Результативная работа.

Все мы несовершенны. Во всяком нашем деле лишь часть работы идёт на пользу, всё остальное - потеря времени. Любая работа не является потерей времени лишь в той степени, в которой она:

1. осмысленна, т.е. необходима для разработки данной темы. То есть, если при зрелом размышлении можно придти к выводу, что работу (в рамках темы) вообще не надо было делать, она при любом мастерском исполнении - потеря времени. Молекулярная биология - дорогостоящая наука, поэтому потеря времени это обычно и потеря средств.
2. завершена результатом. Мы считаем, что работа завершена "результатом", если при передаче темы другому лицу ему не придется повторять эту работу заново. "Другим лицом" можете оказаться и вы сами; например, когда нашли в своем морозильнике пробирки, подписанные вашим почерком: "1", "2", "3"...

Таким образом, результативность оценивается с точки зрения вашего потенциального партнера. В зависимости от того, кем вы его себе представляете одна и та же работа может быть как результативной, так и нет.

Общее замечание.

К сожалению большинство идей, приходящих в голову при проверке оказываются ошибочными. Поэтому успех зависит не только от знаний, ума, начитанности, умения ладить с коллегами, но и в равной, а то и большей степени от того как много проектов вы:

1. попробовали реализовать,
2. довели до содержательного конца (успеха или осознанной непреодолимой преграды).

Большинство людей имеют проблемы (как ни странно, в основном психологические) с одним или обеими из этих пунктов. Интересно, что доведение работы до конца однозначно воспринимается всеми как обязанность, требующая некоторого напряжения моральных сил. В то же время количественный параметр - быстрая подготовка проекта к выполнению, начало работы без лишней раскачки и обмусоливания - как желательное, но не обязательное поведение.

1. Старайтесь уменьшить время подготовки к эксперименту. Активно настраивайтесь на быстрое начало и быстрое выполнение работы.
2. Доводите до конца проекты.
3. Старайтесь правильно распределить приоритеты в вашей работе. Начинайте с время-лимитирующих экспериментов (проверка принципиальных моментов новых экспериментов, подготовка и заказ необходимых материалов, окончание совместной части работы и т.п.).

Планирование эксперимента.

Стоит ли заниматься данной работой?

Решение о том, стоит ли проводить работу должно оцениваться по формуле:

(ожидаемый результат) х (вероятность удачи)
(затраченное время) х (цена)

Работа, которая может сделать вас счастливым и/или богатым с шансом 1%, но требующая двух часов времени может быть предпочтительнее, чем гарантированная статья в "Генетику" после месяца работы. Аналогично, стоит провести контрольный эксперимент, требующий нескольких часов работы и уменьшающий на 10% вероятность потерять материал, полученный за полгода.

Заключение об осмысленности того или иного подхода формулируется на основе имеющейся информации. Ценность информации зависит от источника. Часто общепринятая точка зрения основана на одиночном эксперименте или на чьем-то сообщении, которое может оказаться мнением (особенно, когда не было специальных исследований). Если на такой информации базируется важный момент ваших планов (или "непреодолимое препятствие"), стоит самому убедиться в достоверности.

Отдельно хочется остановиться на работе, в основе которой лежат чужие результаты (недоделанный проект). Это очень опасное мероприятие, десять раз подумайте, прежде чем ввязываться в такое дело. Имейте в виду, что

1. даже в опубликованных статьях довольно часто содержатся ошибки. В неопубликованных, не доведенных до конца проектах их еще больше (по нашему опыту ~3/4 информации полученной от "колабораторов" оказывается в той или иной степени неточной или ошибочной).
2. хорошие проекты реже оказываются недоделанными, чем плохие.

Принимая решение об участии в проекте, в котором вам придется пользоваться чужими результатами постарайтесь проконтролировать те параметры, которые будут критичны для вашей части работы. Не полагайтесь на чужие оценки, сделайте собственный вывод о состоянии передаваемой работы.

Сложно заранее предсказать требуемые усилия и вероятность успеха при той или иной стратегии. Поэтому часто имеет смысл начинать работу "в параллель" сразу по нескольким направлениям до того момента, как одно из них не начнет приносить плоды. Это требует больших усилий на старте, но они окупаются, когда вы прекращаете работу над менее успешными вариантами.

План эксперимента.

Стоящая перед вами задача состоит из начальных условий и вопроса (цели). Хоть часто делается наоборот, старайтесь искать решение задачи отталкиваясь от вопроса. В реальных задачах практически невозможно перечислить все известные начальные условия, а если иметь в виду только их часть, это искусственно сузит спектр возможных вариантов решения. Другими словами, планируя эксперимент, ставьте перед собой задачу в виде вопроса, а не в виде метода, который нужно применить.

Постарайтесь подумать, прежде чем "трясти пальму". Как правило, соотношение времени на обдумывание эксперимента и на его выполнение - 1:10 - 1:100. В то же время хорошая идея (грамотно написанная стратегия) может уменьшить время работы в 2-3 раза. Думать выгодно!

