. Centrifuge 15 min 13 000 rpm. 8. Wash with cold 70% ethanol. Let it dry. Dissolve in 20ml TE. Gel: _ _ _ _ PCR fragment ------- glass filter ------- elution membrane Storage of elution membrane. Cut the elution membrane into 5 cm pieces. Cut off the edges of membrane. Boil for 30 min in H2O. Replace H2O to 1mM EDTA. Boil for 1 min. Store at 40 C up to 6 months. Miss Marple /25.04.2008 12:29/
При использовании[Qiaex II] кита в нашей группе получается стабильно низкий выход продукта. Для коротких 1кб продуктов 40-60 процентов, для длинных >4кб 8-12 процентов. Поиграли с временем для растворения агарозы, связвания и элюции - помогает, но незначительно. Чешем в затылке. Pythonoid /29.06.2010 15:46/
У меня силика сильно слипается после ц/ф. Даже пипетируется с трудом. В чем может быть проблема? Выделяю геномную ДНК. guest: ммм /29.06.2010 16:41/
--У меня силика сильно слипается У вас перегрузка по ДНК. Силки - мало, ДНК- много -Ъ- /29.06.2010 20:24/
(guest: ммм @ 29.06.2010 17:41) ммм прав. Возможно, еще силика очень мелкая. Каким китом пользуютесь? Pythonoid /30.06.2010 10:14/
(-Ъ- @ 29.06.2010 21:24) силика - сигмовская. буферы - классические. А Вы не в курсе как фракция частиц (1-10 мкм) влияет? guest: ммм /30.06.2010 14:01/
чем мельче тем вязче. -Ъ- /30.06.2010 14:43/
ммм, частично прав - есть силики мельче микрона, но плохо сорбирующие ДНК. У Сигмы-Олдрджа несколько десятков силик(гелей) и ей подобных аналогов. Синтетических и природных, волокнистых и сферических и т д.. Говорите, буфера классические? ![]() Pythonoid /01.07.2010 09:04/
(-Ъ- @ 30.06.2010 15:43) ![]() У Сигмы-Олдрджа несколько десятков силик(гелей) и ей подобных аналогов. Синтетических и природных, волокнистых и сферических и т д.. Говорите, буфера классические? ![]() Ну енто гуанидинистые) а не '90' -Ъ- /01.07.2010 11:11/
(Pythonoid @ 29.06.2010 16:46) ![]() В чем может быть проблема? Выделяю геномную ДНК. Можно попробовать уменшить скорость ЦФ до 2 тыс/мин, но увеличить время ЦФ до 1 мин. Пипетирование отменяется - только вортексирование. С силикой Sigma S-5631 это обычная история ... ![]() Pythonoid /01.07.2010 12:47/
(-Ъ- @ 01.07.2010 12:11) ![]() С силикой Sigma S-5631 это обычная история ... ![]() А на что лучше заменить ее? На celite? guest: ммм /01.07.2010 18:24/
-На celite? Это почти песок, очень грубая фракция не нада на нее заменять. Подходит селикагель от 10 до 20-50 микрон. RJ Dio /02.07.2010 14:06/
пардон, конечно, а на кой молочко всех мастей, если есть колонки? Давненько не пил молока (вообще, никто из млеков не потребляет в природе молока во взрослом состоянии), вспоминаю как страшный сон. колонки форева -Ъ- /02.07.2010 17:36/
(RJ Dio @ 02.07.2010 15:06) ![]() С молоком вам не повезло в детстве. ![]() -Ъ- /02.07.2010 17:43/
... ну что за жизнь все без молока да без молока... -Ъ- /03.07.2010 22:42/
А MN не проверял? рекомендую, для полного счастья. ![]() anybody /18.07.2010 09:59/
А что это за штуковина такая? www.diamond-dna.ru кто-нибудь пробовал выделение днк ? это что челекс русский чтоли или что-то еще -Ъ- /18.07.2010 18:05/
(anybody @ 18.07.2010 10:59) ![]() www.diamond-dna.ru кто-нибудь пробовал выделение днк ? это что челекс русский чтоли или что-то еще Не разобрался - сайт такой смешной. ![]() ![]() Похвально то, что пробники дают. Так что попробуйте и нам расскажете. guest: ммм /18.07.2010 20:09/