Используйте все индивидуальные особенности вашей задачи. Не применяйте слепо стандартный метод. Вы планируете, как вам предстоит провести кусок жизни, а не пишите страницу в учебник.

Готовьте план всего эксперимента, а не его части. Заранее обратите внимание на этапы, требующие длительного (или не от вас зависящего) периода подготовки. Например: простые скрещивания мух, наращивание культуры, этапы, на которых кто-то другой должен передать вам свою работу.

Задавайте вопросы всем, кто может иметь информацию, относящуюся к работе. Старайтесь понять причины, по которым вам советуют проводить эксперимент определенным образом.

Прикиньте заранее основные параметры эксперимента. (Не пытаетесь ли вы детектировать меньше, чем одну молекулу, не слишком ли мала ваша библиотека, не может ли фрагмент превысить емкость вектора и т.п.). Неизвестные параметры обычно можно узнать из литературы или определить в простых предварительных экспериментах. Подобные вычисления позволяют выявить наиболее узкие места в работе, определить промежуточные контрольные значения. (Например, при каком количестве выделенной ДНК стоит начинать конструирование библиотеки, а при каком - выделять ДНК заново). Многие многостадийные методы имеют смысл начинать с большого количества стартового материала, а затем брать только часть материала для критического (сомнительного) этапа, чтобы иметь возможность повторить эксперимент начиная с этого участка, а не с самого начала.

Если вы разрабатываете новую методику, существенным выигрышем будет возможность проконтролировать отдельно каждый шаг. Оптимизация многостадийных протоколов: разбейте протокол на отдельные этапы, придумайте для каждого простые контроли и проводите в параллель оптимизацию всех этапов. Если предполагается, что какой-то шаг является сомнительным местом метода - начните отработку условий с него.

Экспериментальные результаты могут быть интерпретированы только при наличии контролей (положительных и отрицательных).

Работа с животными. (дополнение от L^2M)

У живых организмов свои биоритмы, поэтому час суток сильно влияет на содержание того-сего в органах и тканях, а также на активность разных процессов. Поэтому надо строго фиксировать время проведения эксперимента. Если проводится серия аналогичных экспериментов, то начинать их надо в одно и то же время плюс-минус пол часа. Возможно, придется попробовать несколько сроков начала эксперимента и выбрать из них оптимальный для дальнейшей работы. Сильно облегчите свою участь, если найдете литературную работу, описывающую суточную динамику важных для вас процессов и будете планировать эксперимент, исходя из этих данных.

Кстати, вышесказанное в заметной мере распространяется и на культуры клеток млекопитающих. Как с остальными клетками — не знаю.

Оптимизация эксперимента.

Старайтесь не изменять больше одного параметра за раз. (Правда, в некоторых случаях, когда вас интересует не оптимальная, а просто хорошая методика, имеет смысл поменять сразу много параметров. Но потом можно надеяться только на положительный исход, а отрицательный результат воспринимать как злой рок, из которого никаких выводов не сделаешь.)

Никогда не пытайтесь проводить эксперименты с измененным протоколом без использования старого протокола как контроля (с тем же исходным материалом).

Если вы изменяете какие-либо параметры (количество фермента, время обработки и т.п.), старайтесь менять их логарифмически (1, 2, 4, 8, 16,..), а не линейно (1, 2, 3, 4, 5,...). Обычно вас интересует оптимизация, которая увеличит выход продукта в несколько раз, а этого можно достичь, лишь меняя в несколько раз стартовые условия.

Если вы пробуете что-то новое, вами придуманное, не опускайте руки после первого неудачного эксперимента. Не стоит отказываться от дальнейшей проверки стратегии только потому, что вы придумали сомнительную причину, по которой она может не работать. Иногда не получаются стандартные реакции (такие, как PCR, рестрикция) что и говорить о новых методах...

Если вы пробуете новый протокол, начинайте с простой задачи для этого протокола. Если им успешно пользуется кто-то рядом постарайтесь в первый раз работать как этот человек.

Если вы хотите упростить протокол, ставьте такие контроли, которые идентифицируют даже небольшие проблемы. (Например, проверяйте деградацию ДНК на дрожжевых хромосомах, даже если вас интересуют фрагменты - 200 kbp`s). Это позволит обнаружить опасную зону и работать вдали от нее. Имейте в виду, что одиночный тест скорее всего не заменит проблем, которые возникают в 10% случаев.

Долговременное планирование.

Часто стоит потратить какое-то время на подготовку (приведение в порядок) ресурсов, которые понадобятся в дальнейшем. Например, если вы приготовили библиотеку, стоит ее аккуратно подписать и заморозить, чтобы была возможность воспользоваться своим трудом и через год и через два.

Материалы завершенного проекта нужно аккуратно описать в журнале или папке проекта, плазмиды, конструкции, линии мух - хранить в течение некоторого продолжительного времени (2-4 года). Тема может быть неожиданно продолжена или в вашей собственной лаборатории, или как совместный проект.

Любой материал (реагент), который гарантированно будет использоваться в течение длительного времени лучше приготовить в большом количестве и с высоким качеством и хранить в разумных аликвотах в "хороших условиях" (-20^oС, -70^oС).