--2. Адсорбция примесей, ингибирующих ПЦР с помощью сорбента (ДНК остается в растворе). Частицы сорбента имеют нанометровые размеры и не взаимодействуют с ДНК, что предотвращает ее механическую и химическую деградацию. Судя по названию и проскакивающему лет 6-7 назад на форуме вопросу про нано алмазы и ДНК E.coli. Наночастицы это наноалмаз, получаемый взрывотехническим способом. --3. Дополнительная очистка раствора осаждением белков (ДНК остается в растворе). Происходит дополнительная очистка ДНК от белков, полисахаридов и компонентов лизис-буфера. Странно, но возможно ПЭГ. --4. Осаждение и отмывка ДНК. Происходит селективное осаждение молекул ДНК высокоэффективным осадителем. Осаждающий буфер абсолютно нетоксичен и инертен; в отличие от спиртов, используемых для осаждения ДНК, не ингибирует ПЦР. Скорее всего высокая соль, возможно ацетат магния или кальция metrim /04.12.2016 19:27/
Можно ли заменить в данной методике NaI на KI ? MMM /04.12.2016 20:28/
можно genseq /04.12.2016 21:21/
А разработчики случайно не из Пущино? -Ъ- /05.12.2016 09:48/
-Ъ- /05.12.2016 09:50/
(metrim @ 04.12.2016 20:27) Кстати, о какой методике речь? Много воды утекло за 6 лет. Агароза в КСI не плавится, даже при нагревании. Но самое главное - ДНК не липнет к сорбенту (силике) при высокой конц-ции КСI. Проверено собственноручно более 20 лет назад. genseq /05.12.2016 11:03/
МММ - правильный теоретик. Речь шла о замене NaI на KI, а не на KCl. -Ъ- /05.12.2016 11:25/
(genseq @ 05.12.2016 12:03) Ах да...KI ![]() ![]() Прав был мой друг - в понедельник надо выходить на работу после обеда. ![]() ![]() metrim /05.12.2016 11:40/
(-Ъ- @ 05.12.2016 10:50) Ну вот собственно о методике по выделению ДНК из форезного геля , той что в разделе Методы и к которой дданная ветка - "коменты"На хлорид калия я ничего менять и не собирался ![]() Ну так иодид натрия на калий заменить без эффекта на работоспособность в буфере длф плавления можно? Почему "если нет разницы" везде в методиках я вижу тока иодид натрия? MMM /05.12.2016 12:08/
Я не сравнивал но KI может быть меньше растворимость и им просто не достичь нуной консентрасии(если не ошибаюсь 6,6М). Но по секрету скажу, что скажем калия роданид уже в 3М концентрации скорее всего растворит агарозку. -Ъ- /05.12.2016 13:55/
Иодиды натрия и калия не удобны в работе. Высокомолярные растворы даже а темной посуде начинают желтеть (появление молекулярного иода). Приходилось добавлять к раствору кристаллики тиосульфата чтобы обесцветить. Потом плюнул и заменил его на гуанидина тиоцианат. Протоколы на эту тему висят в инете, а самого Bio101 страницу не нашел. Видимо Кайджин сожрал с патрохами. ksm /07.12.2016 16:18/
а я, кстати, выделял с желтым NaI. особенных проблем не было... R.J.Dio /11.12.2016 10:02/
(genseq @ 04.12.2016 22:21) я бы не удивился. ТОгда по определению работать не должно watchesbiz /23.11.2021 15:52/
pullbase /07.02.2025 13:39/
The novel first appeared on |
![]() |
![]() |
ГЛАВНАЯ ·
ПРОЕКТ ·
СПРАВОЧНИК ·
МЕТОДЫ ·
РАСТВОРЫ ·
РАСЧЁТЫ ·
ЛИТЕРАТУРА ·
ЗАДАЧИ ·
ФИРМЫ · ![]() ![]()
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
|